Clariom D芯片中非主流数据库lncRNA如何查找？

很早之前，小编出过一份“干货！如何查找某个lncRNA的大小及核酸序列”，用来介绍lncRNA的序列查找，但由于公司lncRNA芯片产品和芯片注释的更新，新版中收录的lncRNA有比较大的更新。但是，新版芯片中收录于主流数据库的lncRNA的查找方式于旧版类似，都是到相应数据库直接查询即可。所以呢，这次以Clariom D Mouse芯片为例，为大家演示如何查询非主流数据库中lncRNA信息！

小鼠的lncRNA信息主要源自8个数据库左右，常见的数据库有ENSEMBLE、GenBank、NONCODE、RefSeq、UCSC，其它非主流的数据库有Havana transcript、Luo lincRNA、MGI/Jackson Lab等。如下图所示：

针对常见的数据库：ENSEMBLE、GenBank、NONCODE、RefSeq、UCSC，收录在这些数据库中的lncRNA序列查找很便利，找到对应的数据库，输入名称查找即可！而针对非主流的数据库，比如Havana transcript、Luo lincRNA、MGI/Jackson Lab，由于这些数据库没有官方网站，且是lncRNA研究早年间汇集的一部分数据，且大部分也已经并入常见数据库中，但由于名称的不统一，往往难以查询。

1. Havana transcript主要以OTT形式命名，可在Ensemble数据中查找。

2. Luo lincRNA数据库中大部分信息可到NONCODE数据库中查找。

3. MGI/Jackson Lab收录信息大部分可在NCBI中查找。

今天主要针对Luo lincRNA数据库来做介绍......................，因为很多客户往往会找不到相应信息，今天就为大家做个演示。

下图为截取的部分Luo lincRNA的信心，可以发现源自该数据的lncRNA，均以KnowTID_0000xxxx的形式命名。这类lncRNA难以通过常规方法查找序列，最近小编发现了一种方法，给客户作参考！我们以第一条lncRNA信息（KnowTID_00002976）为例展示如何查询这类lncRNA的序列信息。

1.首先在差异lncRNA列表中找到该lncRNA的探针信息，探针集号为TC1500001682.mm.1。

2.进入赛默飞官网（https://www.thermofisher.com/cn/zh/home.html）网址，进入，点击应用与技术——微阵列分析，点击进入下一界面，然后向下拉，点击“访问NetAffx分析中心”；

3.进入到NetAffx分析中心，然后点击Register进行注册，然后按照个人情况填写注册信息，完成注册。

4.登录后，点击“NetAffy”下拉框，选择“NetAffy analysis center”，在选择Exon/Gene，再点击NetAffy Query，

5.下面开始查询该lncRNA的探针集，在搜索框内输入TC1500001682.mm.1，选择芯片类型Clariom D Mouse，再选择Transcript Clusters，点击submit。

得到如下一条信息：

7.打开NONCODE数据库，分别输入NONMMUT023866和NONMMUT023865，跳转下一页后拉至最后，得到如下信息：

这时候有人会问，为什么不直接用KnowTID_00002976直接去搜，这么麻烦干什么！这是因为NONCODE这个网站的搜索框功能中包括部分KnowTID类名称，有些没包括。因此，看到KnowTID类命名的lncRNA先到NONCODE数据库中去搜，能搜到更好，要是搜不到可以采用以上方法！

北京中康博生物科技有限公司（beijing Cnkingbio Biotechnology Co.LTD）是北方乃至全国最大的Affymetrix检测中心之一，公司以数据分析为特色，整合Affymetrix基因芯片、Illumina二代测序、个性化生物信息分析三项核心服务。立足生命科学，为临床与基础研究领域的科学工作者提供分子生物学高端技术服务。