如何利用clusterProfiler获取最新的KEGG和基因对应关系

本文是洲更写的，文中说到两步，其实只需要这一步，然后就可以用或函数进行分析，也就是通用的分析函数，不管是什么注释，不管是什么物种，都可以支持。

这样做的好处也有一些

分析时不用联网，可以搞个local版本

分析具有可重复性，实时爬网络数据，毕竟有时候服务器端有更新的话，就会导致有一些变化。

第二步所谓需要序列，其实是想本地blast，自己注释，这种一般是和KO数据库进行比对。等候洲更的更新，看他后面怎么玩。

Y叔的的一大优点就是能够利用最新的KEGG数据库，而不是停留在最后一个公开版的KEGG数据库(2011-5-15).

大部分情况下，大家都是直接用或者完成富集分析，但是我最近想到，我其实可以利用这个功能反向建立一个注释用的数据库，只需要两步

第一步: 获取KEGG编号对应的基因编号

第二步: 根据基因编号获取序列信息

这里只讲第一步，如何用Y叔获取最新的KEGG和基因的对应关系， 我们以人类为例。

先用下载给定物种的KEGG数据库

这一步得到的是一个列表，这个列表有两个成员，

一个是KEGG的通路编号和基因编号的关系，另一个是KEGG通路编号和名字的关系

我们可以将其进行合并

最后的PATH_ID_NAME的表格信息如下

保存到本地

拓展：如何在此基础上增加ENSEMBL的编号？这可以使用biomaRt进行ID转换

于是我们得到了ENSEMBL的基因编号，通过merge就可以将其添加到之前的数据框中