BGISEQ自主平台meta测序教师节感恩回馈

参与教师节活动赢测序豪礼

又是一年教师节,为了向长期奋斗在科研工作中的老师们表达敬意,科技君精心准备了上百份宏基因组测序好礼,只要您的研究对象是人肠道菌群,样本数达到30个以上,就有机会赢取价值上万元的测序折扣!还有什么比直接省钱来得更实在?

【活动内容】

2.提交问卷即可参与抽奖,保存抽奖结果作为后续签单折扣凭证,并联系当地科技销售代表签订合同;

【参与条件】人粪便样本,样本数大于30;

【奖项设定】

特等奖2名,一折(获奖者享受该折扣的样本数可多达30个);

一等奖5名,三折(获奖者享受该折扣的样本数可多达30个);

二等奖10名,五折(获奖者享受该折扣的样本数可多达30个);

三等奖100名,八折(样本数不限,先到先得);

【产品包内容】

提取+建库+测序(5G/10G clean data);

【活动时间】2018.9.10-2018.11.10;

【活动细则】

1. 全国科研用户均可参与,每个用户限一个名额,参与抽奖的项目样本数需大于30个

2. 特等奖/一等奖/二等奖获奖者享受对应折扣的样本数最多为30个;多于30个样本的项目,多出部分按八折优惠;

3. 获奖者需在12月10日之前签订合同时一并支付50%预付款,并于半年之内完成送样,否则默认放弃领奖;

4. 获奖名额仅限科室内部使用,不可折现,不可转让。

*本次活动最终解释权归深圳华大基因股份有限公司所有

选择BGISEQ平台meta测序的理由

稳定的产出高质量测序数据

图1 1000+条lane BGISEQ平台测序质量统计

低duplicates获更多有效数据和更高覆盖度

图2 BGISEQ平台meta测试结果展示

基因/物种检测结果与H平台一致率高

BGISEQ平台与H平台基因/物种检测结果一致性分析

表1 BGISEQ平台与H平台基因检测结果一致性

图3 BGISEQ平台与H平台物种检测结果一致性

无Index hopping担忧

BGISEQ平台利用DNA纳米球(DNB)技术,采用滚环扩增,以一个单链模板DNA进行环化建库,且在环化步骤中,非环化的DNA将被消化,从原理上为您分忧。

图4 BGISEQ平台环化示意图

案例展示

1、BGISEQ-500宏基因组测序应用性能测试结果[1]

为评估BGISEQ-500的宏基因组测序应用性能,本研究收集并提取了20例健康成年人粪便DNA,采用BGISEQ-500平台完成该20例样本的深度宏基因组测序。同时,研究人员随机选择8例DNA样本作为技术重复,产出8对文库构建重复与8对测序重复数据集以评估该测序平台的稳定性,并完成全部20例DNA样本在Illumina HiSeq2000 与HiSeq4000双平台的测序以评估跨平台数据的一致性。

在定性层面,BGISEQ-500平台内的两组技术重复内可稳定检测的基因数高达99.5%以上,在定量层面,两组数据间的基因相对丰度相关性可高达0.92以上,物种相对丰度相关性可高达0.99(图5),这一结果显示了BGISEQ-500平台内高稳定性;此外,对BGISEQ-500与HiSeq2000的比较展示: 跨平台数据集可稳定检测的基因一致性高达91.8%,对平台间基因丰度的统计检验仅检出3.25%显著差异基因,两平台在物种丰度的相关性仍达94.8%(图6)。

图5 BGISEQ-500与HiSeq2000/HiSeq4000平台间的一致性评价

图6 BGISEQ-500与HiSeq2000平台间差异基因的比较

2、基于BGISEQ平台完成全球首个大鼠肠道微生物参考基因集构建[2]

基于BGISEQ-500平台,采用宏基因组鸟枪法测序技术,总计测序量 2,512Gb;通过数据组装,基因预测,去除冗余基因序列,最终得到包含约510万个非冗余的SD大鼠肠道微生物参考基因集,约为大鼠自身基因的200倍,并且趋近于饱和。其中,64.6%的基因可注释到物种门水平,主要归属于厚壁菌门(75.90%)、拟杆菌门(10.83%)和变形杆菌门(6.77%);26.7%的基因可注释到物种属水平,主要为梭菌属(8.74%)、拟杆菌属(6.25%)、罗斯氏菌属(4.75%)、瘤胃球菌属(4.44%)和毛螺菌属(2.58%)。同时,在基因功能水平上,53.1%的基因可以注释到 KEGG数据库(Kyoto Encyclopedia of Genes and Genomes)。

【参考文献】

1. Fang C, Zhong H, Lin Y,et al. Assessment of the cPAS-based BGISEQ-500 platform for metagenomic sequencing[J].GigaScience, 2017, 7(3): gix133.

2. Pan H, Guo R, Zhu J,et al. A gene catalogue of the Sprague-Dawley rat gut metagenome[J].GigaScience, 2018, 7(5): giy055.

撰稿:张 义

编辑:市场部

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  • 原文链接https://kuaibao.qq.com/s/20180910B1L7C300?refer=cp_1026
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