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时间到了啊,我们继续上我们的绘图课程啊。上一节课讲了这个点图和饼图啊,这节课我们要绘制这个定位类的一些图了啊。不过绘制之前呢,我们先简单的绘制一下这个关于这个前面讲到的那个点图的那一部分啊。我们简单的绘制一下前面点读的那一步。呃,汇通之前呢,大家要准备好这个文件啊,这个文件就是大家联合好的这个啊,联合之后的这个单细胞空间文件啊,或者说大家要想画这个基因的话也可以啊,也可以就是说基因的信息和细胞的信息要提供给他,我们这边先简单的回顾一下这个之前的一个。
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之前的一个。之前的一个绘制点播的一个情况啊。这里面呢,呃,这个空间数据呢,其实已经有了这个。嗯,基础的分析结果了,包括它的一个。男人不针对。
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啊,这个里面已经有了,有了这个单细胞空间联合的一个结果。这个联合的结果呢,呃,是一个矩阵啊,是一个矩阵。是一个矩阵。啊,还是一样的道理啊,如果大家呃,用了其他软件做单细胞空间联合的话,把这个矩阵给它替换掉就可以了啊。这里面拿到这个矩阵呢,我们前面的图绘制的一些点,我们再来,我们再来绘制一下啊。抽取这个单细胞空间联合的矩阵。然后提取我们感兴趣的一个细胞类型啊,当然都是这个啊,这个时候呢,单细胞数据是没有定义的啊,这里面只作为一种展示啊。大家在联合的时候,这种单细胞的数据要进行一个联合啊,把它定义好再进行联合。
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然后就是提取我们的有效信息。提取我们的有效信息啊,这个过程呢,其实和前面的一个过程都是一样的,其实就是提取,呃,我们的这个。细胞类型的一个比例信息和坐标信息啊,这地方前面讲过了,这里就不再赘述了,大家看一下我们的这个。空间坐标的一个内容。呃,空间坐标呢,这个提取出来的个矩阵呢,有这样一些信息,包括我们的八的信息,而且它是否在组织内,它的行格列的一个真实的一个port的值,这个值呢,其实是经过缩放后的,这个是最大的原始值啊,图片最精度最高的那个值,这个是经过这个低精度,就是经过一定CK之后的一个值,我们在绘图的时候这个值。和我们的H2片的值,呃,H2片是完全贴合的,就是完全匹配的啊,然后还有一些像每个B口的包含的每个class的它一个含量值,它含有多大比例的这个,呃,单细胞这种细胞类型这些值都有。
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拿到这个之后呢。我们开始会我们的那个点读啊,点读这个时候呢啊,大家可以不加第篇,但是我建议大家还是加上D篇啊,就A区染边加上D篇啊。加上底片啊,这个底片呢,就是我们呃实成的那个分析那个低精度那个图片,就是大家分析实完,呃分析完实成的一个结果,有个拍文件夹。哎,这个文件夹下面有个低精度的图片。所有的图啊,都是在he两边,都是这个低精度图片上面的。进行绘制,我们来看一下诶。我们来看一下当初的绘制点的一个情况啊。
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绘图很快,回头很快,我们下次来看一下。大家可以看一下它的一个值。呃,绘图的时候还是像之前那样强调一下颜色的反差,像这个颜色红色和底片的红色呀,他们之间的这个重叠度太高了。看不清楚细胞的一个分布,所以大家在取颜色的时候呢,要稍微的考究一点啊,这里面呢,我们把颜色调一下。
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我们把颜色调一下啊。留言是在这儿。College。我们换成一种反差度比较大的颜色,比如蓝色啊。你说蓝色你看一下。像这种颜色反差比较大的,大家能看出来这个细胞的形成一个空间分布状态了。像这种啊,这种我们来看其他的,比如说PLUS1。它基本拉斯的主要分布在这个I区。
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他二呢?嗯,还是为主啊。正常区域也有一些。83。拉三诶在正常区域分布的更多一点。打四呢?I是在I区略有分布啊,在I区略有分布啊,这种分布特点呢,其实就是我们单个细胞类型主要展示的一个特点,但是大家要看一些图啊,大家很明显就能看出来一些诶。看出来一些什么呢?看出来一些,比如说像CLASS3,诶是这样一种分布。嗯,房子花大家可以看一下。也是主要分布在正常区域,这个时候呢,很多人就会把这种,哎呀分布相近的这种,呃,两种细胞类型呢,能够展示在一张图上。
