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本地比对系列之-Bioedit本地序列比对

写在前面:在搜索基因组里某一基因家族成员时常用到本地序列比对。比对程序很多,Windows下比如本地BLAST,hummer等。它们需要设置电脑环境,运用命令操作(后续推出)。由于个别同学们连最基本的用命令进入某个盘,某个文件夹都不会。所以这里推荐一个《生物信息学》课程提到的bioedit软件实现比对搜索(里面整合了建数据库和对应算法)。

大致流程:

1.首先要有基因组数据库。常用蛋白序列,为.fas格式

2.要有种子序列,也就是Query,对应也是FASTA格式

3.在bioedit里把基因组对应蛋白序列建成本地数据库(这个软件不需要命令操作了,直接傻瓜式一键完成)

4.打开本地Local BLAST,输入选择的比对程序,刚建立的数据库,粘贴或导入种子序列,选择想要的E值,以及比对方法(可以多试试几种,结果整合,反正最后也要验证是否正确)。点击最下方查找即可。

5.根据比对出的结果在基因组数据里(建库时用的.fas文件)把这些比对序列找出来。如下图,结果里会有相应测序时的序列号

6.把从基因组里提出来的序列一一验证,去除假阳性,确定比对出来的是和 种子序列一个家族。验证常用网站,在讲蛋白质功能域、保守区查找时提到过。比如SMART、MEME等。具体网址自己百度谷歌吧

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  • 原文链接http://kuaibao.qq.com/s/20180418G06SSV00?refer=cp_1026
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