图形化开放式生信分析系统开发 - 7 分析报告的模板定制与自动生成

在前文中描述了生信分析流程的整个设计、图形化、服务器端运行、批量运行与过程控制（手动停止，恢复运行、覆盖运行），本文尝试解决分析报告的模板定制与自动生成。

需求分析：

1. 报告模板版式设计(视图)：
   • 封面
   • 配色
   • Logo
   • 联系方式
   • 页眉页脚
2. 分析流程的输出数据(数据)：
   • 通用信息：样本信息、患者信息、日期信息、检测项目、报告编号等等。

• 分析流程输出的数据：如肿瘤项目中的SNV，CNV，SV等；可以是一个标准数据集，也可以是多个。 下面是分析流程中SV的输出结果：根据项目需要定义，实际上还会加上各种关联的数据库的数据，也可以实现：
• 分析流程输出图表：分析流程输出的图表，图片；最终显示在报告上面。

报告的自动生成，就是将分析流程的输出数据用模版填充，并提供下载。

技术选型

这里可以选择的技术大致有两种：

1. 使用Web端（即网页）格式：需要时候打印为PDF下载，这是最常用的方式。优点是下载之前可以预览报告，便于调整。缺点是，个性化定制能力稍差，调整范围不大。如果项目很多，则基本上共用一套模板，最多在颜色、字体上做些调整。就像某老板讲的从报告上一看就知道你用了哪套程序，同质化严重
2. 使用Office Word格式：，由word设计模板版式，下载的时候填充数据，下载之后打开预览。优点是，毕竟word的使用门槛比设计web网页低得多。设计的灵活性大的多。而且，下载之后还可以人工修改、打印成PDF格式。缺点是，下载之前没有办法预览，没有web端显示那么直观。 经过反复比对，为了提高整个平台的灵活性，避免过度同质化，这里采用Office Word文件格式来实现报告模板的定制与报告生成。

技术实现

要将设计好的word格式文件，作为模板使用，就需要一套语法，将准备好的数据集用变量显示，生成报告的时候用实际数据替换变量得到报告。

这里举一个简单的例子：

如下图，年龄字段这里做了简单的逻辑判断，如果patient.patientAge==null显示为""空字符，如果patient.patientAge!=null则直接显示patient.patientAge对应的数值。

如下图：

通用数据格式，按照以上形式拼写：${变量名.属性名}来表示相应的值，对于分析流程输出的数据集，也需要设计好语法，与之对应。

对应的数据如下图，实际上还会加上各种关联的数据库的数据，如有需要也可以实现。：

CNV分析输出的图片插入模板：

对应字段${image['cnv_scatter.png']}输出报告后如下图：