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这就是今天我们要讲固定位绘图的一个目的,就是说我们之前绘图啊,绘的都是单个颜色,单个细胞类型之间,它的空间的一个分布特点。等等等等,嗯,但很多时候呢,我们需要知道两种以上的颜色,呃,两种以上的细胞类型呢,空空间分布的一个重叠的一个情。啊,这个时候呢,会有一个难点,就是说我们绘制图片的时候,每一个点。它都有一个,诶,它都是一种颜色,都是一种颜色,如果我们一个点想要展示两种细胞类型,它的分布的话,得需要两种梯度。两种颜色梯度。呃,你像文献中之前提到的这些,比如说之前最早的这种这种记录。也是一样的,他用的是两种嗯颜色的梯度,拉三有一个梯度克拉四啊,也有一个梯度,两种颜色梯度啊,这样一种分布状态。嗯,当一个点和它既包含两,它既包含达三,也包含CLASS4的时候,它会采取这种过渡值。
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过渡的颜色就是一种粉色的一种过渡色,但这种的话并不是太直观,并不是太直观啊,所以很多人就想了其他的一些方法,比如说像这样的一种方法。还通过这种不同的这个C啊,展示两种细胞类型空间分布的一个特点,他们是否空间临近,还有一种像这种采取热力从空间热力图的一个展示方式,当然这种图呃,还达不到sa,嗯,我们发文章的一个级别。哎,我们还是要进行一个对它进行一个修改。但是它提供了一个很好的思路,就是说我们展示两种细胞类型,比如说诶,他给了一个明显的四个黑像,都low的啊,就是都低的,还有这个配体高的,配体高的我们可以理解为细胞类型一高的细胞类型啊,受体高的可以理解为细胞类型二高的。哎,登高呢,说明是共定位的点。嗯,这里面强调一点,就是我们的共定位既包含配收体共定位,也包含这个细胞类型共定位,他们之间画图的方式是完全一样的啊,完全一样的都是采取这个细胞类型的比例值或者这个基因的表达值来进行完全绘图啊绘图。
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那我们在这个,呃,之前这个细胞类型分布的基础上,我们是有需要。就需要绘制这种,哎,绘制这种。呃,两种细胞类型,或者叫多种细胞类型,它分布的一个。空间特点啊,空间特点。删掉啊。啊,当然在之前的过程中啊,昨天的一个课上也给大家展示了一种这个。展示了一种这个这个展示了一种这种绘出饼图的方式。就是说两种细胞类型或者三种细胞类型,我以这种百分比丙图的一个方式进行展现,类似于文章的这样一种图谱啊,就是这样的,类似于这样一种突破,这个也是可以的,不过这很多时候啊,这个搭配,它这种颜色搭配可能需要大家深度的考虑一下啊,这种方式也是非常好的一种方式啊。
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就是展示两种细胞类型病毒,其他细胞类型用灰色代表啊表示也可以啊也可以。还有一种呢,是这个像location。加加苏location,它的一个呃,展示多种细胞类型空间分布的一个特点,也是值得大家用的。不过。像这个三,它的一个多动细胞的一些展示的一个方式。哎,也是可以的,也是可以的,但是他出口飞这种展示方式倾向于那种细胞类型,它在空间上聚集的,哎,聚集在一起就是细胞类型倾向于呃,特定区域聚集的这样一种模式来用3LOCATION的展示效果是非常好啊,非常好的。
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啊,颜色是要自己搭配的。那么接下来我们要展示其他的一种方式啊,其他的一种方式,一种方式,我们来看第一种方式。就是今天大家要采用的这种方式,哎,类似于这种方式,不过这个是没有底片的,我们需要加底片,我们用这种方式来看下效果啊。我们用这种方式来测量,呃,看看效果。呃,这个地方呢,我们,呃,这个地方我已经给大家写好了,这个地方呢,我们刚才看到的CLASS3和CLASS8,它啊更多的会呈现出一种就是类似于在正常区域定位,或者在疾病区域定位的一种这种状态,我们来看一下通过这种方式展示的效果如何啊。
