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好,时间到了啊,我们来上我们的第12课,关于空间转录组的一个分子逆体的一个问题。嗯,前面的课呢提到过,如果我们分析一种细胞类型的一个空间分布特点,哎,它叫做空间细胞网络。分析两种细胞类型的空间的一个特点,哎,它叫细胞类型,供定位分析。当我们分析多种细胞类型,它的一个分布特点的时候,啊,哎,这个叫做逆次分析。其中逆齿分析啊,有很多种,包括我们今天讲到的一个分子逆和细胞逆齿。嗯,分子地质是什么呢?就是说一种细胞类型,或者说一个区域。哎,它的基因表达的一个特征是什么。而而细胞逆呢,细胞逆就是说一个区域或者固定的细胞类型,哎,它所它这个细胞组成的一个。哎,特征哎。两种历史,当然还有其他的一些。
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哎,生态位的一个内容,包括这个通路生态位,包括这个CV生态位,哎,等等等等啊,不过大家这个方法呢,应该是一通百通的啊,分析方法都一样,只不过它指标不一样。首先呢,我们来了解了解什么是生态位啊生态位。这里面给了一个生态位的一个定义啊,生态位是指什么呢?就是特定的细胞类型。它的微环境哎,或者特定的区域,它的细胞类型的一个组成。简单的来讲,对于生态位的,呃,认识啊,有两个方面。一个就是特定生哎特定细胞类型的一个细胞微环境。这种分析呢,在呃公司层面呢,一般叫做这个,哎,因为有的公司会把它叫做这个呃,细胞社区分析。啊,这种分析呢,因为首先我们要确定好一种细胞类型,是我们感兴趣的细胞类型。
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哎,比如说我感兴趣这个。呃,具有这个引导。肿瘤细胞,哎,迁移的细胞类型,比如说这个促进类的巨噬啊,包括这个肿瘤交界区域的一个某一种细胞类型啊,它的屏障作用啊等等,我在研究这种目标细胞类型的时候啊,我回来研究它的附近,哎,它一定的范围之内。能影响他周,能影响他行为的一个细胞类型的著称是什么?哎,这个就叫做,哎,特定细胞类型的细胞微环境啊,也也会叫它这个空间社区啊,空间社区啊,像我在的公司呢,就把这两个分析啊,分开了,就是特定细胞类型的细胞微环境。哎,把它划分到这个细胞社区的范畴去了。而特定区域的细胞类型组成呢?这个就是诶某一个区域,比如说都是H区,但是H区内有一致性对吧,H区内有一致性,那么不同的H区,它的细胞类型组成的差异是什么呢。
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哎,就是在这个组织层面来分析我们的一个细胞组成的一个变化。嗯,大家简单的把这两个划分啊,就是一类可以划分为细胞类型为主导。哎,以细胞类型为核心,它的周围是什么这个细胞类型啊,大家最好能分析到。亚类,哎,就是一种细胞类型的一个亚群。比如说免疫细胞分成了,呃。呃,各种各样的免疫具有这个效应,T细胞,呃,记忆T细胞等等等等,把它分成了亚类之后呢,分析每个亚类周围的微环性,就像共定位内即可讲到的一样。亚类之间的一个固定位,哎,也是有一个很诶很明显的区别的,如果把它合并成一种细胞类型。哎,很多差异就被掩盖掉了,像这个历史分析也是一样的,就是说我们在分析一种细胞类型,它的一个周围的微环境的时候。
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哎,周围的微环境的时候,最好能定义的稍微精细一点。而对于特定区域的细胞类型组成,哎,也更要求定义的稍微更加精细一点啊,精细,越精细越好,但是这个精细是不能牺牲准确度的啊。下面呢是举,呃,右边的这些话呢,是举了一个例子,比如说内皮啊,上皮啊,机制啊,免疫啊等等,这些不同的细胞类型存在着相互作用。哎,这些相互作用呢,存在于某个特定的区域啊,从而构建起了相互之间的一个生态位,它们形成了一个特殊的整体啊,特殊的整体。包括免疫细胞类型,哎,免疫细胞类型呢,组成了免疫生态位啊,就是这个种细胞类型,它集中在特定的区域,从而形成一个特定的区域结构,哎,我们叫它这个区域生态位啊。呃,我们这节课呢,主要是来讲这个区域生态位的一个内容啊,关于细胞类型,微环境这种生态位,我们放到后续的一个细胞社区里面,哎,这节课上我们再讲啊。
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大家理解了这个特定区域的细胞类型组成,就是特定区域的生态位的一个概念之后呢,就应该发现,首先呢,我们需要识别这个区域,对吧?识别某一个区域,嗯,最简单的来讲,比如说识别I区域,识别I旁,识别normal区域等等等等,就像这个下面这个示意图一样,哎,我们要首先要画一个区域出来。对吧,这个区域可以是我们,哎,通过这个形态学给它划分出来的,对吧,或者手工给它划分也可以是什么,通过聚类的方式把它聚类出来。就是说对空间数据进行聚类,就是我们第7课的内容,哎,聚类出来,聚类成一个区域,看看这个区域细胞类型组成,哎,都有哪些成分啊。比如说这样一个区域,哎,各种各样的细胞,哎,它都待在里面,相互之间形成了一个致密的,哎具有很强的相互作用的一个结构。
