Linux学习系列文章是生信宝典最开始主推的一块，力图从一个新额视角帮助初学者快速入门Linux系统，熟悉Linux下的文件和目录，文件操作， 文件内容操作。而且教程摒弃了完美操作，列举出常见错误和解决方式，管道、标准输入输出解惑Linux下多种信息输出方式。 在文件排序和FASTA文件操作中简述了awk和sed的使用，作为一个引子。本篇则详细列举关于awk常用的操作和一些偏门的操作。 awk基本参数解释 awk擅长于对文件按行操作，每次读取一行，然后进行相应的操作。 awk读取单个文件时的基本语法格式是a
conda config --set show_channel_urls yes这一步是搜索时显示通道地址
Q4OS团队宣布他们在基于Debian的GNU/Linux发行版中使用Trinity Desktop Environment的新桌面主题。Q4OS是基于最新Debian GNU/Linux操作系统的小型Linux发行版，围绕Trinity Desktop Environment（TDE）构建。它被明确地设计为习惯Microsoft Windows的任何人更容易的转换到Linux。
在开始之前，大家可以想一想如果是在sanger测序的时候，我们第一步就是需要确定样品，然后是对样品提取DNA，检验DNA质量，之后便是根据引物去配置pcr体系，然后跑pcr，跑完之后，我们还会进行跑胶检验，看看是否真的p出条带了。假如一切顺利，p出了条带，那我们就会拿去测序公司对样品进行测序。测完序之后，我们会放进读峰图的软件，然后把测序质量可靠的保留下来，作为后续分析的基础。
Q4OS 3.8 稳定版发布了（发布公告），代号为“Centaurus”。这是一个长期支持（LTS）版本，支持至少五年的安全补丁和软件更新。
awk是linux及unix操作系统中非常优秀的数据及文本处理工具，它是一种编程语言 awk命令格式为：
IOTA项目在8月上半月取得了一些突破的发展，推出了IOTA Hub并调整了Trinity桌面钱包。
在一个无所事事的周末下午，突然想起魔兽世界，官方的账号很久没有上了，里面的大小号现在连满级都不是。以前曾经搭过传奇和星际争霸战网的私服自娱自乐，也听说过魔兽世界有开源的服务端模拟，既然兴致来了就小小的研究一下。
FASTQ文件中以四行最为一个基本单元，并对应一条序列的测序信息，各行记录信息如下：
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2021年，低代码和无代码的概念都被炒得热火朝天，各路产品就像下饺子一样蜂拥而至。
Py-EVM是用Python编写的以太坊虚拟机的新实现。目前github上695个star，正在积极开发中，但正在通过以太坊/测试提供的测试套件快速推进。我们感谢有Vitalik和现有的PyEthereum代码，使得我们有的快速进步，因为许多设计决策都受到启发，甚至直接从PyEthereum代码库移植。
自从魔兽世界开始转为月卡时，老高就基本AFK了。。。直到偶然听到歌单里的灰熊丘陵、风暴群山的BGM，又一次的手痒了，不过这次我们不冲点卡，我们以学习的态度搭建一个专属自己的魔兽世界服务器！
This parallel program performs writes and reads to/from files under several sets of conditions and reports the resulting throughput rates.
