从htseq-count得到count数后如何进行差异分析

最近跟着师兄师姐做rnaseq的数据分析，计算测序得到的count数在shell下一行代码就搞定了，但是接下来怎么进行基因的差异分析呢？常用的方法是R语言的deseq2包。

大致是两种思路，第一种是先将count数的数据整理到一个表中，在R中导入data，修理成deseq2需要的形式，构建dds对象使用DESeqDataSetFromMatrix函数，网上有官方详细教程，非常清楚。

第二种我觉得网上的教程不是很清楚。得到包含count数的文件夹后，不用汇总到一个表，另外准备一个包含文件名的表格，构建dds对象时候使用DESeqDataSetFromHTSeqCount函数进行。下面我给一个我自己的案例。

setwd ("D:/me/rnaseq/rnaseqnew")##设置工作路径，不是必须的。

library(tidyverse)##加载一个整理数据的包。

library(DESeq2)##加载DESeq2的包。

dir = "D:/me/rnaseq/rnaseqnew/count"##设置含有count文件的文件夹的路径。

mydata

mydata

dds

dds2

res

datares

write.table(datares,file = "by.tsv",sep = "\t",row.names = F)##保存文件，然后就可以根据log2foldchage或者p value进行差异分析啦。

我爱编程。