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这个结构呢,就叫做哎,组织区域的逆齿啊,组织区域的微环境啊,右边这张图呢,也是一样的道理,我们在识别这个组织区域的这个逆齿的时候啊,哎,首先我们要知道这个区域是什么。这个图呢,是典型的人为画区啊,人为画区。对这个区域进行划分,哎,划分之后呢,看这个区域主要是有哪些细胞类型在表达。哎,哪些细胞类型的表达。但是这个区域划分的时候啊,有时候我会比较的。哎,考验大家的一个形态区的一个背景知识,你像这个区域可能还好点儿,哎,就是这个这个区域啊,可能还好点,它和周围这个区域啊。哎,有一些明显的变化,可能画出来还好点儿,虽然可能大家不认识这个区是什么。哎,但是他确实能够通过这样一个简单的方式把它给划分出来。
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而这个导管区就比较麻烦了,哎,导管区需要我们大家认识这个导管区的特征是什么。哎,通过导管的方,哎知道导管的一个特征之后呢,哎进行一个划分,哎划分之后呢,就把这个区域的细胞类型给它提取出来,哎,看看细胞类型的组成特征。哎,有哪些主要的细胞类型,包括哪些细胞类型不存在?哎,这都是有效信息啊,就是说复集到了哪些细胞类型,哎,哪些细胞类型完全不存在。这是一个,哎,两者之间的信息都要拿到啊。这个呢,就是哎,我们常常常常提到的,哎这个地方简单的说一下,就是第一种生态位的一个分析方式啊,比如说我想知道哎生态位,哎确定目标细胞类型之后,就是第一种生态位的方式。我们首先要确定细胞类型对吧?确定好细胞类型之后呢,可以把整体的样本分为两类。一类是含有这种细胞类型对吧,一类是含有这种细胞类型的一个sport或者叫位点,一类是不含有这种细胞类型的sport或者位点,对吧?呃,对于高精度平台来讲啊,对于高精度平台来讲。
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我们在分析这个目标细胞类型的时候,因为它已经是这个单细胞级了,所以说确定好之候,直接就可以分析它,哎周围10个细胞类型,或者20个细胞类型,主要是由什么细胞类型来组成。同时呢,比较哎非就是说其他细胞类型,它周围的10个20个细胞类型组成的一个差异。像这种呢,我们如果以这个视称微ISM为例的话,比如说诶,某些磁胞的含有这个B细胞类型,哎,B细胞类型啊,它的含量比如说大于0.1,哎,我认为是含有这种呃细胞类型的有效support。而其他的小于0.1,甚至没有这种细胞分布的呢,是这个其他的s support, 这样的话,我们就会把这个细胞类型分成两类。
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哎,一类是有效support,就是我们的目标sport。另一类呢,就是背景support,哎,通过这种。哎,通过这种这个目标sport和背景sport他们之间的一个比较。哎,来判断它们之间细胞类型组成的差异,哎,有哪些差异,是哪些细胞类型富集在这个B细胞周围,哎,哪些细胞类型远离了B细胞等等等等啊,当然这个地方啊,也要强调一点,就是说生态位的分析啊,哎,但强调过很多次了,其实也是一种高级的差异分析。只不过这个差异分析啊,是来看这个细胞类型周围细诶,某种细胞类型周围细胞类型的一个组成。哎,它的环境变了,哎比如说正常区域,它的细胞类型周围,哎手拉手的有哪几种,哎疾病状态可能丢了一个,哎也可能多了一个,对吧,导致他微环境变掉了。形成了这样一个。哎,目标是目标细胞类型生态位的一个变化。
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右边这张图呢,就是一张示意图啊,示意图哎,通过我们做单细胞做空间啊,拿到这个数据之后呢,像这个文章呢,它主要就是研究HSCMPP。这种目标细胞类型,它周围细胞类型的一个变化啊,它的一个变化,这是一张卡通图,为了研究它周围细胞类型的一个组成的变化呢,大家可以看这个卡通图。哎,正常来讲,诶是4种细胞类型围绕着它,对吧,哎,到了疾病状态之后丢了。丢了两个,唉呀,导致产生了疾病的一个状况啊,丢了啊,他这种是丢了,也有一些情况是多了,哎,就是说它本来是三个系。目标细胞类型和另外3个的细胞类型,手拉手是吧?嗯,但是突然疾病状态多了一个。啊,就像肿瘤细胞一样,肿瘤啊,如果是上皮细胞的话,哎,它会就是说正常的上皮细胞会多一个肿瘤细胞的一个微环境,哎,多了一种细胞类型,影响了自身,哎,导致它这个整体的表达呀,包括生物学特征啊,都有一个比较明显的变化啊。
