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科研小萌新,掌握这些技巧,轻松玩转各个基因!

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科研的基本研究便是基因的研究,拿到一个新基因,第一步要做的便是查阅文献、数据库,用一切方法来确定基因是否值得研究。下面我就介绍几个常用网站,以模式动物小鼠基因MMP2为例,对基因进行初步分析。

一:基因基本信息

1.首先通过biogps网站(http://biogps.org/#goto=welcome)看一下基因的组织表达。

(1)输入基因名称,选择物种,这样就可以看到该基因在各个组织的表达分布情况。

(2)改变右上角的change database,还可以查看不同数据库该基因的组织表达情况。

(1)数据库对小鼠基因名称全称以及别名,基因的染色体定位均有详细介绍,一目了然。

(2)数据库介绍了基因的 GO数据库信息,包含(1)分子功能。(2)细胞学组件。(3)生物学途径等。同时也可查看基因分子功能、突变以及表型分析、蛋白信息。

3.基因功能研究最终为人类基因研究。小鼠基因与人类基因同源性比较是不可缺少的一部分。进入Pubmed主页,点开“BLAST”,选择“Nucleotide”,点击“Align two or more sequence”,分别输入人类基因与小鼠基因ID。点击“blast”,就可以得到基因的相似性。

2. 对于基因已知功能与是否具有研究可行性,首先要了解基因蛋白功能域。Interpro (https://en.wikipedia.org/wiki/InterPro)是常用蛋白组学分析网站。输入基因名称,可以搜索到蛋白质三维结构,以及相关功能域。

3.最后,通过以上网站对基因有了初步了解,就需要查阅文献仔细阅读,认真分析,对基因功能获得详细了解,最常用的便是pubmed、web of science等。这可不能偷懒哦。

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