北京基因组所开发长非编码ＲＮＡ数据库

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近日，由中国科学院北京基因组研究所开发的人类长非编码ＲＮＡ（ｌｏｎｇ　ｎｏｎ－ｃｏｄｉｎｇ　ＲＮＡ，　ｌｎｃＲＮＡ）数据库ＬｎｃＢｏｏｋ正式上线。该项研究成果以

ＬｎｃＢｏｏｋ：　ａ　ｃｕｒａｔｅｄ　ｋｎｏｗｌｅｄｇｅｂａｓｅ　ｏｆ　ｈｕｍａｎ　ｌｏｎｇ　ｎｏｎ－ｃｏｄｉｎｇ　ＲＮＡｓ

为题在国际学术期刊《核酸研究》（

Ｎｕｃｌｅｉｃ　Ａｃｉｄｓ　Ｒｅｓｅａｒｃｈ

）在线发表。

近年来，有关ｌｎｃＲＮＡ的研究一直是国际热点，研究表明，ｌｎｃＲＮＡ在多种生物过程中发挥了重要作用并与疾病的发生密切相关，但ｌｎｃＲＮＡ的注释信息及质量仍远远落后于蛋白编码基因。ＬｎｃＢｏｏｋ数据库不仅提供了丰富的高质量人类ｌｎｃＲＮＡ数据集，还进行了大规模的多组学数据分析，以及系统的功能与疾病注释，为功能实验研究及生物信息学分析提供了大量可用信息与数据。

基于严格的审编标准，ＬｎｃＢｏｏｋ整合已有ｌｎｃＲＮＡ数据并鉴定新的ｌｎｃＲＮＡ，共获得２７０，０４４个ｌｎｃＲＮＡ转录本。在此基础上，ＬｎｃＢｏｏｋ在ｌｎｃＲＮＡ表达、甲基化、变异、ｍｉＲＮＡ－ｌｎｃＲＮＡ相互作用这些多组学层面进行大规模深层次的数据分析。在表达层面，绘制ｌｎｃＲＮＡ在３２或者５３种正常人类组织中的表达图谱，并鉴定出４９，１１５个高度组织特异（ｔｉｓｓｕｅ－ｓｐｅｃｉｆｉｃ）和８１９个持家（ｈｏｕｓｅｋｅｅｐｉｎｇ）ｌｎｃＲＮＡ；在甲基化层面，构建ｌｎｃＲＮＡ在９种癌症中正常与癌症状态下的ｐｒｏｍｏｔｅｒ及ｂｏｄｙ区的甲基化图谱；在变异层面，基于ｄｂＳＮＰ数据库ＳＮＰ位点注释ｌｎｃＲＮＡ区域９２，７２５，７５７个ＳＮＰ最小等位频率（基于千人基因组数据）、ＣｌｉｎＶａｒ与ＣＯＳＭＩＣ疾病关联信息；预测了１２８，３９２，４５１个ｌｎｃＲＮＡ－ｍｉＲＮＡ的相互作用条目。上述结果以图或表的形式展示在ＬｎｃＢｏｏｋ数据库中，相关信息均可免费下载。基于以上数据，ＬｎｃＢｏｏｋ还预测了９７，９９８个潜在的疾病关联ｌｎｃＲＮＡ。此外，在ＬｎｃＲＮＡＷｉｋｉ的基础上ＬｎｃＢｏｏｋ对１，８６７个文献报道ｌｎｃＲＮＡ进行了系统的功能与疾病信息注释。

ＬｎｃＢｏｏｋ作为重要的ｌｎｃＲＮＡ资源库，提供了目前为止数据量最为丰富的人类ｌｎｃＲＮＡ数据。作为ＬｎｃＲＮＡＷｉｋｉ数据库的补充，ＬｎｃＢｏｏｋ具备友好的查询、浏览与可视化功能。用户可通过ＩＤ／ｓｙｍｂｏｌ、功能、疾病名称等检索ｌｎｃＲＮＡ信息，浏览指定ｌｎｃＲＮＡ的多组学信息，并通过ｆｔｐ下载所有相关注释信息与分析结果。此外，ＬｎｃＢｏｏｋ还提供了可用于ｌｎｃＲＮＡ序列比对、分类、编码能力预测等研究的工具，方便在线分析。

该研究与沙特阿卜杜拉国王科技大学（Ｋｉｎｇ　Ａｂｄｕｌｌａｈ　Ｕｎｉｖｅｒｓｉｔｙ　ｏｆ　Ｓｃｉｅｎｃｅ　＆ａｍｐ；　Ｔｅｃｈｎｏｌｏｇｙ，ＫＡＵＳＴ）教授Ｖｌａｄｉｍｉｒ　Ｂａｊｉｃ合作开展。研究得到中科院战略性先导科技专项、中科院国际伙伴计划、中科院“十三五”信息化专项等的资助。

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