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这张图呢,主要是就是这个以某种细胞类型为特征的一个细胞生态位啊,这个当然我们这一节课先了解了解啊,嗯,等到后面空间社区的时候,我们会详细的介绍它,嗯,第二种细胞类型啊,就是我们的区域细胞类型了,这种区域细胞类型啊,主要和在这个无论是从这个。肿瘤发育,呃,肿瘤的一个研究中,还是发育的一个研究中,都取得一个非常重要的一个。内容啊,首先呢,我们要研究这个细胞类型,在不同的一个区域内。哎,不同的区域内,它组成的一个变化。比如说随着发育的过程,哎,新的结构的形成,包括一些老结构的一个消失,还有一些能够维持正常结构,但是也存在变化的一些结构中细胞类型的变化是怎样的?以空间研究发育的文章啊,其实不是很多,大多数还是以肿瘤啊为主,当然也有用空间研究小组发育的,他们在研究的过程中啊,就会分析各个细胞类型,随着时间变化,它的一个区域生态位的一个差别。
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哎,比如说小组海马区,小组什么区在形成的过程中呢,是什么样的细胞类型的鲜活,哎相互手拉手又相互分开等等等等,这样一个复杂的一个空间排布过程,形成了这样一个明显的一个差别。诶,这里面呢,我只列了两种细胞类型,它在空间上排布的一个内容啊,排布的一个内容大家可以简单看一下,诶首先呢,是这个红色细胞类型占少数,对吧?在这个区域内,红色细胞类型占少数,而蓝色呢占多数,哎,这是最开始的一个状态,而随着发育的过程中呢,发育到8周的时候,哎,红色明显变多。哎,蓝色明显变少对吧,这样的一个变化呢,会告诉大家,诶,红色的重要,红色细胞的重要性在上升。
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而蓝色细胞性在发挥了它原本时间点最开始的一个生物学功能之后,啊,哎,它的重要性在下降。等到进一步发育成熟之后,哎,进一步发育成熟之后。哎,红色的这种,红色的这个cos啊,哎就慢慢占据了主导,哎形成了一个很明显的一个生态位的优势。哎,它的生态优势,它占据主导。这是一个发育的研究,哎,发育的研究主要研究细胞类型,哎,它的生态胃蕾细胞含量的变化的一个趋势啊。呃,包括它,哎,Neighbor neighbor其实也是离域,哎离域的话,其实也是在生态为研究之内的啊对它一个呃,区域内诶微环境研究的一个变化。这篇文章呢,大家回头可以,回头可以看看啊,回头可以看看,它是一个华大平台研究的一个文章啊,华大平台研究的文章啊,对生态文的研究,其实是更为怎么说呢,更为看重的。
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呃,因为华大平台大家都知道是高精度平台,它对于这个嗯,哎,细胞类型的识别啊,优势场会高一点点。如果说大家看过这篇文章的话,就会发现它在对细胞类型识别的时候啊,因为它精度比较高。啊,在合并那个support的时候啊,会合并成。呃,接近于单细胞肌,但是又稍微高一点单细胞肌这样一个层次。哎,这样一个层次,然后再通过结卷积的方式,比如说RCTD,哎这种结卷机的方式呢,来分析它目标细胞类型,哎,目标细胞类型。哎,周围细胞类型的一个组成,它的注释策略呢,其实说大家可以回头看看,非常具有这个艺术性啊,就是注释成2层啊,注释成2层它最可能的细胞类型是什么诶。
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第二,可能的细胞类型是什么?等等等等啊,然后呢,这个是它主要研究的一个细胞生态位的一个内容啊,细胞生态位的一个内容。啊,也就是说他在研究这个细胞生态位的时候,会发现某些细胞类型的生态位啊。正常来讲含有比如N34种细胞类型,哎,但是疾病状态呢,它的这种细胞类型可能会丢失。哎,正是因为这种丢失呢,导致了这个哎疾病的发生,或者叫哎,细胞稳态的一个紊乱。等等等等啊,这是一个简单的一个类比啊,简单的一个类比。这里面呢,简单的做了一个总结啊,与其他远处的sport,远处的sport是指两层之外的啊,就是200μm范围之外的sport。诶,点尖和点内得分更高的巨噬细胞,哎,是被认为是空间上接近目标细胞类型的新生态位成分。哎,这个大家要注意啊,新生态位成分叫什么呢?就是说它的生态位发生了变化,哎,发生了变化,有一些本该不存在的细胞类型来到了他的身边。
