伯豪全外分析小工具上线啦

全外报告系统小工具首发

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告，当然包括了基本的项目流程、实验报告和分析结果。

本网页系统报告包括了基本的项目流程、实验结果及分析结果等等。

除此之外，贴心的我们连同个性化分析小工具一并奉上，助您成就科学发现！

项目流程

总体来看，整个项目流程包括了DNA抽提、文库构建及质检、捕获测序、变异检测与注释。同时我们在每一个步骤都附上了较为详细的中英文说明，以供参考。

样本DNA及数据质控

获取项目结果后，如何判断结果是否靠谱呢？就取决于实验结果和分析结果。实验方面就看DNA质检报告和文库质检报告。使用Qubit2.0对DNA进行质检，检测DNA浓度、总量、OD值等，并给出DNA质量等级。判定为A的样本可以进行后续实验。符合DNA质控要求的进行后续建库测序。构建好的文库用Qubit® 2.0 ，Agilent 2100检测文库的浓度、纯度和片段大小，质检合格的用于后续测序。分析方面，是否可靠呢，首先看测序得到的数据是否合格。评估数据的重要指标是总的数据量、Q20、 Q30，一般要求Q20大于90%。我们现在是用hiseqX或nova进行测序，目前的测序质量Q30一般也可以达到90%以上，所以测序质量是可以得到保证的。

基因组比对

数据质控合格后进行基因组比对，然后可以获得mapping率、覆盖度和测序深度等信息。

mapping率，代表了测序数据中有多少成功比对到了基因组上。如mapping率过低，则可能存在污染情况。

Unique Mapped Ratio(%)是去掉PCR重复后比对上的Reads数目的比例。因此这个值越高，代表数据利用率越高。

Ontarget衡量捕获效率，数值越高代表捕获效率越好，一般达到70%左右。

测序深度就是测序得到的碱基总量（bp）与基因组大小的比值，理论上测序深度越高，支持突变的reads数更多，检测的突变越准确。尤其是肿瘤样本，具有异质性，需要的测序深度需适当加深，例如150×以上。

覆盖度是指捕获区域中有碱基比对上的区域占总捕获区域的比例，越高越好。一般外显子组测序的覆盖度都可以达到95%以上；Coverage越高，则代表漏掉位点的假阴性可能越低。

检测结果

（一）SNV、InDel检测及注释

目前，我们的全外基础报告里提供了以下4方面内容：包括变异标准命名、人群数据库频率、疾病数据库注释和突变功能性预测。

1. 变异的检测结果和突变命名：给出每个个体的野生／杂合／纯合突变情况，给出标准突变命名；

基本突变信息如下：染色体ID，位置，参考基因组碱基，call出的突变的的碱基，每个样本中对应的突变情况，0/1 杂合突变，1/1纯合突变。Filter对突变进行打分，pass的可靠性高。

基本位置和功能注释如下：

2. 人群数据库的注释：注释1000G、 EXAC、dbSNP等数据库，观察这个突变在人群中是否罕见。通常会筛选人群频率小于1%的位点。

3. 疾病数据库的注释：观察这个突变是不是已经有人研究过，是不是与某些疾病相关，有无危害；其中，Cosmic数据库主要收录肿瘤体细胞突变；ClinVar收录遗传致病位点，是最常用、更新最快的位点数据库，也收录了部分体细胞突变的位点；OMIM数据库主要收录遗传病，特别是孟德尔遗传病；GWASCatalog数据库收录了GWAS研究得到的显著性位点。

4.变异危害度预测：通过生信软件计算，预测这个突变是否造成蛋白功能损害。常见Missense mutation评估软件：SIFT，PolyPhen-2，MutationTaster等。

（二）CNV检测及注释

得到的变异区段结果用数据库DGV注释，CNV结果表格包含了CNV的起始位置、结束位置、大小，类型，编号以及CNV区段相关的基因等信息。

个性化分析小工具

为了有助于全外数据挖掘，我们还新增了个性化分析小工具（后续会继续更新）。目前已有表型打分系统，输入表型关键词，综合多个软件评分和1000G数据库信息，即可得到评分较高的基因列表，可作为验证的参考。

举个例子，某个血液样本来源于患者，患者表现为癫痫（epilepsy）。我们选择这个样本，输入关键词epilepsy，提交，进行表型打分，按照分值由高到低展示基因列表。

欢迎点击项目流程栏目中的报告视频解读，查看报告解析。