使用PeakAnalyzer进行peak注释
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PeakAnalyzer是一款经典的peak注释软件，由PeakSplitter和PeakAnnotator两款工具构成，网址如下
https://www.bioinformatics.org/peakanalyzer/wiki/Main/Overview
1. PeakSplitter
该程序用于将原始的peak拆分成小的peak区间，示意如下
在上图中黑色峰型对应的区域为一个原始的peak区域，经过peaksplitter处理之后，拆分成了6个小的peak区间，称之为subpeak, 对应图中灰色区域，其中三个subpeak上包含了oct4, Nanog, Sox2的motif。
基本用法如下
PeakSplitter -p sampelA.peak -w sampleA.wig -f -o out_dir-p参数代表原始的peak文件，为BED格式，示意如下
chr3 121848221 121848736-w参数代表样本对应的bedgraph文件，示意如下
track type=bedGraph name=Oct4_ChIP-Seq description=Oct4_Chen_2008
chr3 121848220 121848224 4
chr3 121848224 121848225 6
chr3 121848225 121848235 7
chr3 121848235 121848241 6
chr3 121848241 121848246 5输出结果示意如下
Chromosome Start End Height SummitPosition
chr3 121848220 121848250 7 121848230
chr3 121848294 121848403 52 121848377
chr3 121848404 121848454 55 121848433
chr3 121848455 121848625 103 121848480
chr3 121848626 121848736 25 121848652该程序将原始的peak拆分成了长度不一的subpeaks, 适用于组蛋白修饰这种peak长度变化范围的chip_seq数据的处理。
2. PeakAnnotator
该程序由以下3个子命令构成
- NDG
- TSS
- ODS
NDG用于查找peak区间下游最近的non-ovlapping基因，会在正负两条链上分别寻找，示意如下
TSS用于在正负两条链上查找peak下游最近的转录起始位点，基本用法如下
PeakAnnotator TSS \
peak.bed \
hg19.sorted.bed12 \
gene_symbol.txt \
NDG.txt输出结果示意如下
ODS用于分析两个peak的overlap区域，基本用法如下
PeakAnnotator ODS peakA.bed peakB.bed overlap.bed输出结果示意如下
·end·
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