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对吧。哎,这张图呢,可能,哎这张图呢,大家可以明显看出来啊,看出来细胞类型,它周围细胞类型在发生变化啊,在发生变化。哎,这是张卡通示意图啊,卡通示意图,哎,也就是说在这文章的研究过程中啊。有一些新的细胞类型来到了一个目标细胞类型的身边。哎,导致了生态,哎,生态位发生了变化,哎,有了一些新的新新的这个生态位成分。哎,为了定量之后呢,会对这个某种细胞类型的负极的一个情况,哎,进行一个。诶,差异分析,差异分析,差异负极分析啊,然后呢,得出了哎,巨噬细胞在我们目标细胞的一个负极的倍数。哎,在其在这个相对于背景来讲,哎,我们目标细胞类型周围这种细胞类型负一级的倍数,哎有多高,原本是没有的,现在负极到了,哎说明它是一种新的生态位,哎细胞成分。
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哎,等等等等啊,这篇文章值得大家读一读啊,他发的时间比较早了,应该是2022年发的啊。嗯,接下来呢,又是另外一篇啊,另外一篇文章,哎,空间解析这个空间费的一个。情况大家可以看到,基本上我们的生物学结构啊,都是一些复杂的结构啊,非常复杂,呃,相互之间形成大量的一个哎,可以称之为网络的一个细胞排布以及通讯排布。等等等等,当我们拿到这个细胞类型排布的时候,啊,哎,就会形成这样一个,哎呀非常复杂,以及这个呃,牵一发而动全身的这样一个网络啊,这样一个网络。呃,形成这样一个网络之后呢,但是细胞的排布又不是说是随机排布的。哎,他们相互之间都有一定的一个。他也都有一定的这个相互协助。
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嗯,细胞类型呢,有的时候会存在1+1>2的一个效果,所以说某些细胞类型呢,会在空间上受到各种哎影响,各种因素的影响下,他们会走到一起,哎走到一个相同的位置,从而发挥它独有的一个功能。像右边这张图呢,就是简单的一个例子,就是在不同的区域,哎,Factor大家可以简单的认为它是一个。呃,具体的区域,而具体的区域内会富含,会富集到哎,不一样的细胞类型,这些细胞类型在一起并不是随机存在的,而是为了行使某些独特的一个生物学功能,才会导致它形成了这样一个固定的区域。而这个固定的区域呢?可以大家可以理解,为什么呢,类似于我们的一个哎。呃,天体的运动一样,哎,比如说每个细每个细胞呢,就是一个天体啊,每个细胞就是一个天体。哎,天体之间呢,哎,相互形成又形成了我们的太阳系,太阳系可以说是我们的一个小的区域,对吧,小的区域,呃,太阳系呢,周围还有比邻星,哎还有其他的太阳系,就是其他的区域。
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但是其他的区域呢,又在整个银河系里面包围着,哎,形成了一个更大的结构,就是我们整个的组织结构。等等等等啊,一级一级把它给嵌套出来了,就是从最小的分析单位细胞,然后呢,多种细胞类型组成我们固定的区域,哎,组成太阳系对吧,组成固定的一个区域,行使独特的一个功能,或者说内部有一个相对稳定的微生态。啊,然后呢,太阳系,嗯,各个太阳系又组成了银河系,也就是说我们不同的一个空间区域,哎,又组成了我们的一个。成熟的一个组织。哎。区域与区域之间也存在着某种微妙的联系。哎,它们之间距离呢,会保持一定的距离,同时又有又有一定的联系。保证哎,相互之间又能够进行正常的一个交流,而不发生这个。
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紊乱。哎,而不发生紊乱。哎,右边这张图呢,其实就是刚才强调的区域生态位啊。细胞类型,哎,区域之间的细胞类型,哎,它到底每个区域富集到了什么样的细胞类型?哎,包括下游的分析中,这几个区域的细胞类型在形成怎样的一个功能?哎,是我们所要关注的一个重点,包括哎之前讲通讯的时候,哎之前讲通讯的时候,呃,CF分DB,它在做这个通讯的时候呢,哎要人为的要提供一个文件,哎生态微文件就是每个区域它到底含有怎样的一个细胞类型。哎,这个区域富集到了什么细胞类型?CFNDB的优势就在于研究细胞内部,哎,就是区域内部,哎,区域内部负极得到的细胞类型,它的一个相互交流是怎样的,这个交流可以把它当成一个整体。哎,可以把它当成一个小的整体。
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哎,以此来分析,哎,这个整体与整体之间的一个关系啊。哎,然后就是一些常见的方法了,哎,常见的方法了,包括这个bank啊bank。Banks这个方法呀,是今年,哎去年其实已经发表了,但是今年哎又有了,呃今年是呃去年发表在这个bell啊,Bell caps啊,今年直直接就呃正式发表在期刊上。它的一个分析方法啊,第一个就是要分析领域。哎,每个细胞的领域都发现,都发现出来,甚至每个区域的一个细胞类型组成,哎都要把它识别出来,识别出来之后呢,就开始哎分析neighbor,哎就是说区域之间,哎,细胞领域之间,它的一个具体的表达特征。以及分析上的变化,哎,它是一种考虑淋浴的一个聚类方式。就是说剧烈之后啊,它不仅考虑细胞本身。哎,它要考虑它的淋浴,每个细胞的淋域都要考虑,哎,形成了这样一种好的聚类方式啊,聚类之后呢,就会有一个。
