基于药效团的靶标预测

一. 简介

Ligandscout-Expert以KNIME为界面提供了Ligandscout的全部功能:基于结构的药效团识别、基于配体的药效团识别、构象搜索、虚拟筛选、分子对接、数据集准备、化合物获取、专利搜索、文献搜索、作用谱分析。靶标预测就是用了Ligandscout KNIME的Ligand Profile的作用谱分析功能:将一个化合物与很多、不同靶标的药效团进行匹配,预测其可能的生物活性与靶点。

二. 准备工作

软件: Ligandscout-Expert (Ligandscout Knime界面)

药效团数据库:自己平常积累,或者向墨灵格索要药效团数据库(仅限Expert用户)

三. 使用流程

使用作用谱分析共走流: 打开KKNIME , 双击Target Profiling工作流

图1. Target Profiling工作流

2. 在Query处读入要预测靶标的化合物mol2文件,也可以是其它的文件格式比如sdf,SMILES等。

3. 点击Report处,设定预测结果报告的文件名与保存位置。

4. 点击Execute all Executable node命令,开始预测靶标,并生成报告。

图2. 执行预测命令

5. 预测报告是一份Excel文件,内容样式如下:

图3. 报告样式

内容包含:

(1)PDBID:生成该基于结构药效团所使用的PDB结构代码。

(2)Fitness:化合物与药效团的匹配程度。

(3)Model:药效团。

(4)CHAI-Site:生成药效团所用的PDB结构结合位点。

(5)Uniprot_AC:该药效团对应的蛋白UNIPROT获取号(检索号)。

(6)Uniprot_ID: 该药效团对应的蛋白UNIPROT ID号。

(7)Uniprot Name:该药效团对应的蛋白靶标名称。

(8)Rank:靶标的打分排序。

根据蛋白的信息,可以了解到对应的疾病、功能。

四、如何创建自己的药效团数据库

在使用Ligandscout时,将生成或验证过的药效团模型保存到即可。

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  • 原文链接:http://kuaibao.qq.com/s/20180125G0CAF800?refer=cp_1026

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