「R」gtsummary 用表格玩转数据汇总
gtsummary 是一个基于 gt 包的数据汇总表生成包。
项目地址：https://github.com/ddsjoberg/gtsummary[1]
特性
- 支持数据框
- 支持回归模型
- 支持自定义
- 支持 RMarkdown
安装
稳定版：
install.packages("gtsummary")开发版：
remotes::install_github("ddsjoberg/gtsummary")使用
数据框
跟它的依赖包 gt 很类似。下面有动态图：
代码如下：
library(gtsummary)
# 造数据集
trial2 <- trial %>% dplyr::select(trt, age, grade, response)
# 汇总
table1 <- tbl_summary(trial2)美观的表格就出来了！
再看一个例子，我们将数据分组汇总：
table2 <- tbl_summary(
trial2,
by = trt, # 分组
missing = "no" #隐藏缺失数据
) %>%
add_n() %>% # 增加观测值汇总
add_p() %>% # 增加组间比较的统计检验结果
bold_labels() 这样美观的表格有了，想要计算的显著性也有了。
回归模型
来一个逻辑回归：
mod1 <- glm(response ~ trt + age + grade, trial, family = binomial)
t1 <- tbl_regression(mod1, exponentiate = TRUE)增加一个生存分析 Cox 回归结果，并放到一起：
library(survival)
# build survival model table
t2 <-
coxph(Surv(ttdeath, death) ~ trt + grade + age, trial) %>%
tbl_regression(exponentiate = TRUE)
# merge tables
tbl_merge_ex1 <-
tbl_merge(
tbls = list(t1, t2),
tab_spanner = c("**Tumor Response**", "**Time to Death**")
)简简单单几段代码解决了非常多的问题，上车吧。
更多的介绍和使用请看英文文档：http://www.danieldsjoberg.com/gtsummary/[2]
参考资料
[1]https://github.com/ddsjoberg/gtsummary: https://github.com/ddsjoberg/gtsummary
[2]http://www.danieldsjoberg.com/gtsummary/: http://www.danieldsjoberg.com/gtsummary/
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