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哎,因为考虑了两者嘛。所以说它不仅考虑了细胞自身的一个表达特征,也考虑了它微环境的一个影响。哎哎,一直强调过啊,之前也一直说,就是说我们的分析如果是多信息来源,哎,如果是多信息来源的话,它的一个准确性啊,就会更高一点啊,更高一点。像banky呢,哎,他就考虑的就会多一点,不过现在这种距离方式啊,目前并没有得到广泛的认可啊,没有没有得到广泛的认可,因为banky他在分析的时候,他更强调的是一种高精度平台的一个分析。就是说具高精度平台,要拿到单细胞级的一个平台,哎,它分析它的领域才有意义。而对于我们这种低精度平台,比如说像VM来讲,这个方法其实是存在缺陷的啊。存在缺陷。这是banky啊,大家回头可以研究一下,如果大家做的是codeexx啊,或者就是。
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嗯,Co dex那个平台啊,包括这个Z平台可以借鉴一下,不过这种平台啊通量比较低。哎,通量比较低。哎,这个就是呢,一个逆齿的一个示意图了啊,逆史的一个示意图了啊,不过这里面依然强调的是这个,诶生态呃,细胞生态位的一个逆齿。呃,同样是研究细胞内部,呃,某种特定细胞,哎,同某种特定细胞,它的周围的一个腹极的变化,哎,细胞类型组成的一个变化。哎,这个地方呢,大家可以看到,哎,它的一个。哎,主要的分析呢,主要就是lue哎节卷机的方式,也就是说它适用于低精度平台,通过低精度平台一个节卷机呢,我们可以拿到哎,局部区域内细胞类型的一个组成。就是说port cell type completion对吧,拿到这个结后的时候呢,首先要定义这个直径。
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哎。Band whites, 诶,就是说直径多远距离是它的一个生态位,诶这个之前强调过啊,一般在通讯的领域是200啊,但是呢,有的时候会扩得更远一点,像那个高精度平台认为是周围最近的10个或者20个,哎,认为是它的一个范围啊,然后呢,对它的一个半径范围之内。哎的细胞类型进行一个。分布呢进行一个查看。呃,细胞类型的分布呢,进行一个判断。哎,判断之后呢,逆第一,哎就分析它逆齿的一个差异了,看看它细胞类型之间,在不同的条件下,它的一个细胞类型组成,哎发生了怎样一种变化。发生了怎样一种变化?这种变化呢,包括两种,嗯,一种就是细胞类型的变化,哎,这个就是细胞生态位,当然有的会研究历史这个分子的变化。
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就是说每种细胞类型,它的一个基因表达的一个微环境呢,啊,也会存在明明显的一个差异,这个差异啊。啊,尤其是这个差异的配售体队。哎,成为研究它的一个重点了啊,成为研究的一个重点,接着呢,就会对它进行一个哎强哎识别和判断,帮助我们更好的认识这个关于逆池的一个问题啊。历史的一个问题。啊,右边这张图呢,基本上也是一个,哎,示意图,不过右边这张图呢,就是一个。哎,细胞的一个逆齿的一个C图了,像中间这个呢是哎研究这个逆齿基因就是生态危基因的一个差异,而C图呢,就是研究这个细胞历史的一个差异,诶研究出来的细胞历史差异和基因的差异其实应该是相辅相成的啊,因为基因的差异也是由细胞带来的。我们在拿到这个基因的表达,哎,注释到细胞类型之后啊。
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分析得到的一个历史的一个差异,哎,主要就是。哎。在细胞逆齿的差异,主要还是要表现在它基因表达上有一些差异,哎,两者相辅相成啊,所以今天的课程呢,叫分子逆齿和细胞逆齿啊,也就是说两者之间是相辅相成,并不能完全分开的,当我们分析了细胞逆斥或者哎分子逆斥之后啊。哎,就会看到我们想要的一个。呃,无论是区域粒齿,还是这个细胞粒那类型的粒齿,它的一个。哎,分布它的一个表达的差异,包括细胞主呃成分的一个差异。哎,这个题就更明显了啊,这个就更明显了啊。像A这个就是当然这种高精度平台啊,当然在研究逆势的时候是有优势的,但是低精度平台也可以研究啊,它的研究啊,他的研究手段也是比较多的啊,也是比较多的。嗯,像我们拿到一个正常的样本,哎,无论是做FIP或者怎样的一个哎方式吧。