1、cpu benchmark:nbench wget http://www.math.utah.edu/~mayer/linux/nbench-byte-2.2.3.tar.gz tar zxvf nbench-byte-2.2.3.tar.gz cd nbench-byte-2.2.3 yum install glibc-static -y make ./nbench 2、内存测试工具:stream wget http://www.nersc.gov/assets/Trinity--NERSC-8-RFP/Benchmarks/Jan9/stream.tar tar xvf stream.tar gcc -o stream stream.c ./stream
前前后后接触了一些基因组和转录组拼接的工作，而且后期还会持续进行。期间遇到了各种各样莫名其妙的坑，也尝试了一些不同的方法和软件，简单做一个阶段性小结。上周的今天更新了原理部分 二代测序数据拼接之原理篇
由 Microsoft Research 开发的 Graph Engine 1.0 预览版正式发布。Graph Engine 是一个基于内存的分布式大规模图数据处理引擎。在此之前，它在学术界更广为人之
Use the import tool 这篇教程提供了使用import tool的详细案例 当使用csv文件载入数据库时，为了能够创建节点之间的关系，每一个节点必须有一个独一无二的标识，节点ID。 关系通过连接两个节点之间的ID被创建，在下面的例子中，节点标识符作为属性存储在节点上。 节点标识符稍后可能对其他系统的交叉引用，可追溯性等感兴趣，但它们不是强制性的。 如果您不希望标识符在完成导入后保留，则不要在：ID字段中指定属性名称。
这一次的靶机难度为中等难度，有所提升，以黑客帝国电影为背景，有点中二，感兴趣可以自行下载研究，下载连接如下：https://download.vulnhub.com/matrix/Machine_Matrix_v3.ova
ETH2是下一代的以太坊区块链，可以达到更高的交易容量。ETH1到ETH2的迁移是分阶段的，目前处于信标链阶段。本文编辑整理了七个主流的ETH2客户端实现，以帮助开发者了解并进行ETH2相关开发与部署。
最近，扩散模型在图像生成领域迅速发展。以文本图像生成为代表的AI生成技术显著降低了合成图像创作的门槛。不幸的是，这种能力有可能被滥用于恶意目的。例如，文本图像生成可以用于零样本场景中，针对全球知名政治行人制作深度伪造攻击[1]。这种滥用可能会在社会结构中产生严重的信任问题。扩散生成机制与之前的做法不同，现有的检测方法在其可迁移性方面表现不佳。因此，开发针对扩散模型的伪造检测方法具有重要意义。
Rufus是一款小巧实用开源免费的U盘系统启动盘制作工具和格式化U盘的小工具，它可以快速将ISO镜像文件制作成可引导的USB启动安装盘，支持Windows或Linux启动，堪称写入镜像速度最快的U盘系统制作工具。
因为要使用STAR-fusion软件，其GitHub主页里面提到了配置好的数据库文件，我就想直接下载，如下：
我看了很多有观MATRIX的评论，发现有些仁兄或者是没看MATRIX动画版或者是没玩MATRIX游戏版，他们对MATRIX一知半解，对MATRIX这个结构逻辑严密的系统有一些不正确（或者说是非官方）的解释，而这些解释所衍生出的种种“浪漫““奇幻“的猜想（如ZION虚拟说，NEO超能力说，甚至在科幻片里最忌讳的宗教神秘说等等）让人哭笑不得，我不得不把各个版本MATRIX里对MATRIX系统的各种描述做个总结，让大家对电影的情节有更好的理解。 前世篇 这里的资料来源主要是MATRIX动画.一切从近未来的某一天开始，当时人工AI的机器人服务于人类生活的各个领域，这天，一台人工AI的机器人突然爆走杀死了它的人类主人，这次事故引发了类似消灭“有狂犬病的疯狗“的运动，人类社会对人工AI的机器人进行了蛮不讲理的“屠杀“和“驱赶“，大部分人工AI机器人被破坏，一小部分被抛弃的人工AI机器人汇集到一个被人类抛弃的地方开始了自立的生活（大约在中东地区某地，在那个时代估计中东的石油早被开采尽了，于是就成了荒漠）.但那个原来很渺小的利用太阳能作为动力的机器人国家迅速强大膨胀，这不可避免使之的和人类发生接触和摩擦，在某一天的联合国大会上，两个人形的机器人大使试图使“机器国“加入联合国，但人类认为这是奇耻大辱，当场驱赶了机器人大使，其后机器人帝国和人类国家的各种摩擦升级成全面战争，但人类的血肉之躯难以抵挡机器人的进攻，战争中人类节节败退，输红眼的人类终于拿出终极武器“核弹“，但大规模的核爆没有能对 机器人方面造成实质的毁灭，核爆后的放射污染对机器人根本无效，机器人的强大攻势丝毫未减. 已经山穷水尽的人类这时通过了一个“遮蔽天空“的战斗计划，因为机器人的能源供应是依赖太阳能的，如果切断太阳能，机器人的能源供应就会出现短缺，转换能源供应体系不是短时间内能办到的（至少在人类社会里以上理论是成立的，但是对机器人....），就在这个时候，发动最后的反攻一举扑灭所有机器人。 