常用的R包:SingleR、celaref、metacell、scMCA等
网站:CellMarker http://bio-bigdata.hrbmu.edu.cn/CellMarker/ CellMarker通过收集超过100 000篇已发表的文献,总结了 上万个细胞标记基因,涉及人类467种细胞类型,以及鼠的389种细胞类型。
可以查询小鼠脑细胞类型的差异基因以及位置的网站 1).Exploring the Mouse Brain through Single Cell Expression Profiles http://dropviz.org