sqlite3.OperationalError:重复的列名: MOLECULE

是一个错误信息，它表示在执行SQLite数据库操作时出现了重复的列名。这通常是由于在创建表或查询语句中指定了重复的列名导致的。

为了解决这个问题，可以采取以下几个步骤：

1. 检查表结构：首先，检查相关的表结构，确保没有在创建表时重复定义了相同的列名。如果存在重复的列名，需要修改表结构，确保每个列名都是唯一的。
2. 检查查询语句：如果错误发生在查询语句中，需要检查查询语句中是否存在重复的列名。可以通过修改查询语句，使用别名或者移除重复的列名来解决这个问题。
3. 使用别名：如果查询语句中存在重复的列名，可以使用别名来区分它们。通过为每个重复的列名指定不同的别名，可以解决重复列名的问题。

总结起来，sqlite3.OperationalError:重复的列名: MOLECULE 错误表示在SQLite数据库操作中出现了重复的列名。为了解决这个问题，需要检查表结构和查询语句，确保每个列名都是唯一的，并且可以使用别名来区分重复的列名。