使用igv手把手教你读懂、理解m6a 、chip-seq等表观数据的peaks含有，以及制作峰度图原创

总共有8个样本，我其实提前加载进来了，但是在我这个正常操作之前，先把这个。组的数据下载进来，组的话，它这个是有2个啊，我们这点上去看上去是一个。载进基因组，载组注释信息载之了加载好了啊，然后如果你那个没有HG38对不对，那你要点一下more，然后在这里面找HG。看到没有，在这呢，你要点一下这个H38，点一下点一下，然后点。就可以把帮你把这个，呃，这个注释注释文件，还有这个基因组下载下来，我这已经下载好了，再下载了好吧。下载好，载进，然后就。B对不对，最后我做出来是这个这个它这个其实是一样的，就是说都是在我我们这个I来看的。

然后就file把你那个进来就的话就一对不对所的话你按按shift就可打。然后我这已经都打开了，直接点打开就行了，然后打开它就会加载到面。正面你看啊，他这个其实都是有的，对不对，我看到它的路径吧。对嗯，对，然后看到他的路径，你如果想改名字的话，你看这面有个name看到没有哦，看到能看到你，你可以改名字，你要觉得我这个好可以改字，然后它这个顺序也是可以拖动的，你看啊。看到没有，他这个就是说。是换的，随便换MMM。

他们俩是一组的，所以呢，我们去看。假如去看一个。CK,直接你想看什么，直接在这里面输入你的基因就可以了。第一次。就有这样的一个。对，我想看C。证明，你看他在下面。因为有的基因，它是就说你这一块。技术应该是这块。这块没有于CD。所以其实不同基因之间它是有重叠的，对吧。我们CD，我们CDK到底呢，这面看到没。看到了看到了，因为这个基因比较长，它有这么长的8。

正常我没有这么长的这个这个基因啊，这个基因很长，这已经很长了。必须拔8000多个BP就很长了。你看它所有的范围是在这的，但是它在范围里面的话，特别是正面。它是这个基因的，对不对，然后这里的的。然后你如果想显示它的话，可以点一下这边有一个。这个类似于提示否details，就是你可以看到它的详细信息，在这没有。他就告诉你详细信息了，是这个子第5个子。那我们提一个外线之战。在这啊，它是有顺序的，看到这个顺序没有。这是它转入时候的方向，这个小箭头就是它转入时候的方向，是第一个外弦子，这是第二个外弦子，那中间这个都是什么呢？中间都是它的内涵。

因为他。哎。我们M的时候，它这个转录完之后，这个内涵子啊，内涵子都会去掉，最终变成成熟的M对吧？对，但是我们呃。这个测序的时候不仅会测到，还有这个未生数的都是都有可能是会测，然后是。内的。有几个子，6个万子。这面怎么还有，这面还有啊，最长的话应该看到面对不对，它有8个字，如果你不相信的话，那你就去那个上看看一看这个CDK它是不是8个字。正常来讲的话，这个这个是不会出错的，如果出错的话，那就有问题了。那个。

那假如我们现在就只加载。我先把其他的都删掉啊，删掉的话你就按一下点一下，然后按一下shift，就Windows里面操作是一样的，然后你点一下。应该有delete操作，Remove track这一行一行的，它就是track，你把它删掉，你看这个也删了吧。假如我们现在只加载这2个进来，就说这个东西到底是怎么对不对。对，现在是是这个问题，我们一个序的话，它都都有一个是input，还有一个是这个IP，那它这个到底有没有结合，我们这个就是说这个M6的这个实验的话，只能看断它有没有结合。你看啊，在这个地方，这个都是有的，对不对，这就说明。I.

这个就相当于是他的背景。它背景是有的，但是我们能够明显看到这个IP拉来的东多了，对不对，把这个拉拉来之了，然后测说明在这个CDK上，这个CK这个基，就是说C子部分这。地方是有M修饰的。要跟他比。因为它是背景。哦，明白了，就是跟背景比它那个嗯，量要多，就是要高，顾及到的要要多一些，对对对对对，但是你看，但是并不是每一个都都是这个IP里面搞的，你看看我看看啊。啊，这好像差不，你看这个对不对，对于这个第三号外弦子来讲的话，反而是这个音input高对不对对，所以这个东西就是说它并不是每一个外子里面都是一定是这个IP里面。

