下面是cytoscape讲师的笔记
cytoscape 毋庸置疑是最出名的网络可视化神器,过万的引用率是最强大的口碑,它支持的网络种类很多。比如蛋白互作(PPI)、转录调控网络图(TF-target)、网络聚类模块分析(Module)、miRNA调控靶标基因网络图、竞争性内源RNA网络(ceRNA)、通路交互网络(pathway-crosstalk)。Download Cytoscape
目前已经进化为一个平台,上面可以有成千上万的各种数据分析工具的扩展插件。包括我即将介绍的:
ls -lh /Users/jimmy/CytoscapeConfiguration/3/apps/installed/
-rw-r--r-- 1 jimmy staff 15M Jan 29 17:33 BiNGO-v3.0.3.jar
-rw-r--r-- 1 jimmy staff 6.6M Jan 29 17:13 Bisogenet-v3.0.0.jar
-rw-r--r-- 1 jimmy staff 7.8M Jan 29 17:37 DisGeNET-app-v6.0.2.jar
-rw-r--r-- 1 jimmy staff 3.3M Jan 29 17:27 KEGGscape-v0.8.2.jar
-rw-r--r-- 1 jimmy staff 189K Jan 29 17:15 MCODE-v1.5.1.jar
-rw-r--r-- 1 jimmy staff 246K Jan 29 17:28 WordCloud-v3.1.2.jar
-rw-r--r--@ 1 jimmy staff 47M Jan 29 17:24 cluego-plugin-2.5.3.jar
-rw-r--r-- 1 jimmy staff 17M Jan 29 17:29 clusterMaker2-v1.3.1.jar
-rw-r--r-- 1 jimmy staff 725K Jan 29 17:11 cytoHubba-v0.1.jar
-rw-r--r-- 1 jimmy staff 135K Jan 29 17:28 enhancedGraphics-v1.2.0.jar
-rw-r--r-- 1 jimmy staff 48M Jan 29 17:40 iRegulon-v1.3.jar
-rw-r--r-- 1 jimmy staff 2.0M Jan 29 17:28 stringApp-v1.4.1.jar
这些插件的安装问题,我简单说一下,官网有个下载地址:http://apps.cytoscape.org/ 调用浏览器下载jar文件,但是需要自己移动到cytoscape的APP目录:
mv ~/Downloads/cluego-plugin-2.5.3.jar /Users/jimmy/CytoscapeConfiguration/3/apps/installed/
上面的mac用户代码,对应Windows用户或者linux需要自行探索。(或者我们有视频直播课程,在:生信必备技能——Cytoscape ,感兴趣的可以加入学习)
推荐在这里下载cytoscape的APP:https://apps.cytoscape.org/apps/all 会自动检查自己电脑是否已经安装。
App Manager
Search
中输入所需要的插件:cytohubba
。之后点击右下角的install
,因为我已经下载好了所以这边是显示灰色。cytoHubba
的选择1、首先选择左边的cytoHubba
进入工作页面
2、Target Network
选择待分析的网络
3、点击Calculate
4、点击Top 10
,可根据自身课题需要,调整提取关键基因的数量
5、下方MCC
可下拉选择计算方法
6、Particular nodes
:选择感兴趣的基因进行分析(一般是对整个网络分析的话,此项可以忽略)
5、点击左下方Display the shortest path
:显示最短的路径
(Check the first-stage nodes
:显示出hub gene连接到的第一个节点
Display the expanded subnetwork
:显示出最长的子网络)
6、右边的列表就显示关键基因的排名:颜色越深,证明分数越高,越显著
7、下方可选择Save Current Rank
1、左边列表点击style
2、下方针对调整对象进行选择,Node:节点;Edge:边
3、需要点击Edge color to arrows
才可以进行调整
4、如果是需要选择/删除/隐藏所有节点或者边时,可通过菜单栏的Select
进行选择
5、这里就可以通过点击Label
和Line Type
中的Remove Bypass
删除数字和虚线
6、输出图像