用在线RaxML构建系统发育树

本文将以在线的RAxML为例进行讲解：

测试数据及结果和相关处理软件已经上传至百度网盘：http://pan.baidu.com/s/1i5cPyXB密码：b23t

注：所有红色字体部分的结果都是本文测试数据所展示的结果

构建进化树的方法常见有：

Distance methods (距离法)

UPGMA (unweighted pair group method with arithmetic means)

Fitch-Margoliash

Neighbor-joining

Discrete character methods (独立元素法)

Parsimony

Maximum likelihood

下面将一步一步教大家进行系统发育树的构建

首先要用在线的MAFFT进行Alignment

值得一题的是此软件也是发在MEB上的一篇神文，多个版本历史被引用几万次，MAFFT第7版于2013年发表已经引用破5000；主页 https://mafft.cbrc.jp/alignment/software/，在各种系统的版本，适合所有人可用。

在线版地址：https://mafft.cbrc.jp/alignment/server/index.html

上传fasta序列文件到文本框中（All_Lentitheciaceae_LSU_sequence.fasta）

UPPERCASE / lowercase:选择 Same as input

Direction of nucleotide sequences: Help选择 Adjust direction according to the first sequence (accurate enough for most cases)

Output order:选择 Same as input

添写接收结果的邮箱，最后点击Submit

我们将邮件中的结果打开链接，选择fasta格式，复制新页面中内容粘贴至文本编辑器中另存为一个.fasta的文件（All_Lentitheciaceae_LSU_Aligned.fasta）.

用Mesquite格式转换

这个软件解压之后可以直接点击运行(文件己存些百度云链接中，需要Java环境支持)

File—open file—选Fasta（All_Lentitheciaceae_LSU_Aligned.fasta）—OK—输出 .nex的文件（All_ALIGNED.nex）

然后选File—export—Phylip(DNA/RNA)—OK—参数选择序列最长字母数—导出.phylip格式的文件（All_ALIGNED.phy）。

PHYLIP介绍

PHYLIP是一个包含了大约30个程序的软件集，基本囊括了系统发育分析的所有方面，而且是免费软件，如上面提到的DNADIST和PROTDIST。根据谷歌学术检索，该软件目前已经被引用了3万次(3个常用版本)，非常强大。其处理DNA序列的软件和处理蛋白质序列的软件不同：用最大节约法构建进化树时，DNA序列采用DNADIST软件，蛋白质采用PROTPARS软件；用距离法构建树时，DNA采用DNADIST软件，蛋白质采用PROTDIST软件；用最大似然法构建树时，DNA采用DNAML、DNAMLK,蛋白质采用PROTML或PROTMLK软件。

在线进行系统发育树构建：

进入ATGC网站 http://www.atgc-montpellier.fr/

我们选择左端Online programs，新页中选择PhyML，如下图

上传上一步得到的PHYLIP format文件（All_ALIGNED.phy）

选择建树模型：(如果前期得到了用Jmodeltest的树的模型可以在下列选项中选择一个模型），如果前期没有筛选模型选择GTR; Number of random starting tree: SPR

Tree Searching： 如果没有给定的树选择：BIONJ，no

Branch Support：Fast likelihood-based method：noPerform bootstrap：1000， yes

然后输入你任务的名字以及接收结果的email地址。

最后你就能把你的结果打包下载啦，这其中最有用的文件就是RAxML_bestTree.All_ALIGNED_result，这个树文件啦~

最后进行树的查看与编辑

可以用Figtree (免费软件)查看并编辑树的软件

树的编辑与美化都是依据个人喜好，大家可以用Figtree, Adobe Illustrator, Photoshop 等多种软件按自己的需求进行树的编辑与美化。