必备可视化Integrative Genomic Viewer（一）

今天是生信星球陪你的第83天

你想找辆共享单车，发现满街都是别家车，没有一辆你能骑。

你想学点生信，搜了“初学者教程”，满眼尽是高大上，没有一句能看懂。

终于你跨越茫茫宇宙，来到生信星球，发现了初学者的新大陆！

由于测试数据还没有到位，所以将分成今明两部分展示IGV

.你会用到的网站：

IGV 官网http://software.broadinstitute.org/software/igv/download～ Broadinstitute出品

Java version8 下载： https://www.java.com/en/download/mac_download.jsp

IGV内置的物种基因组及基因组来源：http://software.broadinstitute.org/software/igv/Genomes

完整的官方帮助文档：http://software.broadinstitute.org/software/igv/book/export/html/6

.写在前面：

之前mac不小心升级了一下java，然后igv就不能用了，要写教程必须降级java

首先，看官方说明，需要安装Java -8，9以上版本不支持。我的mac不知道什么时候更新到了java 10，按说可以向下兼容，但是事与愿违，igv不能正常使用了。

需要降级Java，mac用户可以直接参考，windows可以试下直接下载安装IGV：

先删除原来的java

sudo rm -fr /Library/Internet\ Plug-Ins/JavaAppletPlugin.plugin

sudo rm -fr /Library/PreferencesPanes/JavaControlPanel.prefPane

sudo rm -fr ~/Library/Application\ Support/Java

⚠️：不要通过/usr/bin 删除 Java 工具来卸载 Java。此目录是系统软件的一部分，下次对操作系统执行更新时，Apple 会重置所有更改。

中进入 ，然后删除之前的jdk.版本号

打开终端，复制粘贴一下三条命令：

下载安装新的Java version8

https://www.java.com/en/download/mac_download.jsp一步步安装就好

【Windows用户下载，解压后，点击igv.bat文件即可启动；如果启动失败，用记事本打开并编辑igv.bat文件，在文件的最后新起一行输入pause，保存后，再尝试打开，就可以在Windows下的命令行界面（cmd命令提示符）看到错误信息，再根据信息提示去解决问题；不过一般问题不大】

.正文开始：

好啦，问题解决啦，开始正式IGV介绍！

什么是IGV

它是一款本地的探索基因组数据的可视化浏览器，有多个系统版本，支持多种不同类型的输入格式，包括芯片测序、二代测序、基因组注释文件等。推荐使用BAM与SAM格式，主要格式见下表

一睹IGV

每次打开会自动加载hg19.fa文件，也就是人类基因组，一会进入主界面

自己构建基因组信息

如果研究的物种没在上面的列表中找不到，就需要自己构建基因组信息，物种基因组在NCBI中的下载地址：ftp://ftp.ncbi.nlm.nih.gov/genomes/。下完基因组再顺便下载下来GFF或者GTF注释文件

这里我会举一个昆虫中一种——棉铃虫，这个基因组是17年2月更新在NCBI伤的，属于小众物种，IGV并没有收录。正好拿来练手，当然如果你研究的领域也有基因组被测出来，也可以试一试【注意：在提交基因组文件到IGV之前，要先构建索引】

这些工作都可以在本地进行，只需要打开你本地的git_bash或者putty/xshell或者terminal，解压缩基因组文件=》下载samtools（推荐用conda管理）=>构建索引=>IGV中 输入fasta文件路径=》提供注释文件（可以是组装基因组预测的基因注释文件，也可以是拼接转录组用的gtf文件）=〉其他选项可以忽略=》点击OK推弹出一个框让你输入存储路径

查看注释文件

这里以人类基因组注释文件为例，下载gtf到电脑

下载完不要急着导入，需要先构建索引

然后会生成gff3.idx或者gtf.idx文件，说明构建了索引，接着导入 ，选择sorted的注释文件

【明日预告】查看bam文件

这个练习数据获得很简单，有参考基因组，有测序数据就行：先把参考基因组用bwa index构建参考基因组索引，然后把测序数据用bwa mem比对到参考基因组得到sam格式，最后用samtools转换格式sam to bam