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来看一下。像刚才的CLASS3和CLASS8,它在展示的时候呢。而是单独展示。如果我们要同时展示两种,就需要这种哎,格外的模式了。像这种模式,像这种模式就是那个类似于图片的这种模式。呃,有一个一种细胞类型,用这种空圆圈代表,用另外一种直径圆圈的啊,蓝绿相间,蓝绿相间的时候呢,其实呃,很多时候呢是比较合适的,但是有时候用红色底片的时候呢,可能绘出来就没有那种效果,所以这边我尝试的一种颜色。啊,当然这种颜色好像配底色也不是很好。行。
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像这种啊,颜色配比色好像也不是很好啊。像这种我们换回红色看看,换回红色,换回红色。啊,当然红色和这个红色的底边会重叠度高一点,但是我们换回红色啊。哎,我们来看一下。它所体现的就是两种细胞类型之间,诶,他们要呃。空间共定位就是一张图片上展示两种细胞类型信息。空间分布的这样。那么换回这种颜色啊,当然红蓝呢是一个典型的这种空间分布的一个特点。他所展示的一个情况就是大概是这样一个情况啊。
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我们在取特定区域的时候,可以明显感觉到这种红色区域和蓝色区域之间共定位的这种情况,如果一旦有这种红色呃外圈和这个蓝色的实心点的时候,说明它是一种细胞类型共同存在的这样一种状态。像这种分布呢,相对会好一点,相对会好一点。啊,但是一但是一旦涉及到底片的时候啊,可能看起来就不太,因为红色的颜色和这个红色的底片其实是重叠度比较高的,这个时候呢,我们需要哎需要哎呀,调一种底色,用红色看看哪种颜色和蓝色和红色都能区分的开。都能区分的开,我们试一下yellow啊,Yellow。啊,用这种料色试一下啊。
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啊,这种的感觉起来还好一点啊,还好一点,它其实就是在绘这个固定位图的时候,大家一定要知道这个固定位的区域,它即使体现出了一个一种颜色细胞类型,也要体现另一种颜色的细胞类型啊。不过这种图呢,在文献中也就这种不用啊,他们的功定位不是很强啊,像这种的呃,就会强一点。要不强一点。像这些呃,房子的区域啊等等,它是一种公定位置啊。啊,就是这个区域,当然这是一种展示方式啊,展示方式。还有一些呢,像同步定位的,哎,我们看一下它的效果怎么样啊。
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比如说我们这边选择卡四。当时是。我们来看一下。像那种不固定位的话,它的一个分布之前就处呃,就处在这种明显分开的一种状态啊。他们之间的这个呃,定位关系并没有那么强,黄色和蓝色就会单独分开,像这种不是很固定位的效果就会很好一点啊。黄色主要增加的这个呢,它这个图啊,主要是来体现两种细胞类型,它之间分布的一个空间特点。
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就是这个啊,这种这种表达模式啊,但是这个颜色大家要,嗯,调整一下,调整一下。这个颜色大家要调整一下,看来只有亮色相对会好一点,我们试一下文献中的一个颜色啊。像文献中它这个颜色记录分,呃,就会分支的很有讲究啊,大家尽量把这个颜色记录给它选取出来。留作红色的反差是蓝色、绿色。我们试一下这个绿色。
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啊,绿色可能啊,绿色不太行啊,绿色不太行,还有一种比较亮的颜色啊,比较亮的颜色我们试一下其他的。不用。像这种黄色可能会好一点,这种颜色不是那种纯黄的,可能会好一点。那会好一点啊。啊,这种也不太,必须有那种比较鲜艳的颜色,亮的亮的那种颜色才能在那种底片中显示的会好一点。
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哦,还是一路回来。是一楼相对好一点,我们试一下。孩子。Went。这种白色看起来啊,虽然区分度比较高,但是啊,它是这种。但这种颜色好像不太让人喜欢,还是不行,还是黄色的,但是这个地方大家要注意啊,如果说大家有底片的话,对颜色的要求会很高。
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啊,如果没有底片的话,那就好了,那就比如说我不要底片。不过你说不要底片啊,这边不要底片了。要里面的话,这种颜色用就可以了啊,和蓝色是这个区分度最高的一个颜色,要里面。这地方不要里边了,下面这些很多函数都需要改啊。我们不要底片试一下啊。不过我个人喜欢,大家在绘制的时候还是要尽量绘制到底片啊,绘制到底。
