细胞外囊泡miRNA数据库使用简介

前几天小编介绍了华中科技大学发布首个大样本量的细胞外膜泡miRNA数据库(点击直达)。华中科技大学发布首个大样本量的细胞外膜泡miRNA数据库。一个好的数据库在前期可以帮助确定要深入研究的基因,从而使后期的功能和机制研究更顺利。但目前细胞外囊泡相关的数据库较少,很多时候只能基于自己的芯片或者测序结果选择深入研究的基因。近日华中科技大学的老师们推出的细胞外囊泡miRNA数据库为大家提供了一个进一步验证自己数据的平台。

这一数据库收录的数据比较广泛,样本量也比较大,利用这一数据库可以查询特定组织细胞来源细胞外囊泡的miRNA表达情况,也可以通过搜索特定的miRNA查询其在不同组织细胞的表达情况。我们邀请数据库的开发者对该数据库做了一个简单的介绍,希望能够帮助大家更好地了解和使用这一数据库。(在此感谢文章的作者刘腾博士的悉心讲解)

细胞外囊泡(Extracellular Vesicles,EV)作为细胞间通讯的重要媒介,其内含物为各种疾病提供了潜在标志物,是液体活检的热门方向之一。近日华中科技大学的郭安源教授团队在Nucleic Acids Research杂志发表论文EVmiRNA: TheExtracellular VesiclesmiRNA Database(Liu, Zhang etal. 2018)(http://bioinfo.life.hust.edu.cn/EVmiRNA),揭示17种器官或疾病来源的外泌体或微泡的miRNA表达谱,鉴定了每种细胞外囊泡的特异表达miRNA,提供了miRNA在各种细胞外囊泡和癌症中的表达谱,miRNA的靶基因,调控通路和功能等注释信息,为细胞外囊泡的miRNA研究提供重要资源。

下面从4个方面介绍EVmiRNA使用方法:

1)外囊泡的来源浏览,

2)外囊泡表达的miRNA浏览,

3)外囊泡特异表达的miRNA浏览,

4)搜索

1)外囊泡的来源浏览

用户可进入sample页面浏览(http://bioinfo.life.hust.edu.cn/EVmiRNA/#!/browse),如下图,点击感兴趣的来源,进入详细结果页面。也可在首页的sample search中查找。

比如,我们点击B cell,得到下图,包含Bcell EV表达量下载,样本总体概况,高表达miRNA表达热图,以及reference和EV提取方法等。

2)外囊泡表达miRNA浏览和查询

用户如想浏览某个miRNA在不同细胞外囊泡中的情况,可进入miRNA页面(http://bioinfo.life.hust.edu.cn/EVmiRNA/#!/mirnalist),如下图,该页面列出了所有外囊泡中表达的miRNA和对应基本信息,如果想概览某个miRNA在各种囊泡中表达,可点击对应的Detail。然后点击感兴趣的miRNA id会进入该miRNA的详细信息页面。

如上图,点击has-let-7a-5p,进入对应的详细信息页面,如下图,用户可以浏览对应miRNA的基本信息,表达谱,靶基因,调控pathway,功能和对应文献等。

3)外囊泡特异miRNA浏览

如果用户,想查看某种细胞外囊泡的特异miRNA,可以进入Specific miRNA页面(http://bioinfo.life.hust.edu.cn/EVmiRNA#!/special),如下图,

左侧点击自己感兴趣的EV或着cancer type,右侧会显示对应的特异miRNA和对应的样本参考文献。

4)搜索

用户可以在首页进行miRNA id的搜索,以及各种外泌体来源的搜索,如下图。

在Search(http://bioinfo.life.hust.edu.cn/EVmiRNA/#!/search)页面进行miRNA ID以及各种来源外囊泡miRNA表达量的联合搜索。

另外所有的数据都自由下载,提供学术使用,在docment的download部分(http://bioinfo.life.hust.edu.cn/EVmiRNA#!/document),提供了每种来源外泌体的表达量以及isoform比对的文件下载。

希望这个简单的介绍可以帮助大家更好的使用这一数据库。

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