类BLAST 比对工具-BLAT极简指南

一、BLAT介绍

Blat,全称 The BLAST-Like Alignment Tool,可以称为"类BLAST 比对工具",由 W.James Kent 于 2002 年开发。

相对于BLAST,BLAT的竞争力源于两个特点,

1、可以将呈多个同源区域连接成单个更大比对结果,而BLAST则只能输出单个匹配结果,更有利定位mRNA、cDNA以及EST等特定序列在参考基因组中的位置。

2、速度快,BLAT建立参考基因组的索引是建在内存中,而BLAST 的索引是建在文件中。

二、下载安装

下载地址:https://users.soe.ucsc.edu/~kent/src/blatSrc35.zip

解压:unzip blatSrc35.zip

查看服务器操作系统:uname -a # 含有x86_64则是64位, 含有i386则是32位

设置服务器类型: export MACHTYPE=x86_64

建立安装目录:mkdir ~/bin/x86_64

进入软件目录安装: cd blatSrc && make

添加环境变量: echo "export PATH=$PATH:~/bin/x86_64" >> ~/.bashrc #添加到随系统启动读取目录下的文件中即可

三、使用

基本命令: blat database query -t=type -q=type [-ooc=11.ooc] output.psl

# database 参考基因组序列,需要fasta格式

# query 输入序列,需要fasta格式

# -t=type -q=type 参考基因组序列类型,常用两种类型,DNA或Protein,其他相对用的少

# -ooc=11.ooc 这个参数一般不用,用了这个效果是速度提升,准确度下降,具体请参考https://genome.ucsc.edu/FAQ/FAQblat#blat1 中的“Using the -ooc flag”小节

# output.psl 输出文件,以制表符分隔,非常清晰的共线性结果,如果有疑问,具体内容请参考 https://asia.ensembl.org/info/website/upload/psl.html

补充:更详细的参数描述,请参考http://genome.cse.ucsc.edu/goldenPath/help/blatSpec.html

参考资料:

https://genome.ucsc.edu/FAQ/FAQblat#blat1

http://genome.cse.ucsc.edu/goldenPath/help/blatSpec.html

https://en.wikipedia.org/wiki/BLAT_(bioinformatics)#BLAT_vs._BLAST

https://asia.ensembl.org/info/website/upload/psl.html

  • 发表于:
  • 原文链接:http://kuaibao.qq.com/s/20180423G1WQM100?refer=cp_1026
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