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哎,整压的一个方式吧,我们在拿到这个样本之后呢,都会拿到它本身的一个数据。低精度平台的一个优点就是通量高,但是精度比较低,高精度平台呢,就是说像zium啊,H啊,HZ啊,还有这个原位啊,KDX啊等等,它虽然精度比较高,但是。哎,同样题。这个时候呢,很多人啊,会把这两者相结合,哎结合之后呢,通过研究生态位的一个补充,像这种低精度平台,它主要研究什么来研究细胞的生态位,对吧?它因为精度高,但是通量低,哎研究细胞生态位会有优势,那高精度平台呢,高精度平台如果通过结转仪的方式是既可以研究。呃,细胞生态位也可以研究分子生态位,它会在这个低精度平台的基础上,哎,添加分子生态位的一个特征。只不过呀,它因为精度比较低,在划分区域的时候并不像高精度那么准,比如说高精度研究周围附近最近的10个细胞类型的一个生态位。
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而这个呃,低精度平台呢,低精度平台更多的研究是区域生态位。哎,明白吗?因为它已经即使是最小的点一个sport。哎,它也是多个细胞类型组成,这个时候呢,研究区域生态位会更多一点啊。然后呢,这边呢,是一些常见的分析方法啊,其中呢,呃,空间整合这个大家都讲啊,这个之前讲过了啊,它是一个基本功,大家一定要哎把它掌握好,第二个呢,就是依据单细胞平台进行空间的一个注释。诶,这个在低精度平台上是要用到的,高精度平台一般不用它,哎,高精度平台已经基本上就是拿到了诶。然后呢,通过结卷机,还无论是结卷机还是形态识别吧,或者依据高精度平台来进行这个cell needs identification, 哎,就是识别这个。细胞的逆齿,哎,逆齿,但是大家强调一点,大家要分清楚,逆齿有两种,一种是目标细胞类型的细胞逆齿,一种是基于区域,哎,特定区域的一个。
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嗯,区域历齿,也就是叫区域性的一个生态位。啊,接下来有一些公定位分析,这个公定位前面已经讲过了啊。右边这张图呢,就是高精度平台的一个展示图,大家可以简单看一下,呃,一方面呢,大家可以看看它的一个分布趋势。哎,它它的一个分布趋势,我们真正的细胞类型大概排布就是这么排的。哎,有空的地方啊,也有致密的地方,细胞大小都不一样。哎,相互之间挤压呢,会有一定的这个膨胀的,哎膨胀的一个效果,哎形状都不规则,哎右边也是一样的,哎当我们拿到,呃,这是我们真实的一个细胞排布。真实的细胞排布呢,如果只有借助这个原位的一个数据,哎,通过染这个核和这个细胞细胞质的一个染色啊,可以把它识别出来,从而拿到这样一种效果,达到这种效果之后呢,我们就可以对它这个区域进行研究,哎,无论是细胞历史还是区域历史都可以进行一个研究啊。
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但是如果我们是低精度平台,低精度平台可能这就是个圆。是吧?也可能,呃,这就是个圆,包含了两三种细胞类型,组成了这么一个微小的区域。哎,当然,哎,其他地方呢,也是一个圆。对吧,细胞类型组成就会有变化,有不同,这个时候呢,就会从更大范围内,比如说区域识别的范围上,或者叫这个。呃,聚类的水平上,哎,识别各个区域之间细胞的一个组成啊。下面这张图呢,大家了解了解,哎,我们后续再讲这个。嗯,细胞分割导论的时候会给大家讲到啊,将来如果大家当然现在可能。哎,当然现在可能对它的一个,大家对这个高精度的平台啊,接触的不多,但是这个是有一个非常是一个非常有潜力的方向。等到大家把这个将来啊,开始接触的时候,就会慢慢发现,哎,这种的一个分析平台的一个优势啊,不过现在它还比较贵啊。
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大家可以看到对于研究细胞逆齿的一个哎,更加强有力的一个方法。哎呀,我们最好是能识别到这种更加精细的,哎,细微的结构。哎,每种方法当然已经有这么多了啊,方法已经走在这个平台之前了啊,只不过还比较贵,没有平民化啊。嗯,接下来呢,就是啊,一些高精度平台给介绍了,比如说kex平台,这个就是那个之前有位学员说到的,他用的这个平台技术啊,也是一样的啊,因为是高精度,哎,所以是它是一种低通量的平台。拿到的呢,是高精度低通量的一个细胞类型分布的一个特点。哎,细胞类型分布的一个特点。哎,下面这张图呢,就是它对它一个生态位的一个明显的一个。哎,明显的一个明显的一个分析了啊,比如说。
