简介
conda原本是为了解决Python模块安装的依赖问题,然而可能是无心栽柳柳成荫,conda目前已经超越了其最初目的而存在,可以解决大多数软件的安装和配置,包括各种本身与python毫无关系的包,也就涵盖了,我们大多数的生物信息学软件。而为此conda的软件源有多种,其中专门收录了生物信息学软件的软件源,亦即bioconda。所以bioconda仅仅是conda的软件源之一,与bioconductor之于CRAN,bioperl之于CPAN是类似的。所以掌握bioconda,事实上也就是掌握conda,反之亦然。
安装conda
可以安装Anaconda,也可以安装miniconda,具体如果没有root权限,建议安装后者,安装过程类似,简单,
安装完了conda,剩下的其实就只配置bioconda(其实就只是添加软件源)
如果root身份运行则添加到全局,如果是用户身份运行则会修改用户主目录下的.condarc文件,与bashrc, bashprofile等类似
以上,无论是conda默认的软件源还是bioconda软件源都是国外的,速度非常慢,
所以需要增加国内软件源,同时bioconda已经有清华,中科大两个国内镜像,也添加进去
使用
使用conda/bioconda的过程其实也就是使用conda进行软件的安装和配置过程
主要的使用方法有两种:
直接配置到默认环境(适合root用户安装)
对于root,,有时候其他用户需要一些软件,安装起来还是比较麻烦的,此时直接使用conda安装,可能会非常方便,举例,安装bw
如此,bwa的安装就完成了,可以直接在所有客户的默认环境中使用,
在当前环境下直接使用conda进行软件的安装,事实上就与yum apt-get dnf类似,安装软件,同时将软件配置到当前环境变量,对于anoconda而言,可能是 PATH/anaconda3/bin/bwa, 其中,在安装anoconda的时候,PATH/anoconda/bin已经被添到环境变量中 - 如果没有,请自行添加
模拟虚拟环境(适合所有用户,有root和没有root都有OK)
对于非root用户而言,如果直接运行,那么可能会受到写入权限的限制,此时可以使用conda最灵活的操作,模拟虚拟环境(注意不是创建),
此外,对于模拟虚拟环境的这种使用方法上,其实还有一种非常常见的应用场景,
亦即,服务器上安装的是pythono3 而此时我们需要使用以下python2.7 ,却不想调整系统配置,如何处理
如果需要特定版本的软件,比如samtools,怎么办?
以上,在生物信息软件中conda的安装和使用,应该都非常清楚了,
详细的使用方法,可以参考conda 的 conda cheat sheet
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