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加上里面之后,可以看清楚它整体的一个布局格式啊。大家如果不要底片的话,那当然绘制出来就是这种颜色。很白,看不出来什么,当然它大家大家知道这种分布呢,是呈现这种相间分布,但是它这个。但是他这个这个没有底片之后,不知道它那个形态学到底是怎样的,所以就会差一点。
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我们化合这种共定位的这种效果啊。放回那种固定位的小伙看一下。嗯,像这种固定位的效果,如果在没有底片的情况下,会看的更加清楚一点啊,看得更加清楚一点。但是没有底片之后呢,就类似于它那个文献的用图了,就这种图了,首先左边要摆一张这个两天的一个结果。
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嗯,后面两张呢,就要展示他们一个工定位的一个线绘制出来就是这样。啊,像这种的就会好一点啊。啊,但是这种不太推荐啊,不太推荐大家还是要绘制这种啊,像这种有底片的比较好一点啊,有底片的比较好一点。这是第一种尝试啊,第一种尝试大家这种绘制就可以了,当然大家的底片啊,随着这个底片颜色的变化,大家根据这个底色的调整呢,会调整出不同的一个状态啊。那么第二种呢,我们要展示这种空间热力图的这种方式,就是这种,当然这种只是一个影子啊,我们画图不能画的这么丑啊,我们要画的好一点。呃,通过展示空间热力图那种方式,类似于S前面讲到的ST德的那种方式啊。我们来试一下啊。这是我们的密度图。这个密度图啊,它的计算方式会比之前的稍微复杂一点,P呢就是要计算,呃,它在计算这个细胞之间邻机关系的时候,要计算一个点和它六个点之间的一个细胞比例关系,比如说卡三。
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哎,他就要计算克拉三和周围六个点,拉八和克拉三的含量的分布。这些呢,参数呢,都是一些绘图的一些基础参数,比如说透明度和点的大小的一个设置啊。然后这里面呢,选择两种细胞类型,这里面选择了工地位强的,比如和。三个八啊。爱上了吧?啊,接下来呢,就是要对这些,诶,刚才提到的这些过程,这个过程呢,其实就是计算临近的一个,呃,两种细胞类型之间的一个分布状态。首先要获取坐标,获取坐标之后呢,它这个表达值采取了这个刚才提取的两种细胞类型的一个表达值,大家可以看一下。
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这个和我们选取有关,我们选择了CLASS3PLUS8,我们计算三和八之间的一个呃,空间分布的一个状态。然后就需要计算了,计算这个大家可以看一下NX,这个是就在计算它淋域的一个情况,计算淋浴的一个情况。而且接下来呢,这个地方呢,其实就是normal normalize的话,其实是对数据进行一个简单的规划。嗯,让它让两种细胞类型的分布啊,处在同一种水平上,给它放放大到这个同一范围。这个地方呢,就是简单的一个数据处理啊。呃,每种处理呢,其实就是该数值减去它那个。哎,大家可以看一下,基本上就是这个数值呢。嗯,乘以它的一个中位值,然后去log值啊,这种方式呢,其实是对这个细胞类型,把它缩放到同一种范围,同一种啊值的跟范围啊,不过这个地方呢,均匀化的值呢,嗯,大家可以采用其他的更多的一种方式,比如说这个。
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嗯,零一缩放,或者说嗯,自定自定义缩放的,比如说负一到一之间的一个缩放都可以啊。呃,缩放到这儿之后呢,就开始提取了,提取我们有效的一个,呃,这些方法呢,其实都是在告诉大家这些有效的时候该如何提取啊,如何提取最终呢,形成这样一个。其中这个我们需要绘图的两个矩阵,一个是tmp矩阵。这个矩阵就是它的。表达了一个等级,这个等级怎么计算的呢?就是说它一个点,它如果周围有点,嗯,PLUS3。
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的点周围如果有卡的疤。就把它标成等级啊,等级二让它,呃,等级高一点,就是它固定位越强,等级越高,通过这种计算呢,来展现两种细胞类型分布的一个状态。然后接下来就是一些简单的处理数据啊,进行一个数据剔除。地图之后呢,我们保留这个。实际需要绘制的一个点,比如说TMD一点,实际需要绘制一个点的等级,1230级我们就不考虑了。然后进行一个绘图啊。这个地方有两个矩阵,一个是这个表达这个等级矩阵,另一个就是这种矩阵。LR他们临近临近程度的一个矩阵,这个矩阵是刚才经过计算出来的,就是一个点,考虑到六个点两种细胞类型之间的一个定位状态,如果两种细胞类型定位越高,也就是说CLASS3它周围六个点含有的细胞,细胞类型八,CLASS8含量越高,这个值越大。
