一个lncRNA项目的实战

响应生信技能树的号召：lncRNA数据分析传送门, 一起来一个lncRNA数据分析实战，你现在看到的是jimmy的笔记，首发于简书：https://www.jianshu.com/p/56074633b629

step2 : 下载原始数据

首先下载sra的原始测序数据

样本量稍微有点大，https://trace.ncbi.nlm.nih.gov/Traces/sra/?study=SRP081159

多余0.5T的原始数据，我想一般人都不愿意处理它的。

我们测试8个即可，主要是走完整个流程，了解数据分析的方方面面，而不是检查别人的文章的错误之处。

分别是4个年龄段的恒河猴：1年（child），4年（Youth），10年（Adult）和20年（Old）；然后各有两种性别。至于脑部区域，就不管了; prefrontal cortex (PFC), posterior cingulate cortex (PCC), temporal cortex (TC), parietal cortex (PC) and occipital cortex (OC), hippocampus CA1 and dentate gyrus (DG), andcerebellar cortex (CB) regions

但是进入了SRA数据库才发现，8个样本也是太多了，还是就分析两个吧~

下载SRA数据库里面的数据方式非常之多，选择最适合自己，并且网速最快的即可：https://www.ncbi.nlm.nih.gov/books/NBK158899/ 我比较喜欢直接wget，代码如下：

当然，如果你们学校或者服务器闲置着，也可以全部下载，整个数据流程没啥区别，就是多了一个批处理而已。

fastq 格式的测序reads如下：

然后下载作者制作的表达矩阵

这里下载到的表达矩阵是一个Excel表格，所以需要转为csv然后读入R里面进行简单的统计。

当然了，如果你看文章细心的话，会发现，作者在其GitHub上面也公布了这些表达矩阵：https://github.com/DChenABLife/RhesusLncRN