耐药分析软件resfinder及pointfinder本地化

ResFinder的文章最早发表于2012年发表在JAC上(Identification of acquired antimicrobial resistance genes),网址为:https://cge.cbs.dtu.dk/services/ResFinder/。文章发表以来已被引用1000余次。

ResFinder软件及数据库在最近都进行了更新,并支持了本地化操作。这里,我们体验把ResFinder安装到本地linux服务器上。

首先安装依赖软件:

如果没有python3需要安装python3,

安装pip3:

sudo apt install python3-pip

Biopython安装:

http://biopython.org/DIST/docs/install/Installation.html

安装cgecore:

pip3 install cgecore

安装tabulate:

pip3 install tabulate

blastn安装

ftp://ftp.ncbi.nlm.nih.gov/blast/executables/blast+/LATEST/

resfinder安装:

cd /software

resfinder_db安装:

cd /software

pointfinder安装:

cd /software

git clonehttps://bitbucket.org/genomicepidemiology/pointfinder.git

pointfinder_db安装:cd /software

git clonehttps://bitbucket.org/genomicepidemiology/pointfinder_db.git

使用说明:

Resfinder的使用:

python3 /software/resfinder/resfinder.py -h

python3 /software/resfinder/resfinder.py -i /software/resfinder/test.fsa -o ./ -p /software/resfinder_db -t 0.8 -l 0.6

resfinder的结果会输出类似blast结果table格式的详细比对信息以及比对上的耐药序列及基因组里的耐药序列。-p参数可指定db,若不指定则比对resfinder_db中所有数据库。数据库的名字在resfinder_db的config文件中,包括了aminoglycoside, beta-lactam, colistin等15种数据库。-o指定输出目录。-t指定identity的阈值,-l指定coverage的阈值。

PointFinder的使用

python3 /software/pointfinder/PointFinder.py -h

python3 /software/pointfinder/PointFinder.py -i /software/resfinder/test.fsa -o ./ -p /software/pointfinder_db -s salmonella -m blastn -m_p /software/ncbi-blast-2.7.1+/bin/blastn

-o指定输出目录

-p指定pointfinder数据库的位置

必须指定使用哪种方法(blastn或kma),同时必须指定方法所在的路径-m_p。

使用-s指定点突变物种类型,可选物种有Campylobacter, E.coli, Salmonella, Gonorrhoeae, Tuberculosis和Malaria。

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  • 原文链接https://kuaibao.qq.com/s/20181123G0TGVL00?refer=cp_1026
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