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诶,就会有这种。哎,明显的等级特点啊,一方面是等级,另一方面是他那个嗯。这种这种热力值就是空间的密度的一个值,这种值绘制出来就和我们的这个空间的值是一样的,呃,空间的热力图是且很接近的,我们来看一下这个效果。我们来看一下效果啊。但是这个颜色分布啊,一直是一个比较头疼的问题,像这种呃红黄呃橙色的一个分布呢,其实整体看起来其实是不太合理的。
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不太合理的,但是它表达的一个趋势呢,就是说诶表达三的地方红色呢,表达就是说诶CLASS3含class的三比较多的地方,黄色呢,是含拉斯的八比较多的地方红水高的呢,就是橙色。然后这个地方会有个热力图,就是固定位的一种热力图,就是两种细胞类型,它固定呃,通过热力图展示显示出它两种细胞类型固定位的一个强度。我这个颜色梯度啊,我们需要改进啊,需要改进。我们选取一些,呃讲啊,大家这个颜色梯度的这个选择呀,呃,很多时候都是选择那种。嗯,选择那种就是说。
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红蓝相间。Red blue,就是刚才那种。很多时候会选择这种红蓝相间的这种,就是这种红蓝相间,它的中间颜色呢,采用这种粉色啊,采用这种粉色ORANGE2的这种方式啊。然后我们再来看看这个效果。然后这个热力图的这种热力图,就是空间热力图的这种展示方式,这个颜色啊,也需要进行一个调整。呃,低的呢,我们就。嗯,低的我们才有这种。就是灰色调的,灰色调的话就是就是准备。呃,高等级的话,我们采取一种。
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暖色调暖色调。呃,采取一种其他颜色,我们试一下啊,这个图呢,绘制起来,其实大家肯定明显感觉到这种绘制中间的这个绘图模式啊,它对我们调整颜色要求比较高。尤其是涉及到两种细胞类型,诶同时有的这种情况。诶调整起来就会非常的麻烦,这是为什么很多文章啊不愿意放底片的一个原因,诶底片放置之后对他调色影响很大。像这种,哎。左边这张图呢,就是两种细胞类型的分布,和咱们同时存在的一种分布。啊,右边这张图呢,是它们固定位那种热力图。啊,不过这种颜色的好像。不太好,不太好,我们这个空间热里头啊,往往会采取一种。我们看看这个。
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我们来看看其他的一个选择啊,其他的一个选择。哎,我们来看借鉴一下它的这个颜色,借鉴一下它的这个颜色啊。黄。绿黄红啊,绿黄红。我来试一下啊,这种热力真的我们试一下。第一等级他我们就哎这种,好像它这个颜色还不是纯,我们来选取一下它这个颜色。高等级呢,我们就。中间等级呢,我们采取它的一个颜色啊。
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What?再来试一下,看看这个效果啊。那看看这个绘图效果。呃,一旦涉及到这种热力图的这种方式啊,就会呈现出这种颜色披露的一个状态,像这种状态可能会差一点,我们来看看这个文文文章的文章的这种其实效果有点不太好。啊,它的空间热力分布呢,其实这个颜色皮度因为有底片的存在啊,所以他选择这个,呃,颜色梯度的时候会有很大的一个限制啊。
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这个为什么没有选择到这个。我们采取一下这个常见的这种模式啊,一的五六。低的用blue,高的用红,然后中间用灰色。我房子。
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嗯,这种可能红色的这种热力图相对还算好。因为它这种热力图呢,因为我们的底片偏向于红色,如果纯在用这种冷色调可能会差一点,用这种暖色调可能会相对好一点,这种地方体现的就是固定位之间的一个分布状态,像这种呢,单独进行展示,和他们合在一起进行一个固定位计算之后的一个展示啊。防止这千差万别的啊。像这种颜色呢,可能。稍差一点,稍差一点啊,我们更多的是要展示这种热力的一种颜色,热力颜色。我们来换一种,这种攻击我不是很强的,就是刚才那样。换那种固定味不是很强的。好,已经很强的要从头开始了,我们就上。
