基因富集通路图展示可以如此精致—Mapman神器的使用

大家还在为通路图中无法展示具体基因而发愁吗?还在为基因富集通路图展示出来不够美观而苦恼吗?今天小编给大家带来一款植物基因功能分析神器——Mapman,可帮您解决此问题,闲话不多说了,大家先找个安静的地方跟着小编一起操作一遍,高大上的图就在您手里诞生了。

下载地址: https://mapman.gabipd.org/home

第二步:选择下载版本—Version 3.6.0RC1

第三步:选择Windows版本或者Mac版本,本文以Windows版本进行演示;

第四步:勾选上(I have read and agree),点击download now,即可开始下载;

第五步:下载完成后,双击文件进行安装;

1、选择语言,常用英文,如果擅长别的语言则可选择其他;

2、点击Next

3、选择I accept the terms of this licenses agreement,点击Next

4、选择安装位置,点击Next

5、安装成功后,即可开始使用

到这里,第一步软件安装终于完成了~

开始正式使用

第一步:正式进入界面,左侧分为:Experiments,Pathways,Chromosomal Views,Mappings;

第二步:导入实验数据

数据类型包括转录组测序得到的基因表达量列表、差异比较分析列表,表格内容如下:

基因表达量:

差异基因及差异倍数(数据中不允许出现NA或者INF等字符,如出现则需要修改为字母X):

成功导入数据如下:

第三步:通路图准备

系统中自带的通路图基本可满足需求,可直接选择或者右击选择download,当然也可导入自己准备的通路图;

第四步:准备mapping文件

1、数据库中下载模式物种,链接为:https://Mapman.gabipd.org/Mapmanstore

注意:mapping文件中的ID与导入的数据ID必须是配套的,否则无法使用;

2、数据库中如无对应的文件,则需要自行准备,如果这样则使用到了注释网站:http://www.plabipd.de/portal/mercator-sequence-annotation,步骤如下:

2.1 准备序列文件,格式为fasta的核酸序列或其他序列;

2.2 进入网站界面,输入登陆名及邮箱;

2.3导入序列文件,选择对应参数,核酸序列勾选上contains DNA,其它默认;

2.4 最后点击START,即开始进行注释;

2.5注释结束,点击download result则可下载注释文件;

第五步:将选择好的mapping文件或者注释好的文件直接导入到 mapping文件中

第六步:选择感兴趣的通路

点击导入的数据,即可将差异基因展示到通路图中,上调为红色,下调为蓝色,后续选择导出图片即可;

图片就这么做出来了,有没有点小兴奋、小激动,小编此次介绍的只是此神器的部分功能,其他功能就靠大家自己试试了(小按钮任意点,是不会被按坏的)。各位看官,稍作停留,请关注下方奥维森基因科技的二维码,更多的,更硬的技术贴随后都会展示在大家面前……期盼您的关注哦!

关于奥维森基因科技

奥维森基因科技是行业领先的跨组学技术合作伙伴,公司具有多年大项目合作经验的生物信息分析团队,及技术实力雄厚的研发团队。同时,公司还拥有多年相关行业经验的企业运营管理人才、有海外工作经历和海外留学背景的国际化人才以及国内外资深行业顾问团队。奥维森基因科技致力于将国际领先的基因组学和生物信息学技术相结合,提供优质、高效、性价比优的技术服务。

编辑 | 王小纪

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  • 原文链接https://kuaibao.qq.com/s/20180903G08PXH00?refer=cp_1026
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