使用蛋白ID如何进行KEGG和GO富集分析

事由起因

昨天，有个童鞋咨询如何使用蛋白ID进行功能富集分析，功能富集分析主要是KEGG和GO。

思路

蛋白ID转UniProt数据库ID

UniProt数据库ID转KEGG和GO号

使用KEGG和GO号进行富集分析

教程（实操开始）

蛋白ID数据类型

蛋白ID的数据是的使用进行隔分的，如果要整理成一列数据，我最开始想到的就是使用进行处理。

「注：个人还是建议使用fa序列进行mapping，但是只要获得正确的结果，也无所谓。」

1. 蛋白ID转UniProt数据库ID

使用UniProt数据库的工具UniProtKB ID Mapping（https://www.uniprot.org/uploadlists/）

「1. 直接将数据-到过来即可，无需操作。」「2. 选择 To ，如下图所示。」

「3. 选择好后直接点解即可。」等待一段时间，即可完成

4. 数据格式选择其中一种即可。

获得结果

目前，已经获得UniProt数据库ID。那么，我们可以直接试用其进行转换即可，方法有两种，一种是直接在KEGG数据库中进行转换，一种是使用云平台进行转换。

KEGG数据库中机芯富集https://www.genome.jp/kegg/mapper/color.html,自己做了没成功。2.使用云平台进行转换（我们的童鞋使用基迪奥云平台进行转换，获得如下结果）

「依旧是你喜欢的样子，GO号和KEGG号都有，可以直接使用。」

方式二：使用R语言进行转换

我们在这里尝试很多方式，依旧是没有成功！需要同学们的帮助，如果你有好的建议或方式，欢迎进行交流，这个问题一直留个大家讨论！！！！

代码一

安装R包

加载数据

这里报错，找不到"idmapping"

报错后后面的依旧是进行不了，找了很多教程依旧是没找到。

代码二

这里依旧是同样的问题，那么大家看一下代码吧。我个人觉得，这个代码的可靠性更高一些。这里使用包。

加载R包

加载数据

转换

代码三

加载R包

加载数据-（同上）

转换

「没有结果！！！！」

「由于没有结果，后面富集分析也就是不能继续了!!」

「如果你想折腾，可以继续折腾！！」

「如果，你不想折腾，也开始直接使用第一种方法即可！」

「往期文章：」

「1. 最全WGCNA教程（替换数据即可出全部结果与图形）」

「2. 精美图形绘制教程」

小杜的生信筆記 ，主要发表或收录生物信息学的教程，以及基于R的分析和可视化（包括数据分析，图形绘制等）；分享感兴趣的文献和学习资料!!