于是人类开始了这个疯狂而愚蠢的计划，没多久地球的天空被一层黑色不透光的云遮蔽，但是人类期待的情况并没发生，出现能源短缺的机器人并没有大批的瘫痪，他们就地取材得把战场上受伤的人类战俘当作临时“电池“（这是MARIX产生的最初动机，当时只是把人类简单的一排排得接在机器上，通过刺激人类的脑部使人类的身体发电，但连接在机器上的人类很快会死亡，死亡意味着电池没电，为了使电池的寿命更长久，机器人才开始研究人类的脑部，并完善了食物供应体系，使人类在连上机器后能存活更长时间），机器人击退了人类集中所有力量的最后反扑，在消灭了人类最后的政府后，人类所有有组织的抵抗宣告结束，人类的时代宣告终结。其实机器人也因为人类遮蔽了天空能源出现的问题，虽然把人类战俘当电池用暂时解决了危机，但是短时间内转换能源供应体系也非易事，只有先把更多的人类当做电池来解决眼前的能源短缺，于是大批的人类被抓去当做电池，最后几乎所有地球上人类都被当电池，可是被当作电池的人类会很快死亡，于是已经对人类脑部有了相当了解的机器人开发出了可循环的人体电池系统，人类的脑部连接在一个电脑虚拟的空间里，这就是最初的MATRIX系统，在这个系统里，人类是生活在完美的世界上，所有欲望和需要都被满足，机器人以为这样的系统可以使人类长久的生存，但是对人的情感世界缺乏了解的机器人错了，连接在这个完美世界里的人类电池大量死亡...... 今生篇 现在进入电影里的MATRIX世界，这里的MATRIX是模拟人类某个历史时期，大多数人类并不知道自己生活在虚幻的世界里，但是这个虚幻的世界并不十全十美无懈可击，在世界的某个角落里总是存在着一些或大或小的BUG（如动画版里小女孩发现的奇妙废弃大楼），还有人类中的某些特殊体质的个体似乎能超越系统的控制（动画版里超越体能极限的短跑高手），更有甚者一些程序和人类接触中有了自我意识，他们学会了逃避系统的删除。 这些难以估计后果的错误有可能导致整个系统的崩溃，对此早期的MATRIX是用亡羊补牢或对知情者灭口的消极方式加以应对，可是这样的运转模式显然无法长久，问题是会越积越多的，修补系统错误带来的可能是更多的错误，必须有一个方法定期对系统进行“大清洗“并重新启动（试想一个充满BUG的游戏服务器，这个服务器从来不停机维护）这就是大家一再提到的“MATRIX升级“，但是麻烦的是连接在MATRIX上的无数人类生命显然是无法重新启动的，这时对人类情感世界已经有相当了解的MATRIX找到了一个“最经济“的方案，那就是反过来利用错误来消灭错误，并利用错误创造重新启动系统的机会，这个完美的计划就是电影黑客帝国三部曲的全部内容。
之前介绍了quast和bosco评估软件，今天带来的是两款可视化拼接的序列的软件，均在windows下运行，得到输入文件即可操作，linux下图形化界面好像也有更新好的，自行探索。
啊~~~本来是半个月的专栏不知道到底过了多久才又和大家见面，其中经历不足为外人道也
网络犯罪分子正在利用一个在2018年12月被发现和已修补的ThinkPHP漏洞传播Yowai（Mirai变种）和Hakai（Gafgyt变种）两种僵尸网络病毒。
20220519_生物信息平台搭建及生物信息软件安装 01 基础软件安装 基础软件安装 ============================================================================================ #java安装 apt-get install openjdk-8-jdk sudo add-apt-repository ppa:webupd8team/java
很多服务器不时地被黑客入侵。因此，这里向您展示如何轻松地保护Linux服务器。 这并不是一个全面的安全指南。 然而，它可以帮助您阻止几乎90%的流行后端攻击，如蛮力登录尝试和DDoS。
通过neo4j-admin方式导入的话，需要暂停服务，并且需要清除graph.db,这样才能导入进去数据。而且，只能在初始化数据时，导入一次之后，就不能再次导入。
这是一个RNA-seq分析的教学教程和工作演示流程，包括介绍云计算(不介绍了，直接从第二章开始)、下一代序列文件格式、参考基因组、基因注释、表达分析、差异表达分析、选择性剪接分析、数据可视化和解释。
您是否曾经想过，为什么周期表是这样构成的？为什么化学键会首先形成？ 这些问题的答案以及其他更多的答案来自量子化学。Wolfram | Alpha及其分步化学产品不会使波粒二象性变得更不可思议，但它们将帮助您将化学性质与潜在的量子力学行为联系起来。
“电影关系图”实例将电影、电影导演、演员之间的复杂网状关系作为蓝本，使用Neo4j创建三者关系的图结构，虽然实例数据规模小但五脏俱全。
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前面介绍了NBIS的单细胞数据分析研讨会，其实他们也有转录组学分析研讨会。大家感兴趣的话，也可以看下。
