faststructure 的简单使用

faststructure 的简单使用

date: 2017-6-21

1. 安装2. 使用

faststructure 比 structure 的计算速度更快，适合数据量较大的群体结构计算。

1. 安装

faststructure 是基于 python 的脚本软件，首先需要一些 python 包

Numpy

Scipy

Cython

GNU Scientific Library

前 3 建议用 pip 安装。

gsl（GNU Scientific Library）需要下载安装：

fastStruce 的安装按官网步骤，没难点。

2. 使用

血缘关系计算

最主要的参数有三个：

-K：手动设定群体数

--input：plink bed格式

--output：输出文件名

例：

选择合适的 K 值

chooseK.py 脚本用于选择合适的 K 值。

首先自己写循环计算 K=1~10，输出文件前缀假设为 testout_simple

命令：

可视化

distruct.py 脚本用于可视化

参数：

-K：合适的 K 值

--input：structure.py 的输出文件位置

--output：输出文件，格式可以为.svg .pdf .jpg等

--popfile：可以对分组使用不同的标签，每个样本一个标签，样本顺序要与 map 文件中的样本顺序相同。

例：