如何利用GDSC数据库分析某个药物对癌症的影响？

癌症药物敏感性基因组学（GDSC）数据库是癌症细胞药物敏感性和药物反应分子标志物信息的最大的公共资源，其中包含大量药物敏感性和基因组数据集，这些数据对于发现潜在肿瘤治疗靶点十分重要。

进入DCSC数据库（www.cancerRxgene.org）

一、首先，点击Compound，进入所有药物的界面。“Compound” 将化合物敏感性数据与基因组数据集相关联，可以帮助我们识别与药物敏感性和抗性相关的分子特征。

Name：名字

Synonyms：别名

Targets：作用的靶标

Targets pathway：靶标的pathway

PubCHEM ID：PubCHEM数据库ID

sample size：样品的大小

二、我们以第一个药物为例。点击其名字，就可以看到该药物的细胞系IC50值。

Number of cell lines screened：细胞系的数目

Maxlmum IC50（uM）：最大的IC50

Geometric mean（uM）：中位值

Minimum IC50（uM）：最小的IC50

Min screening concentration（uM）：最小的用药浓度

Max screening concentration（uM）：最大的用药浓度

将每个细胞系对应的IC50值，按照药物敏感度排列，得到上表。表底部的三个按钮允许以.csv，.tab或.xlsx文件格式下载表格。

三、点击Volcano Plot得到火山图。火山图可以用于使用MANOVA计算药物敏感性数据与遗传事件的相关性。

横坐标：效应值

纵坐标：P值

圆圈大小：代表样品的数目，圆圈越大，说明样品的数目越大

圆圈的颜色：绿色代表突变会提高药物的敏感性，红色代表突变会提高药物的耐药性

下表里对有统计学意义（FDR小于0.2，也就是FDR小于20%）部分进行颜色标记。表底部的三个按钮允许以.csv，.tab或.xlsx文件格式下载表格。

四、点击Scatter plots得到散点图。

散点图默认显示FDR最显著的，BRAF突变和野生型的对比。也可以点击Select Feature选择其他细胞系。

右边默认显示所有癌症类型的IC50，也可以选择特定的癌症（比如BRCA）查看其对应的IC50。

MWW p value这个参数代表了重要程度。

选择研究的药物得到该药物的细胞系IC50值得到火山图得到散点图选择癌症类型，这样，我们就可以分析某个药物对癌症的影响了。

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