超简单!只要10元的转录组分析教程 序

十元?

第一次写教程还是要标题党一下。不过十元并不夸张,十元真的买不了吃亏,买不了上当。作为一个临床外科小大夫,写生物分析教程,求专业级别的人放过。看中结果,忽略过程中的瑕疵。

有关教程的问题欢迎留言,我会及时回复。

写教程的初衷

踏踏实实做实验实在是产出低效,不过有实力的还是应走这条路。:有实验室,有设备(共享的也行),有经费,有学生,有IDEA。绝大部分像我这样的临床医生是没有这个条件的,但是主任还是逼着大家去做,该怎么办?最近一种类型的文章大量出现,以挖掘数据为主,不用做啥实验,就能发SCI文章。隔壁科室,一年13篇的产出(忽略影响因子),吓呆了许多实验室的PI。主要从GEO基因芯片数据库中来:绝大部分国外实验室或者发完文章了以后芯片数据是要公开的,这就给大家提供了大量的数据。不同研究对象就有不同的数据再加上不同研究条件的处理,会有很多议题提供给大家来挖掘写成故事发表文章。数据矩阵(还有gene名字与表达量的表格)可以从GEO的网址上轻松获得,用R语言简单那么处理就可以了。对于芯片数据可以下载数据压缩包(.cel),拿回去自己用R或者官方的工具软件,在个人电脑上就可以完成。以国人的学习能力,可用的芯片数据一定会越来越少,别人挖完了,再分析,发文章被Accepted的几率也会降低。用文章现成的表格去挖掘很难说服审稿人的,错过了数据挖掘套路发文章的我们该怎样做呢?其实数据的获得还有一个更重要的渠道就是。很多高级文章比如CNS中有一类是Resource的文章,他们也会被要求上传原始数据。对于这些数据得的挖掘,由于受到计算机及操作者的能力和网速等条件的限制,很少被人挖掘再分析。但是,如果对这些数据从mapping开始分析挖掘,那么文章一定也会太Low。举个:隔壁科室那位把Science中第一篇胶质瘤单细胞测序的数据下载下来,Science只是分析了codingRNA,而用同样的数据分析了long noncoding RNA 分析方法直接copy Science中的分析方法(Science给会很详细)没有做实验发了一篇5+。本教程就是跟大家一起去挖掘二代测序结果的数据,从你什么也不会开始,到最后得到Figure。其实关键节点在于怎样获取二代测序的数据,得到了数据框结合其他平台的挖掘教程,为大家发高效发文章加油!

来自于吐槽星的留言

“xx,等了这么久,就发了这么一堆废话,说是教程根本就没有教程啊喂!!!”——隔壁师弟“十元,怎么可能,隔壁师兄说搭一个服务器还要5万呢,一个工作站要3万呢,十元,你咋不上天呢!!”——隔壁二师弟“数据挖到最后,真的是没得挖了,好不容易挖完投了Oncotarget,最近传言Oncotarget将要被踢出,好方,毕业咋办啊!”——隔壁师妹“你还有时间写公众号文章,国自然面上稿子写完了吗,奖金不想了吗”——主任

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