TBtools基因家族分析详细教程(2)基因家族成员的基本分析

包括

基因成员的序列特征分析(分子量等电点等)

基于motif分析成员序列保守特征与可视化(蛋白与核酸,可用于挖掘未知,尤其是核酸水平-非编码水平的保守)

基于domain分析成员结构域的保守型与可视化(往往已知)

基因结构分析(包括内含子模式)

基因染色体分布情况可视化

新建个文件夹命名基础分析

1 打开下列网址http://web.expasy.org/compute_pi/

用tbtools转换格式

复制第二列序列数据到一个新文本文档onlyseq.txt,并把所有*删除

处理excel文件最后得到如下格式文件

2 motif分析及可视化MEME

等待。。。

下载MAST xml文件

可以在线查看 MAST HTML output链接

打开TBtools

也可以用

3基于domain分析成员结构域的保守型与可视化

https://www.ncbi.nlm.nih.gov/Structure/bwrpsb/bwrpsb.cgi

对比motif和domain看下

domain不怎好看,可以修改hit文件

缺失的序列补回来

另外,可以用下面方式手动修改更好的展示

4 基因结构分析(包含内含子,UTR)

TBtools

菠萝中内含子少,而拟南芥中很多

5 基因染色体分布情况可视化

关注不同,分析不同,形成思考和可能的结论

  • 发表于:
  • 原文链接https://kuaibao.qq.com/s/20181104G1DXZ600?refer=cp_1026
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