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MethyCancer:癌症相关的甲基化基因数据库

癌症作为人类健康的头号杀手,引起了科研工作者的官方关注。鉴于DNA甲基化修饰在肿瘤中的重要作用, 数据库整合了DNA甲基化数据和基因表达谱数据,将癌症与相关的基因联系起来,

网址如下

在数据库的首页,有人类染色体的标示图,可以快速的查看每条染色体上相关的数据概况。

中的甲基化数据共有5个来源:

HEP

MethDB

UHN

Columbia University

BIG

对于这5个不同来源的数据,划分成了7种不同的类型

Methylation region

Methylation content

Methylation pattern

Methylation profile

CpG Island I

CpG Island II

CpG Island III

具体的定义可以查看官网的详细说明。通过这个数据库,我们可以方便的检索到癌症相关的基因。

设置好检索条件之后,点击 按钮,就可以看到如下结果:

点击对应的, 可以看到所有和该癌症相关的基因,比如相关的基因,这些基因就可以作为该癌症研究对应的。

在该数据库中,还提供了一个CpG岛的预测工具

输入一段fasta序列,然后定义好其他的几个阈值,提交就可以了。

最重要的一点,这个数据库是可以免费下载。

  • 发表于:
  • 原文链接http://kuaibao.qq.com/s/20180419G1HR4800?refer=cp_1026
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