而且这个有可能就是我们这个做这个实验的时候常会出现假性，就是说这个地方啊，你看这个地方高，那真实情况不是还是做实验验证的。对，然后你还有一个问题，就是说它这个是被调整过的，如果你看啊，这个风的高低是可以调整的，你看还是按下shift把两个都选了你看啊。因为你是想要比较的对不对，所以你要选这个group auto.这样的话，就让他俩这个风高都一样，才有才能比较啊，对吧。就是最最高峰都一样才能比较，那如如果它本身的话，可能它不是不入发的，呃，它可能就是这个。

Set,你还可以自己设置它这个高低，你看啊，假如这最大的对不对，我可以设置成。27这个高高低在哪呢？就在这能看得清吗？27你好，现在点一下就变成27了，是不是这是两个一起设置的，那我们正常我们单独一个设置的话，你看啊。对对对，我把它变成。哦，那他就了这个看上去就好了，但是我们可以把它这样，我们可以这样，这个就是为了比较嘛，这个就是在正面的话，你自己可以摸索一下，然后然后把它变成20吧。对吧。它虽然看上去高了，但实际上因为它这个坐标轴的原因，所以只是看上去高了而已。我们想比较的话，通常都是把2个全选，然后2个group out.就是他们俩是一组。这样。然后如果你觉得这个不好看对不对，这里面我们都可以调整的，这个你你把它log一下就是会更好看，然后点一下logo啊。

那么就感觉更好看一点，但这个杂都没有了，刚刚这边都有的，就是一点一点的，现在都没有了，对不对，对是这个就是我们自己调了，然后这个颜色你要是想改的话，你觉得这个颜色不好看对不对？也可以改颜色，这面情人节这个是改名字对吧，这个改颜色，这个可以改高度。高度我们刚刚还可以在这面改，对不对，可以在这个地方改，对吧，这里面的话，你其实你自己摸索一下就可以了，这个改颜色的话，你看啊，就点一个我把它改成。呃，红色吧。你看它是不是就颜色就变了。是嗯，啊，这个这个主要操作就是这样，然后。怎么比较也是这样，通常我们是2组，2组。谁是谁是谁的，就是你要把这个。这两个是一组对吧，弄好然后。

嗯，刚刚我是把那个所有的样品都加载进来的，对吧，先把它删掉吧。行，然后啊。呃，正面的话你还可以，假如你想把你假如这个地方我没删啊，你想下次打开这个软件就能到你那个东西的话，你可以把它就是save session.就是你可以把你这个工作之后。嗯，重新加载，你看我们现在来加载啊，加载就是应该是open session,我之前在这呢。就是你C3C，它就会保存一个文件，这样的话你重新打开一下，它在一开始保存什么呀，它现在打开的就是什么呀，我们来看一下啊。看到没有，就是一开始不是8个吗？我在你之前我自己保存的就是我们这个各种操作，你想把这个设置保存下来后面，嗯，就一下子可以定位到这个地方。哦，这个好理解吗？好，好理解好理解，对，然后我们想看什么基因，如果你想把两个基因对比着看啊，你看假如我想看GP和我想看两个G符GXP，然你加个空格，然后再看一个刚刚的CDK。

想看两个基因可以同时看的，然后你按一下就可以了，中间加空格，然后。那这就可以看两个基因了，看两个基因，三个基因也一样的，你就中间加空格就行了，但是你看下面这个啊，他可能说有时候这么多对不对，你感觉太麻烦了。对于这个来讲的话，你看这个GPX它有4个转，4个转对不对。对，但是CDK只有一个转，然后我们不想看这些东西，就是你把它就可以就合并，就是说合并到一起去了，其实它是有4个转的，对吧。啊啊，你看这样，虽然看上去一条，但是它其实是有4条短的，然后如果你想细看的话，就按一下这个右击右键。

这个因为为什么老是有这些东西弹出来呢，就是因为我们刚刚点这个。出来，这就改。Expand,这就可以显示出来所有对吧。啊对，然后这样的话，我们就是说你能看到它有多少个短路，以及它这个外子的位置，同时你还能够看到它这个基因短入的方向，你看两个方向相反的方向，C是往走，然后G是往走，对吧，说明这个就是这个基因在在这个转入的时候，它这个方向它是从这面往这面走，但是对于这个基因来讲的，它是走这面往这面走。哦，那怎么知道是哪一个转录本上，它那个M6A那个峰值有差异呢老师。所以你看啊，我们你还记得我让你看那个文献里面啊。