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固定位不是很强的这个地方大家要写成比如说四。你试一下。我们继续往下走一下啊,三四前面的计算呢,都是一些简单的空定位,以及它们相互空间啊,临近的一个临近值的一个计算。这个大家回去简单研究一下就可以了,这都是一些简单临近的一个计算。我们看看这种效果,非固定位的一个效果。不过这个地方呢,它这个红这个颜色。我们采取三元设备。红绿、蓝。
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看一下效果啊。像那种非固定位的一种现象,大家可以看一下明显的这个明暗交接处。嗯,拉的商场分布在这边拉的在这边。但是咱们中间交界图确实有一定的热力值分布,不过这个热理值分布啊,大家可以看一下,很低啊,最高值才0.1啊,0.1说明整体的分布并不是很强啊,并不是很强。那这种分布呢,就会明显的好一点啊,明显的好一点。就那种分布哎,红率相间的这种,他们工定位几乎没有中间状态,有一定的这个定位强度,不过定位强度很低,0.1啊0.1。啊,这个轴呢,大家可以调整它的一个值啊,调整它的一个值。
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对它进行这个卡拉巴值进行一个调整。嗯,像那种公定位的图啊,当然这边的效果是最好的,这边效果是最好,它公定位值比较低啊,这个值呢,卡拉这个值大家拉高一点。拿高一点的这个定位啊,就会越来越低了,这就是呃,细胞类型固定位的一个展示,这个展示啊,其实大家绘图啊,代码我经写好了,不过这个配色呀,要根据自己的实际情况,进行一个详细的一个摸索,详细的一个摸索。接下来呢,我们看一看配受体的一个公定位,当然配受体公定位相对的更加复杂一点啊,复杂一点,因为前面在讲空间共定位的时候,讲这个配速体工定位。
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呃,空间配速屏空间位,大家通常把这个相同通路的一个倍速屏啊,给它放到一半。然放到一块儿去了,所以说我们在进行空间配数体空定位的时候,也是需要把这个空间配数体啊,当然可以展示单个配数体,就和之前展示呃,两种细胞类型这个方式是一样的,但这里呢,我们需要把所有的配素体给它进行合并,就是同一个通路的配素体进行合并,这里面呢,我们采用了采生了这个,采用了这个的这个。嗯,CR的这个数据库。没有下载吗。啊,他这个三菜的这个数据库啊。Number。
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他这个三幺的数据库呢,大家可以看一下这个三幺的数据库的一个特点。他分了好几个等级,分了好多等级,你像这个。其中呢,还有配速体,对,还有这个通路的名称,还有我们通常需要把这个相同通路的这个配售体,对啊,给它进行一个合并,配体合并,受体合并啊合并之后呢,进行一个整体值的一个运算,寻找空间上这个hot就是这个热力区域,就是热点通讯的一个区域,热点通讯一个区,我们来看一下,这里面我们就采取它第一个通路。DGFB通路,呃,大家可以写个循环啊,把所有的通路都可写出,都可以给它画出,我们这里面以其中的一个通路作为展示啊,DFB通路。哎,把它提取出来,我看一下。啊,大家可以看一下这个通过的这个数据库的一个特点,首先它的这个配速体啊,通常是一倍多的一个状态,像配体只有一个,呃,受体有两个,它以这个下划线作为分割啊,下划线作为分割。
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啊,这个时候呢,我们首先要进行一个提取,把配体进行合并。哎,配体是我们的所有配体,对,呃,配体这个基因受体呢,啊也是一样的,和我们的受体基因。做体积。然后这个时候就就要就要进行一个计算了,我们需要把单个点,它所有表达配体的值进行相加表达,这受体的值也进行相加,加之后呢,添加到我们绘图的一个基础信息里面。你说这个。这个地方配体的值和受体的值经过这个卡,这个每个八口的相加之后,得到这样一系列值,得到这样一列值。这个是配体修理相加的,也就是说我们这个时候绘制的这个图案是在这个通路水平啊,TTFB通路水平啊。接下来呢,操作就和前面是一样的了,类似于类似于这个两种细胞类型空间空定位的这样一种展示啊。