上期已经安装了图数据库，本期就该讨论到底这个图数据库里面的一些基本的概念和如何操作。最近听到一句话，年轻不年轻，不是看年龄，而是看你对新鲜事物的热情，即使你20岁，谈起新事物也是一脸的不屑，只能说明身体和灵魂分了家。闲话不谈 回归正题。
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作为一门灵活的编程语言，JS中有很多缺陷，这很可能被人们所忽略，而产生很大的失误，在本文中，我们将通过10个容易出错的示例来学习JS语法的一些关键部分，有些甚至是现实世界中的错误，而某些示例则直接来自于JS的基本语法。
神经结构搜索NAS在图像识别任务中已经取得了巨大的成功，Hit-Detector则是将NAS应用在更为复杂的目标检测任务中。目前已经有研究人员尝试将NAS应用在目标检测任务，但是大部分的目标检测中应用NAS只关注搜索检测网络的Backbone或者特征融合方式，而检测网络的其他component仍然由人工设计，在本文中认为这种NAS与人工设计结合的方式会限制检测网络的性能。为了解决这个问题，本文提出一个层次化的三位一体搜索框架Hit-Detector，它不但可以同时搜索检测网络的backbone、neck和head，而且还可以知道backbone、neck和head分别喜欢用哪些操作来组成自己。Hit-Detector的实验结果非常优秀，在没有bells and whistles的情况下，COCO数据集仅用27M的参数量，便可以得到41.4 mAP。
这是时隔4年之后，美国在超算在性能方面再次超越中国。 当地时间周五，美国能源部公布了新一代超级计算机Summit。 据了解，该超算由美国能源部与IBM、英伟达合作开发，数千台主机放一起可以装满两个网球
近日，VR工作室UNLTD与3D引擎公司Unity两家公司联手，将真人视频镜头拍摄的视频，与Unity的实时开发平台制作的3D视觉特效相结合，创建了一款名为“TRINITY”的VR电影。据悉，该电影以
按照计划，这两台超算将先后于2022年、2023年投入使用。 日前，美国能源部公布了一份需求方案说明书，称计划投资18亿美元开发至少两台新的百亿亿次级超级计算机，以谋求美国在高性能计算领域的领导地位。 事实上，根据说明书的内容显示，能源部计划开发的百亿亿次级超算共有三台，只不过，由于第三台还属于“潜在系统”，最后究竟是否开发还需要视情况而定。 据了解，这是能源部第二次决定投入巨资开发百亿亿次级超算系统，其第一台百亿亿次级超算A21目前正处于开发阶段，将部署在阿贡国家实验室，于2021年投入使用。 此次拟定开
2018年12月6日，欧盟宣布斥资6600万欧元用于新型机器人和人工智能项目。欧盟的研究与创新计划“数字化欧洲工业”宣布资助4个项目和一个协调支持计划。
借助openhub.net分析开源项目。 Name Homepage Metasploit Framework http://www.metasploit.com/framework/ NetBSD http://www.netbsd.org GNU C Library http://www.gnu.org/software/libc/ cURL http://curl.haxx.se/ Python programming language https://www.python.org Linux Ker
编者按：灯塔大数据将每周持续推出《从零开始学大数据算法》的连载，本书为哈尔滨工业大学著名教授王宏志老师的扛鼎力作，以对话的形式深入浅出的从何为大数据说到大数据算法再到大数据技术的应用，带我们在大数据技术的海洋里徜徉～每周五定期更新 上期回顾&查看方式 在上一期，我们学习了多机配置的相关内容。PS：了解了上期详细内容，请在自定义菜单栏中点击“灯塔数据”—“技术连载”进行查看；或者滑到文末【往期推荐】查看。 No.70 适于迭代并行计算的平台——Spark初探 Mr. 王 ：在初步了解了并行平台 Hadoop
找论文的时候偶然发现的这本参考书，个人感觉内容还挺丰富的，在这里推荐给大家 书名是 《Plant Bioinformatics Methods and Protocols》third edition
8月4日消息，据外媒报道，索尼（SONY）PS5 Pro已经进入最后阶段，代号为Trinity，其定制的处理器代号为Viola。最新的信息显示，PS 5 Pro处理器将不会采用台积电最新的3nm（N3）工艺，而是将选择台积电N4P制程代工。
导读：2018年9月9日-14日，DeepMind主办的Deep Learning Indaba 2018大会在南非斯泰伦博斯举行。会上，牛津大学教授Nando de Freitas和其他15位专家做了《深度学习：AI革命及其前沿进展》的报告。
1.Module 1 - Introduction to RNA sequencing
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