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哎,各个区域之间,大家可以明显的感觉出来,各个区域之间,它细胞类型组成,哎,具有很强的一个层次感。对吧,具有很强的一个层次感。哎,想要neighbors,哎,具有很强的一个层次感啊,不同样本之间,它的细胞类型组成具有很强的一个层次感。然后这种层次感呢,主要是由这个区域细胞呃逆带来的。带来的啊,然后呢,我们在分析不同样本之间细胞逆齿的一个时候啊,会发现它的细胞排布会有变化,对吧。啊,有的多了,有的少了,有的就接近了,有的远离了,等等等等,这些因为外界刺激导致细胞排布的变化,同时也会反映到细胞的一个表达上的一个变化。哎,这种变化呢,就是我们诶空间分析的一个非常重要的一个地方啊,它在共定位的基础之上,研究了多种细胞类型的一个空间排骨。好。好了,这个还有一些,哎,大家经常见到的,哎,分子生态位,细胞生态位等等等等啊,像这种分子生态位啊。
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就是转录本的一个生态位,还有这个细胞生态位,哎,就是细胞类型它本身的一个生态位啊,这种图呢,在大家在文章中应该经常会见到,因为它是一个互补的过程,有时候细胞生态位啊。他会遗漏一些信息,呃,需要分子生态位进行一个补充。而有的时候分子生态位看到的内容啊,也不一定是比较,也不一定是全面的。需要这个细胞生态位作为一个补充。所以在研究的过程中啊,更多的是要把两者相结合,包括我们高精度平台和低精度平台都有这样的一个特点。就是生态位的一个分析啊,对于它的一个。分子生态维和细胞生态维都有一个并行的一个研究。啊,病性的研究。哎,这里面主要是来强调这个。哎呀。分子生态位也就是转入本地尺啊,细胞生态位置是细胞逆史啊,两者之间哎,相互存在一个相互验证,相互辅助的一个情况,并且能看到一些。
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哎,单一分析看不到的一些内容啊。这张图呢,就是一个高精度平台研究的一个特点啊,首先呢,对它进行一个转录,本离子其实就是聚类。哎,聚类之后呢,有分子逆齿啊,第二个呢,细胞聚类,哎就是分子领域,对它分子领域的细胞类型进行聚类,具有相同领域的,哎,聚成一类不同领域的彼此分开,然后呢,在划分细胞历史的时候就可以知道,哎,不同细胞类型它在不同样本中。无论是,哎,这个地方主要是强调的细胞逆磁的一个变化,大家可以看到诶很明显具有变化,比如说这个以这个细胞类型为核心。哎,它的细胞类型组成存在着明显的变化。哎,有的细胞类型变多了,有的细胞类型变少了等等等等,有的消失了,有的增加了等等,它在比较的过程中啊,就会发现在不同条件下细胞类型的一个差异,如果说上面是正常,哎,下面是疾病的话,大家可以看到明显从整体上看疾病的状态,它细胞类型的组成更为的混乱,对吧。
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变多了,更为的混乱,哎,像这种本该没有的,反而零零星星都出现了,对不对?哎,当然了,这是一个粗放性的结果,真正大家要研究的时候啊,还是要对它进行一个更加精细化的研究。这篇文章呢,就是一个简单的了啊,比较那个也是针对高精度平台的一个内容啊,也是要一研究淋域,哎,根据淋域的一个分析呢,判断这个细胞生态位,它的一个例,一例2例3,这个例主要是区域例齿啊,主要是区域的一个例,根据这个区域的逆呢来识别细胞类型组成的一个。哎,到底是由哪些细胞类型组成的?呃,这些细胞内容组成呢,进一步研究它基因表达的一个变化。哎,进一步研究基因表达的变化,从而既得到了细胞逆磁的一个成分,也得到了基因逆磁的一个。基因历史的一个变化啊,两者之间哎,都要研究啊,现在是文章研究的一个共识啊,也就是说细胞历史和分子历史都要研究啊,都要研究。
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然后呢,这里面,哎,他这个示意图主要来强调什么,主要是强调这个distance的一个问题。Distance.呃,关于distance呢,这个之前强调过是200,但是有的时候啊,会画的更远一点啊,画的更远一点,以此来呃,掺入了一点这个基因,就是空间足迹的一个分析啊,就是远一点看看哎,多一层细胞含量有什么变化,再多一层含量又有什么变化等等这样一种特点啊。不过对于我们历史研究来讲,大家如果想嗯,没有那么呃强有力的背景的情况下,我建议大家还是设到200,包括上节课讲到的一个信号流的问题,哎,受到200范围之内研究它的一个细胞逆斥,如果对于区域逆斥的话,通过聚类的方式分析这个聚类的一个逆斥啊。啊,右边是一张示意图啊,示意图啊,其中这个关于CD平台是高精度平台了,哎,它那个历史的一个这种,哎,等高线图。
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哎,判断它这个逆势的一个变化。接下来呢,我们就是今天所要讲到的一个重点的例子,哎,关于区域逆池的一个重点的分析方法。首先呢,大家可以看到,哎,我们通过节卷仪的方式啊,把这个。低精度平台,比如说实成微字母平台集卷机之后呢,我们会拿到这个每个SPA的内部还有什么样的细胞类型。对吧,这个时候呢,就会拿到一个矩阵叫分子8,呃分子呃不是叫细胞八库的矩阵。就是八口的代表了一个点。哎,呃,每个点内含有什么样的细胞类型呢?哎,是它的横坐标,这样就会得到一个细胞八扣的矩阵。这个矩阵呢?这个句子来干嘛的?哎,来表征细胞的一个细胞类型组成,尤其是区域组成的。