4你看我们就只这个，首先。这个来讲的话，能是不是能我们把它调到最低啊。这个LAS证明啊CDK。我们看这个绿色的都是input对吧，绿色都是input，我们这一比较你看就是在正面这行的话。这一块的话，是不是说都是这个IP里面发现了吗？全都是IP里面高。但是并不是所有的它的转录本都是呀，你点一下就行了，在点正面它就给你修detail嘛，就点一下说明1号转本的，但是这个2号转本并不是这样的吧。账号转吧，好像你看对于这上面对对对对，这只能说，嗯，你这个要需要实验去验证的。哦啊，所以你看那个文献上面，他用这他在这块圈了一个框圈出来，对不对，对这个也就是说我给你展示一下文献里面它有的东西，它它是可以复现出来，如果复现的话就是这样。

但是我们这图明显没有文献里面的好看，对吧？嗯，是什么老师，那如果就是说input里边嗯高，然后负极的低，这个说明什么原因呢。嗯。Input里面第一，负极里面高。啊，不是的的，对，就是这反过来的，他说。我觉得这个好像不太好，不太好解释，感觉像是实验的原因，还有它这个测序的。就是理论上来讲的话，你用IP这能够拉到它的，但是你去你去去如果它低了，你看就像这这一块的话，他却低了，这就说明没有把它拉下来，要么就是你抗体不行啊。对吧，你那个IP的抗体不行啊，要么就是你测序时候的问题，所以才会导致你这个背景特别高，但是你的IP拉下来东西。

对对对，原则上应该来说，就是说它即便不高也应该跟背景值那个销量是一样的持平的是吧，对对对，哦，我明白了明白了，嗯，但是你看这个明显。所以这个这个里面找原因的话，其实不太好找。什么去找符合你这个你的想法的你的故事，然后再去用实验去证明。对对啊，然后我刚刚在说，还有就是说为什么文献里面那个导那么好看，因为它经过二次处理呢，它怎么处理的呢？就是说我们现在假如就看了这个基因，对不对，就是这个CD这个基因啊。然后把它导出来，就是这导成这个SSV。打成这个SVD。然后导出来之后，然后用那个呃浏览器打开，浏览器打开，然后呃用浏览器保存PDF格式，另存为PF格式。

然后PDF格式的话，你就可以用那个AI去修改了。啊对，就是这个图，其实这个不好看，你要保直接保存这个P的，你没法修成SV，然后再用浏览打开浏览打开之。再把它另成为PDDF，它的矢量可以修改。所以那样的话的图好看，然后还有组对组，这个其实都是可以加的，包括这些都可以它截。啊啊，然后看看还有。呃，老师还有一个问题，就是他这个IPM6和这个，嗯，我看到有一个是rip的rip sick,是不是就是您当时说的那个，嗯，不是两种取交集，一个是普通的那个蛋蛋白，还是是抗体去拉的时候，还另外一个是M6A的抗体去拉，是是这两个吗？我有点没明白他这个文章里边的这种分组情况。

嗯。它这个是是两个技术，就是这个这个M，它是两个技术，但是它是相辅相的。他既测了这个，又测了M，测出之后，然后你把这个基因去交集。取完交集之后，就说明这个可信度就会更大嘛，对吧？哦，那就是说在这个图上咱们看到就是说在这个pick这个峰值增高，还有一个是那个IP这个峰值也增高，这就是说实际上就是两种交集里边的那个，就是共同的那个增高的基因是吧。对的对的对的。哦，就比如说只有一个像IP增高了，然后那个嗯，Rib的没增高，可能就不是他的目标基因，是不是他M6的目标基因是吗？那就不好解释了，就是说因为你因为你这个做这个实验的目的，其实你就是为了发现他这个到底哪个地方有MUV修饰，同时它与那个YDF有结合，对吧。

对对，如果你只是单纯看这个M的话，按理说应该是说的就是IP里面应该。大于等于，这个风的强度会大于等于。对是啊对，然后嗯，如果我们假如现在没有下面这个的话，就只看上面的话，那就说明这个基因的地方，假如就是下面都不看啊，下面都下面四个都不看，1234都不看，我给你删掉吧，好吧。假如下面4个都不，我们只看上面4个的话，得出什么结论呢？就是说我们就看这个啊，这个地方好看一点，最后最后这个就可以说明在这个基因叫CDK对不对。