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呃,所有的操作呢,和之前的操作都是一样的,一方面我们要提取它的一个表达值进行均匀化,均匀化之后呢,要计算同一种细胞类型,那周围的,嗯,同一个配体,它周围的受体的一个表达。表达的越高,哎,他们固定位越强,它的这个它这个呃,临近值就是固定位的值就越大。公司会计算出这样一个内容。同样也是得到两个矩阵,一个是这个tmp矩阵,Tmp矩阵也是一个等级矩阵。等级矩阵,呃,这个两者之间的固定位越强,配体和受体之间的表达值固定会越强,它的等级越高。还有一个就是空间。这里是。还有一个就是空间热力值,用这个值。他们之间空间临近的一个趋势,呃,临近度越强,而且它的值越大。
44:04
接下来我们看一看这个绘图的一个效果啊,这个时候绘的就是我们配速比空间固定位的一个值了。哎,我们看一下效果啊,看一下效果。这种颜色的选取啊,一直是一个比较头疼的一点啊,像这种颜色呢,可能会啊,反差度并不高啊,反差度并不高,这个时候我们要需要把颜色进行一个调整。大家在实际过程中也需要进行一个调理啊。那这个我们还是采取那种三原色的一种状态。
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Ride。路。Three。然后这个地方呢,我们的这个颜色我们选择,当我们选择红色吧,红色和刚才的一样。然后我们选择。呃,录制啊录制,那这个固定位绘图就在于颜色的调整,非常的繁琐,大家在调的时候一定要根据,因为底片的颜色的一个成分啊,限制了我们之间的一个调整。很多时候,我们需要把它调整成和底边相呃颜色反差很大的一种颜色才可以。像这种颜色可能会稍差一点啊。
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像这种的话。像红蓝,红蓝之间的一个镶嵌分布呢,其实会其实会,当然区位度会明显,但是它这个黑水率表达,由于这个分布的一个散在性,导致它之间的一个供定位情况也比较的也比较的差,并不集中在某一区啊。所以说这种区域也都不太。啊,像这种的话,颜色搭配也不是很好啊。换一种元素试试。密的,我们也选择grey吧。嗯。我们再来看一下。
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像这种的,如果单一色调的一个配色可能会好一点啊,它的空间区域热力值越高的地方,红色颜色越深。相对好一点,但是由于这个黑色里对它之间的一个呃反散弹分布性,所以它空间这里。嗯,估计稍微差一点,稍微差一点啊。但是基本上大家可以看出来,它的热力区域啊,基本上集中在这个。嗯,癌症区域说明整体的TGFB的,呃,DGFB这个通路啊,癌症区的。癌症区域的这个表达值更强,更加强烈一点,更加强烈。当然这个颜色搭配怎么能搭配出他们bos,就是固定位的这个颜色怎么体现出一些更好的一种分布状态,其实需要大家进行一个考虑啊,就是哪种颜色更能体现这种他们中间色,并能表示出红蓝的这种状态,其实是需要大家详细考虑啊,Red blue,我们再想一个。
48:32
我们再想一种颜色,这种颜色呢,需要这个体现出一种,嗯。感觉它这种颜色,我们试一下它这种颜色啊。红绿蓝,应该是黄绿红黄绿的这样一种大屏试一下啊。
49:03
红黄绿。当然这种绿不是那种真正的,我们需要提取一下。哎,我们再回头看一下这个效果,这个效果。
50:02
嗯,这种效果可能还是稍差,因为可能和数据有关,数据联合之后,他的这个他这个配数体分布啊,并不是目标配数体分布,所以他们的这个整体效果还是,不过对这里头已经出具,哎初次体现他这个规模了,整体而言它这个癌症区域,它这个表达程度就高一点,诶正常去表达相对会低一点。这是一种这种空间,这里头的一个。这种空间这里头可能会差一点差。行。就是这种方式,这种方式我个人比较喜欢,因为这个数据可能不太合适,如果大家数据匹配的话,不出来图会非常好看啊。尤其是空间这种热力图,空间位置进行热力图的一个呃加加和之后的一种热力分布图,而他的图非常好看。
51:06
这个散单图可能会差点。这是第三种啊,第三种啊,还有最后一种,最后一种呢,这种空间定位的方式,就和我之前写的推文这个方式是一样的。六个的这个方式是一样的。来,我们来简单看一下他们的效果怎么样啊,效果怎么样。看看用在这里效果会好一点吗?当然这种方式呢,因为没有底片啊,没有底片,所以他会。好的多啊,好的多。我们来看一下这种效果会怎样。
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是没有。这坐标值我们看一下没有。地方啊,它并不是这个。这个地方是一啊,并不是这个一子。
53:05
