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#geo

GEO数据库的多个表达量数据集的整合分析方法(表达量芯片和转录组测序)

生信菜鸟团

在进行数据挖掘的时候,我们往往会筛选到不止一个符合我们预期的数据集,这些数据集来源于不同的研究人员。这样得到的这些数据集就会存在我们所谓的批次效应,如不同实验...

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批量下载geo上面的单细胞表达量矩阵

生信技能树

其中,GSEXXXXXX 是该数据集的 accession number,是一个唯一标识符,用于在 GEO 数据库中检索该数据集的信息。可以通过构建类似这样的 ...

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scanpy怎么分开读取GEO数据库的10X单细胞3个文件

生信技能树jimmy

就会发现,matrix.mtx文件里面的33694、2049、1878957数值,分别是细胞数量,基因数量,以及有表达量的值的数量(全部的值应该是33694X2...

41010

高速下载GEO数据库的单细胞表达量矩阵文件

生信技能树jimmy

但是如果要下载成百上千个文件,最好是使用代码批量下载,而且现在单细胞技术的大行其道,使得表达量矩阵文件本身也会很巨大,比如:https://www.ncbi.n...

22410

Google Earth Engine(GEE)——根据所选范围进行mosaic处理(矩形的顶点坐标)

此星光明

Composites all the images in a collection, using the mask. Arguments: this:colle...

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生信马拉松 Day9-10 GEO数据分析笔记

阿呆的月历

今天正式开始教画图了,具体的代码其实挺多地方讲到了,上课的好处就是可以听到很多细节和经验,是自己零散地找资料不能相比的,收获很多,感觉要全部吞下来还要再复习几遍

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生信马拉松 Day8 GEO数据分析课程笔记

阿呆的月历

广义的基因有6w+个,包括lncRNA、miRNA等等,每年可能都有个别基因增增减减的情况,累计在一起,就存在基因库版本的差异,10年前查到的和今年的可能不一样...

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如何实现查找附近的人-GEO

柯柏技术笔记

georadiusbymember 和 georadius 命令一样, 都可以找出位于指定范围内的元素, 但是 georadiusbymember 的中心点是由...

25020

⑦【Redis GEO 】Redis常用数据类型:GEO [使用手册]

.29.

geoadd key [NX|XX] [CH] longitude latitude member [longitude latitude member ......

21010

【Redis】Redis 高级数据类型Bitmaps、HyperLogLog、GEO

终有救赎

对于bitmap,我们取值的时候,需要知道bit的位置,改值的时候,需要知道位置和修改结果。取值和修改的操作变得复杂了一些,但是节省了存储空间,属于时间换空间。...

19220

pyecharts从入门到精通-地图专题GEO-世界地图和中国城市地图

用户2225445

官方文档:https://pyecharts.org/#/zh-cn/quickstart Python使用Pyecharts画Geo地图,如何显示具体地点名...

47520

Redis之GEO类型解读

一个风轻云淡

GEO 主要用于存储地理位置信息(纬度、经度、名称)添加到指定的key中。该功能在 Redis 3.2 版本新增。

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【D3.js - v5.x】(7)绘制地图 | Geo布局 | 完整代码

前端修罗场

为了根据地图的地理数据生成 SVG 中 path 元素的路径值,需要用到d3.geoPath([projection[, context]),称它为地理路径生成...

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GEO数据库的每个GPL平台对应的详细信息获取txt文本文件

生信技能树

这个时候仅仅是需要替换里面的GPL的信息即可,当然了,前提是,网络得好,因为是geo数据库,在海外。。。。

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Apache Pulsar 技术系列 - GEO replication 中订阅状态的同步原理

腾讯云中间件团队

Apache Pulsar 是一个多租户、高性能的服务间消息传输解决方案,支持多租户、低延时、读写分离、跨地域复制(GEO Replication)、快速扩容、...

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GEO数据库挖掘

叮当猫DDM

输入数据是数值型矩阵/数据框,颜色的变化表示数值的大小。有相关性热图和差异基因热图。

52821

GEO数据库中芯片数据分析思路

小张小张

AnnoProbe是曾建明老师2020年开发的一款用于下载GEO数据集并注释的R包,收录在tinyarray里。 idmap##根据所给的GPL号,返回探针的注...

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SRA-Toolkit工具下载SRA数据

叶子Tenney

高通量的原始数据通常情况下会上传到NCBI的SRA(Sequence Read Archive)数据库。

1.5K00

GEO

浅念

生成Group向量的三种常规方法,三选一,选谁就把第几个逻辑值写成T,另外两个为F。如果三种办法都不适用,可以继续往后写else if

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GEO数据挖掘

浅念

箱线图:单个基因在组之间的表达量差异,必须知道每个组是对照组还是实验组。R语言中同一个分组对应一个关键词,比如对照组不能写成对照1,对照2,这样就不能把对照归为...

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