KEGG API 用法详解下篇

本篇接着介绍下列 4种 api 的用法：

get

conv

link

4.ddi

get

根据提供的kegg 标识符，返回特定的记录，多个标识符之间用 连接，一次最多允许10个标识符，格式如下

http://rest.kegg.jp/get/dbentries[/option]

dbentries = KEGG database entries of the following database

database = pathway | brite | module | ko | genome | org | vg | ag | compound |

glycan | reaction | rclass | enzyme | network | variant | disease | drug | dgroup | environ | disease_ja | drug_ja | dgroup_ja | environ_ja | compound_ja

option = aaseq | ntseq | mol | kcf | image | conf | kgml | json

共有两种用法

第一种用法，不带任何的option, 返回的结果和网页版的结果类似

示例：返回基因的信息

http://rest.kegg.jp/get/hsa:10458

第二种用法，后面加上options 操作，需要注意的是，特定的数据库有特定的option。

对于gene 数据库而言，支持 aaseq 和 , 返回基因的序列

示例：返回基因的核酸序列

http://rest.kegg.jp/get/hsa:10458/ntseq

对于pathway 数据库而言，支持 image ， conf， kgml ，但是一次只允许查询1条记录

示例： 返回的通路图

http://rest.kegg.jp/get/hsa05130/image

对于 compound, glycan, drus 数据库，支持 images , mcol, kcf 操作，对于images , 一次只允许返回一条记录

示例 : 返回 的结构示意图

http://rest.kegg.jp/get/C00002/image

conv

转换kegg 的ID 和其他数据库的ID

第一种格式，所有记录之间的转换

http://rest.kegg.jp/conv/target_db/source_db

(target_db source_db) = (kegg_db outside_db) | (outside_db kegg_db)

For gene identifiers:

kegg_d> = org

org = KEGG organism code or T number

outside_d> = ncbi-geneid | ncbi-proteinid | uniprot

For chemical substance identifiers:

kegg_db = compound | glycan | drug

outside_db = pubchem | chebi

示例： human的ncbi entrez ID 和 kegg 的ID 进行转换

http://rest.kegg.jp/conv/hsa/ncbi-geneid

第二种格式， 某几条记录之间的转换，格式和第一种相同，只不过每次返回几条记录之间的对应关系，多条记录用 连接，1次最多允许10条记录

示例，查询和 两个基因对应的 ncbi protein id

http://rest.kegg.jp/conv/ncbi-proteinid/hsa:10458+ece:Z5100

link

检索两个数据库之间的关联，共有两种用法

第一种，两个数据库之间的关联

http://rest.kegg.jp/link/target_db/source_db

target_db = database

source_db = database

database = pathway | brite | module | ko | genome | org | vg | ag | compound |

glycan | reaction | rclass | enzyme | network | variant | disease | drug | dgroup | environ | atc | jtc | ndc | yj | pubmed

示例：human 基因和pathway 之间的对应关系

http://rest.kegg.jp/link/pathway/hsa

第二种，查询某几条记录在两个数据库之间的关联

示例：查询hsa:10458和ece:Z5100 两个基因对应的pathway 信息

http://rest.kegg.jp/link/pathway/hsa:10458+ece:Z5100

ddi

查找药物之间的相互作用关系 , URL 格式如下

http://rest.kegg.jp/ddi/dbentry

dbentry = Single entry of the following database

database = drug | ndc | yj

可以提供1个药物的ID, 也可以一次提供多个，多个ID 用 连接

示例 ： 查询和 这种药物存在相互作用的记录

http://rest.kegg.jp/ddi/D00564

总结：

kegg API 允许我们方便的获取各种资源，最大的好处是我们可以通过程序批量下载，比如批量下载一个物种所有的pathway通路图或者kgml 文件。API的用法也很简单，关键是我们要理解返回的数据有什么意义，比如 kgml 文件中记录了哪些信息，conf 文件中的数字代表了什么，后续我会详细介绍这些东西，通过kgml ,conf , 可以实现很多有意思的功能。