我们来看一下这种效果啊,这种效果怎么样。当然这种效果呢,是借助这个TH进行绘制的,它的一个绘制的一个效果呢。嗯,因为是没有底面的原因,所以它那个整体的一个绘图啊。嗯,从那个会读呢,会。浅一点啊,我们来看一下,把它合并一下。看一下这个效果啊。当然这种效果呢,我个人也不是很喜欢,因为他们之间的固定的效果,因为这个底片的原因,而且灰色程度比较大的原因,往往绘制不出那种非常强的一个好看的那种图片的一个效果。
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嗯。像那种固定位不强的整体就,哎整体就不行。啊,又没有底片,所以这种效这种方法不太推荐,不太推荐。不太推荐。哎,这个就是这种方法的一个弊端,不太推荐大家就用之前展示的那两种就很好啊。是的,两种就很好。嗯,大家在这个会空间图的时候啊,空间热力图是一个重点的一个内容。这种空间这里头是一个重点的内容。目前这里头是一个重点的内容啊,大家在绘制那个ST那个方式。
55:09
那会是那个S那种方式,有一种比较独特的那种空间热力图那种展示方式。我们来尝试一下他的这种方式是否可以。有点慢,就这种方式,这种方式,这种等高线图的这种方式,这种方式呢,它体现在一个单个基因,但是并不能说是这个。像那种等高线图的方式,我们试一下这种浅色区域还是。我们试一下这种方式啊。
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我们查询一下他的那个颜色体。看一看这个效果。这种空间热力足的一个效果。我们以刚才我们细胞类型固定位的现象。作为这个。我们以我们的这个细呃细胞类型共定位的这个作为一个展示啊。这个我们还是采取这种固定位比较强的拉个三。试也行,试吧。嗯,前面的计算我们迅速的计算一下比较简单啊,大家跑的时候,那大家自己跑的时候研究一下啊。
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大家自己跑的时候研究一下,我这跑的很快,嗯,是已经写好了,大家,但是大家要努力研究一下这个代码的意义啊。这个地方我们试一下那个刚才那种德那种颜色提度啊。肉的话是。这是。高的话是。接近于红色。空间色。它采用了一种。像黄色的。我慢慢试一下。
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嗯,感觉并不太行啊,感觉并不太好。感觉并不太行啊,之前。他之前调的颜色调的会非常的麻烦。像这种的是相对会好一点。相对会好一点,但是呢,这个颜色调配啊,一直是一个很大的问题,大家以后遇到一个好看的颜色记录啊,记得一定要保留啊,一定要保留。
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代码部分呢,我已经发给大家了,绘图呢,都是基于在底片上进行空间固定位或者空间热力图的一个热力图的一个绘制啊绘绘制出来的效果呢,会绘的,会依据大家的一个审美观有一个不同,实际上有的像点图呢,有的时候绘制的绘绘制的很好。比如说像这样的。有这样这样的。里边是蓝色,那个点是红色,哎,之前的绘图呢,就绘制成这样一种颜色。哎,用这种反差色就能绘制的很好,还有一种呢,像刚才展示的那种,用那种它的底面是红色,我用蓝色进行一个绘制也是可以的。只不过这个数据不是太匹配,所以说他绘制的一个内容呢,会稍差一点,不过大家拿到这个匹配的一个数据呢,拿到这种绘制的话,会比我现在展示的要好得多,要好得多。
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就是固定位绘图啊,固定位绘图固定位包括细胞类型固定位和配受体固定位,呃配受体我们通常把同一个通路的配受体进行相加,然后进行配受体位置啊,大家在写的时候尽量写个循环,把所有的这个服务都给它绘制出来就好。还有一个就是这个。呃,细胞类型的一个固定位的一个绘制啊,这个地方呢,主要和底片的选择有底色有关啊。嗯,我们绘图的课程呢,相对比较简单,相对比较简单,但是代码写的却比那个那个要复杂,因为中间要经过复杂的一个运算,呃,运算过程中呢,要计算,因为是空间的关系,所以要计算点和临界点之间的一个。没有,所以说大家在计算的时候一定要小心一下。好,我们空间的图啊,就这些啊,就这些空间工具的图,大家要根据这个呃,基础之上进行一个。
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来进行一个自我调整自己的修改,根据自己的一个底片的颜色和固定位展现出来的颜色进行一个。啊,进行一个适当的调整,代码只是一种示例啊,只是一种示例,大家拿到之后呢,一定要根据在这个基础上进行一个适当的调整啊。
我来说两句