RNA甲基化研究常用的数据库，我收藏了，你呢？

这一期咱们讲讲科研热点：RNA甲基化（m6A）。

是不是想让自己的课题往热点上蹭？m6A是一大热点，文章质量都很不错，但前提是要知道自己所研究的RNA有没有m6A修饰位点呢？师兄介绍两个新鲜刚出炉的m6A位点预测数据库，让你不做实验就能心中有数。

2018国自然RNA甲基化项目

（1）RMBase v2.0

网址：http://rna.sysu.edu.cn/rmbase/

创建者：屈良鹄

咱们之前介绍过此神人，屈良鹄教授是生命科学学院教授、博士生导师，教育部“长江学者奖励计划”特聘教授。长期从事分子生物学与基因工程方面的教学与科学研究，是RNA组学领域专家。在Nature、Science、PNAS、Hepatology、Nucleic Acids Res等国际重要杂志上发表论文100余篇，就是这么吓人。

咱们熟悉的Starbase就是该神人实验室构建的，这个RMBase也是其成果，前几年出了个1.0版本，这不2.0版本更新了。

严格来讲RMBase是一个RNA水平表观遗传修饰查询的数据库，除了m6A，还可以查询RNA和miRNA的结合、RNA结合的蛋白分子等，数据来源于GEO和Sequence Read Archive

(SRA) databases中的CeU-seq，Aza-IP，MeRIP-seq，m6A-seq，m1A-seq，miCLIP，m6A-CLIP，RiboMeth-seq，Nm-seq的测序数据。

这个数据库包含约1 373 000个N6-methyladenosines (m6A)修饰，∼5400 N1-methyladenosines (m1A)修饰，∼9600 pseudouridine修饰, ∼1000 5-methylcytosine (m5C) 修饰，∼5100 2’O-methylations (2’O-Me)修饰信息。

但是这个网站一直上不去，跟starbase一样，坐等数据库更新完毕。

（2）m6AVar

作者：中山大学任间教授

中山大学生命科学学院、超级计算学院，中山大学生物信息学中心主任，广东省首批自然科学杰出青年基金获得者。师兄发现任间教授和RMBase的主创团队居然是同一个学院的，两个数据库发表的论文也就相差了7天时间，竞争从内部就开始了。

下面这张图就是m6AVar数据库主要包含的查询类别，包括m6A位点查询、基因SNP查询、RNA的RBP蛋白以及结合位点、miRNA-RNA作用预测等。

那咱们接下来就操作感受一下：

首先第一步咱们搜下lncRNA Malat1的信息

结果呈现

可以查询此基因m6A过程中的RBP（RNA结合蛋白），其在m6A中起重要作用