零代码单细胞VDJ数据分析及可视化

我们机体可以抵御各种各样的病原菌，主要是由于T/ B细胞具有多种类型的受体TCR/BCR能识别不同种类的抗原。通过单细胞测序，可以推测TCR/BCR的种类和数量。今天王老师将为大家展示如何使用SeqGeq™软件来分析分析单细胞TCR/BCR测序数据。

什么是免疫组库？

编码TCR/BCR蛋白的基因分为V区、 D区和J区，VDJ分别包含多种类型并可以随机重组，产生带有不同受体的T/B细胞免疫组库。TCR有两条链组成（αβ配对或γδ配对），BCR由重链H和轻链L（κ型或λ型）。TCR / BCR的多样性对免疫系统的正常功能至关重要，TCR / BCR的变化可用于癌症、自身免疫病等的研究。

V、D、J具有多种重排方式

正常人免疫组库的多样性远高于白血病、淋巴瘤等疾病状态

BD 单细胞VDJ产品+SeqGeq™数据分析

BD Rhapsody™单细胞平台推出免疫组库高变区VDJ CDR3测序，可与靶向转录组、蛋白结合，不断拓展单细胞研究维度。SeqGeq™在分析下游转录组、蛋白组数据的同时，可以通过插件VDJ explorer分析VDJ BCR/TCR数据，简单易用，无需编写代码，操作界面十分友好。

SeqGeq™ VDJ数据分析流程

导入样本转录组表达矩阵，可进行质控、降维、分群等分析。

选中矩阵，点击Workspace-Plugin-VDJ explorer，调取VDJ explorer插件，在METADATA界面，添加VDJ数据。

左侧切换至CLONOTYPES，SeqGeq™按照含有的细胞数量排列TCR/BCR克隆型。Ctrl键选择所需的克隆型（如Top10, Top25等）。右侧可选图表类型（如饼图、柱状图），选择展示的对象（如V基因、CDR3区等），直观展示克隆型的比例，配对链的类型（TCR: αβ或γδ，BCR: 重链H、轻链L κ或λ）。

图表参数可调：

CLONOTYPES界面选择显示细胞，选中克隆型（如Top10）对应的细胞，右击出现 “

Population from Selection” ，会在layout界面生成VDJ细胞亚群。在后续的分析中可与不同的细胞群叠加，方便查看这些克隆型在细胞群的分布。