绘图：单基因在多个组织中的表达

GTEx数据库(https://www.gtexportal.org/home/) 可以看某个基因在多个组织中的表达，以WASH7P为例：

回车后是这样子的

这张图可以定制，如果组织多了，可以通过tissue选择少一点

这张图可以下载

下载后是svg格式，意味着可以在AI里面二次修改，定制。

但是，这个图是没有统计信息的，看一眼可以，发表文章需要自己修改。

那我们今天就下载原始数据来定制化绘图，正好练习一下数据框的增删改查。

首先，下载数据，一个是表达量数据，一个是注释数据

进入这个网址https://www.gtexportal.org/home/datasets

下载这两个数据

进入Rstudio开始操作：

读入表达量数据，因为是gct文件，这个文件在GSEA那里出现过，要把前两行去掉

这个数据很大，所以我只取前100行来操作

即使是这样这样的小数据，一般的小电脑也不要直接打开看数据，我在这个数据里面再截取一部分来看

可见，行是组织样本，列是基因，不符合ggplo2的输入格式，所以我们要调整一下

最后的数据是这个样子的

上面的那个对于数据框的转置操作，很常用，所以我把他转变成了一个小函数

测试一下写成的小函数,是完全OK的

开始正式处理数据

选取一部分数据出来看看，发现是符合要求的， 进入下一步，

增加注释信息，因为目前每个组织给的都是代号，我们要知道每个代号表示的是什么组织

我们拿点数据出来看一下，多了一列

保存一下数据,这里保存的是Rdata，意味着以后读入特别方便，

我思维里面一个突破就在这个地方

R语言里面的数据，不要老是写出写进的，就让数据在内部流动，出了图才算结束。

下面进入画图环节，还用前两次用的R包“ggstatsplot”

开始！！！

WASH7P基因在心脏里面的表达

WASH7P基因在皮肤里面的表达

WASH7P基因在食管里面的表达

其实我更加在意的是在乳房，睾丸和子宫里面的表达，这是生命起源的地方。

假如有人也想练习一下这个小绘图，我把画图文件已经上传，回复“乳房练习”即可。

然后在R语言里面load一下，数据就进去了，直接进入画图流程。