SDK4基因外形1号外的位置，它是有M修饰的。可以得到这个，可以得到这个结论。就单纯从这个数据可以得到这个结论，然后你还记得吗？我们刚刚我重新把那个加载进来啊，但是我们实际上还测了另外一种，对不对，还有对吧。我们刚刚讲的是M，还有一个是P。呃，那我们PC。X.CD.我们来看一下CD啊，Rip rip它是这个RI，它是用什么RI的，是用y DH y y dne去拉的，对不对。对，这就说明我们只现在呢，只看下面4个，上面4个就不看了，还看这下面4个啊，只看下面。这就说明什么呢，YD?C.

对吧。对，能够能够拉到CDK4，同时在CDK4这个地方，它是有这个M6A修饰的。对是对吧，所以这两个测序技术它就能够结合起来。对，第第一个第二个。嗯，诶，第一个后面这个，后面这第一个，第二个是M6A测序是重复，他做了一个重复，就是这是。嗯。这两个是一次实验，然后然后他重复了一遍。就是这两个和这两个，它是做了一个重复实验。哦，我看您这个标的这不是Rep吗？嗯，三四就您现在标注的这两个。哦哦对对对对对，这呃，他应该是这个这个和。

哎，这。就是这两个和这两个是重复的，因为我是为了跟文献里面一致嘛，文献里面那个顺序也是按照这个放的啊，这两个和这两个是一对重复，然后这两个和下面两个是一对重复。对对对哦，那明白了明白了，嗯，对是就相当于是一组，呃，然后又另外有一组，嗯，对对啊明白了明白了，那两个特各各多测了一次啊对对对是就相当于并列了两组啊对对对，然后这面就是你要是想调一下这个大小啊对不对，你这面都可以调，你看啊看到没有。这个就是调可以调一下这个大小，就是说你是。让这个显示的更大一点，还是显示的更小一点，你看就这样好像更好看一点，对不对，但是你这个基因就显得基因窄嘞，就是它这个上面同时显示好多，你CDK4就只在这个部分嘛，对吧，对是嗯，就比较少了，但是这个图确实看上去好像更好看了是吧。

是嗯嗯，所以对，所以这个地方就是你具体你要想用哪一种图去展示的话，还是取决于你自己，你想怎么展示就怎么展示。啊，这都是其他基因的，其他基因它有的是也有这个，就是所以它都有这个。嗯，我看还有什么其他地方没跟你说的啊，如果你自己想选固定区域，你看啊，这个地方方就是你你想选什么地方的话，你都可以选一个，我想假如想选这一块的话。啊，这一块到这一块。是吧，就你这一个就可以选定了。这样你就自己可以选定，然后。这样去看。但是其实我感觉这个作用好像不是特别大。哦啊，然后这里面其他的操作的话，好像你都可以去摸索一下，这个是最视，就是让你的屏幕这个高低压达到最，嗯。

这个是软件觉得最的，但是可能我们弱看上去好像也不是做对吧，可能还是希望把它调的好看一点，这个就是需要你自己就说再慢慢调一下这样子。行，那能看，就是说哪个染色体上它那个就是是哦是这样啊不，你问这个问题的时候，就是就就就能暴露出很多问题来，是我对这个不太了解，我记得就是说看哪一个染色体不是23条，嗯，那个上面就是这对对对密集度最高啊，从这选啊这个基因每一个每一个基因它在哪个染色体上，它有固定的位置的呀。你看对于CDK4这个基因来讲的话，它在十四十二号染色体上，那如果你看我们假如看看GPX过的话。

但是在19号染色体上。对对是哦，我就说那个不是这这些条染色体上哪一个染色体M6A甲基化程度最高，是在是在那个左边这您说的这个位置提供的。你要整体比较一下，哪一个比较哪一条染色体上，它那个好像比较这个好像比较不出来。这个没有把。没有把。嗯，我看一下啊，你看看是不是这样，是不是这个意思啊，对对对，是，但是这样你也看不出来啥呀。都有，你看从一到二十，二十四对吧，二十四都有。这样看上去的话。好像分布的差不多，感觉是吧，好像是好像这边多一些，对对对。这个你都可以自己保存。行行，我到时候再看看还有什么其他问题，其他的没有了哦，就是就是整体上看啊，整体上看对对对。

