原来,药物也需要一个数据库!这个数据库,你用了吗?

今天给大家介绍的是一个药物相关的数据库——L1000FWD。

这个数据库可以帮助我们找到药物作用的机制,哪些基因发生差异表达等等,功能相当强大,并且数据非常全喔~

网站:http://amp.pharm.mssm.edu/L1000FWD/

网站加载数据需要一点时间,在网站的首页,我们一开始看见的这样一张复杂的全局图。

那这张图在说些什么呢?我们带大家来看看吧~

点的形状代表药物处理时间,颜色代表作用机制。我们将鼠标放在点上就会显示具体的实验信息:用的什么药,多长时间,剂量如何,什么细胞系。

初步介绍了怎么看这个图之后,我们来看下我们用的时候要怎么选。

在首页的右边,我们可以选择不同的标识,比如按照p-value和剂量来选择点的形状:

同样的颜色设置也可以有许多不同的选择:

我们选择不同的药物,就能在整张图中高亮显示

点开之后,就能查看药物使用报告,我们可以获取在当前作用条件下哪些基因产生了特异性的表达,并能在线做功能富集分析。

同样的,我们也能根据特异性表达的基因来寻找相关的药物以及作用机制。

如果我们想关注某一细胞系,那这里有大量的细胞系可供我们选择~

最后提醒大家一下,使用数据库的时候要有点耐心,数据量比较大,加载起来需要一点时间的喔~

今天的介绍就到这里了,希望能帮到大家~~

赛哲生物︱成就创业与创新梦想

  • 发表于:
  • 原文链接https://kuaibao.qq.com/s/20180517B0F2JI00?refer=cp_1026
  • 腾讯「云+社区」是腾讯内容开放平台帐号(企鹅号)传播渠道之一,根据《腾讯内容开放平台服务协议》转载发布内容。
  • 如有侵权,请联系 yunjia_community@tencent.com 删除。

扫码关注云+社区

领取腾讯云代金券