他的其实你就是自己摸索一下就行，先右击你看啊，右击，然后你就能看到这些东西了，然后你自己看一下。基本软件可视化做的很好的，基本上摸索摸索都可以做。嗯，然后这个你再想一想看有什么其他的问题。嗯。就像其实像这种的话，就比如说嗯，自己想查哪个基因基本上就可以，嗯在那个在这个上面让他就以出来了是吧，全部都你直接在这边，然后你看3对不对，3不是。是是吧，你看。是不是，那就想一下，是不是自己输错了MAT？

是不是有没有人可能自己说错了，因为这是人的，我就全部大写。哦，在这呢。对吧。是13吗？因为我对这个其实也不太熟啊，但是。你也能看到13，这看上去对好差异很显著，对，这是非常显著，那看看f to对不对，他这个实验做的很成功，哎。是对吧。因为这是从整体上啊，你看这个时候感觉不太好看的话。可以看一下是什么原因导致是这样，是因为转太多了，你发现了吗？F转这么多个，那我们看一下看到没有这么。所以这个它这个线会感觉好像有点凌乱一样，但是F看上去的话，你看面好像也挺明显，差异也挺显著感觉对吧，你看特别是看这的话。

呃，但是这个好像少了是少了，不如那个13那个好像更明显。嗯，对。那也有可能少呀。对，也有可能是你看。你看一下这个地方啊。就是它比，就是说我们来理解一下的话是。就有可能这个基因它本身就没多少差异，也有可能有，有可能是这样啊，有可能是这样，你看这个怎么解释啊，就是说这个。IP的变少了，对不对。对是你看有可能是因为它这个基因之后，然后导致这个f to.对，也也可以这样理解是对，所以所以就是说影响它的稳定性，影响这个蛋白的稳定性。

对，所以这个东西变变少了。它原因有很多。是，是你不好去，到底是哪一个原因？但是不是没有可能，也是有可能就是因为影响了F这个本身，那我们就要去做实验去验证了。对对对，就是还是找还是像，如果这两个基因的话，可能那个MET13好像更明显，那个刚才那个好像更明显，对不是还有什么Allah是吧，我们来看一下啊。Alle.A.是这个吧，I加我也不知道是哪个和3，我记得您说对吧，你看这个好像也挺明显的变。对对，是这个很明显，但是它一个高一个低后边。嗯。

因为这个是。他去测序这个测序嘛，就是说嗯。有的。我们也不知道他这个地方有多少个。就是它这个测序的时候，看看好像就这一小段对不对，其实可能测了好多个片段，就是这个片段，这个地方呢，应该是相对于来讲这个头上。容易测。所以。容易的，所以它这个地方特别高，你看全部都高对不对。对，如果高的话，全部都高，但是它都属于统一属于这个第4号这个。是是，然后那你可以看这个呀，这个。哎，这个地方。这是2好外弦子，你看好外弦子它又比较小，发现了吗？它也是方块，它比较小，2外弦子你看这是不是也特别明显，好像都是集中在外外显子上是吧，外显子内这些基因。嗯，范子那也有。

也有，但是你看不出来，就是你要想看的话，就是把这个放大。看到没有，看到了吗了。也有就是相对来讲是这个外的部分更多，内能少一点，所以们现在这个是。还有修link link是在一，但是这个我能不是特特别专，它一般对它一般是集中在那个3撇utr，像这个也有在外显子的，像您刚才找的这个，呃，这个基因，还有我记得刚才另外一个基因也是外弦子里边。对，这个是专门搞这个有有这种情况，我看那个，我看那个综述上写的也有这种情况，挺符合它的规律的，嗯。

行，那应该没有其他问题了吧，嗯，没有了，又又打扰您半天，是我刚才就是那个左边分组，这个我就没弄清楚，您这么一讲清楚很多了，嗯，可以可以，那那就这样好吧，如果有什么行，那图你就自己出来吧。行，好的好的，因为可能其实需要你自己想怎么展示，就调一下行。行行，那先这样啊，好的好的行，谢谢您老师，嗯，没事没事，再见再见。