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呃,通过这种细胞八口的矩阵进行一个聚类啊,大家可以看到,哎,这篇文章呢,把它聚成了这么多类,哎,每一类都是逆斥,这明显就是区域逆齿的一个特征。对吧,区域逆齿的一个特征,通过这个区域逆齿的特征呢,回到空间上。哎,每个特8个的都有空间坐标嘛,我们把这个分,呃细胞历史放回到空间上,大家可以看到一些,哎,什么样的变化呢?比如说这个。Control和IZ的两个样本对吧?Control和IZ这两个样本大家可以看到的分布特点是什么?哎,黄蓝,反正这种比较杂乱一点,对吧,但是。然后IZ呢,IZ是一个病毒的样本,大家可以看到明显有什么变化,首先是什么。哎,逆势变多了。对不对,逆势变多了,就是剧烈之后新的逆势产生了,这个逆势是由细胞类型排布导致的,而不是产生了新的群。对不对,如果说是单细胞的话,呃,积累之后呢,有新的群,那说明是产生了新的细胞类型,那对于空间组来讲,如果我们用这种细胞,呃,细胞8扣的矩阵。
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剧烈的一个之后呢,首先如果说是逆势变多了,那是细胞类型排布多样化了。哎,这个能明白吧,就是多样化了,第二个是什么。多样化之后呢,会有一些新的逆势的产生,并且新的逆齿的的它的一个空间聚类啊,会呈现一个明显的特点,比如说。哎,这个橙色的这个例子,在这个CTRL组织没有的说明没有这种空间排布,没有这种细细胞的空间排布的一个特点,而对于这个产生了疾病组,就有了这种新的一个空间排布多点特点,也就是说它是一个新的意识。哎,它不仅是新的历史,而且相比于正常的这种散在分布,它更集中一点。哎,集中在一起,这个时候呢,很多,哎,我们进一步就要研究什么产生的新的逆势。或者说新的一个聚类,它的细胞类型组成,哎,发生了怎样的一个变化,这就是我们今天要讲到的区域逆齿的一个分析内容,也就是说我们拿到每个逆齿之后啊。
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就是每个生态位之后啊,首先要看它的一个空间分布特点,是变乱了,变多了,有新的,还是说有些呃去呃损失掉了,对不对。然后呢,我们对每个新的历史,就要看它的细胞类型组成,比如说这个橙色,哎是逆是五五是主要哪些细胞类型复集到的,哎是这个水系成纤维。呃,鳞屑肥大,还有周期细胞等等,对吧,这样一个新的细胞类型组成的一个历史。哎,存在了这样一个IZ的样本中,对吧,而我们正常样本是没有这个例词的,或者说很少的,对吧,而且呢。大家可以看到它的一个剧烈的一个它的一个空间排布啊。更加的致密对吧,更加的致密不像正常正常,哎,稍微散乱一点对吧。
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如果大家呃研究的更为精细的话,可以把这个细胞逆斥的一个空间的一个哎定位信息,哎,再是稍微延伸延伸啊,这个空间定位呢,已经讲到过了啊,关于这个逆势呢,这是今天要讲的内容啊,然后呢,大家可以看一看这个其他的逆势,比如说这个逆4。哎,逆14在4里面,在这个CRL组里面几乎也是没有的,说明这种排布在正常样板是没有的,哎,只有在这个疾病组才有,疾病组才有呢,逆14是什么?啊,也是肥大。呃,也是这个,呃,也是这个,呃,髓系成纤维,哎大家可以看到这两种逆齿啊,它的一个排布,哎,细胞类型主要腹极得到的细胞类型是差不多的,只是在细胞含量上有纤微的差异,其中呢,哎,多了一个就叫a Di IO po这种的,哎零星粒次我多零星的多了一这样一种细胞类型啊。但也不是显著的啊,显著的提高,大家不要看这种细胞含量少啊,含量多少的问题,只要他有。
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哎,这是一种质变的过程,就是说有了和没有,这是两个概念啊,两个概念。啊,像正常的绿色呀,绿色是什么细胞啊,你是呢,绿色是绿色3对吧,然后是主要是平滑肌啊,这个细胞类型啊,神经啊,这样还有最后的一个CY口令啊,对吧,这种细胞类型组成的一个绿色,大家可以看一下,绿色本来是散在分布的吧,分布的比较散,像那种箭头指态的这种。哎,等到了这个。疾病组呢,这绿色。诶,看起来像是被挤压了一样,挤压的导致它堆积在了这个。呃,疾病存疾病逆次的一个周围。对吧,像是挤压了一样,哎。呃,存在疾病历史的一个外围啊,这样一种分析呢,大家如果空间的历史能分析到这个程度啊,哎,相当可以了啊,就相当可以了,这里面右边呢,是一个简单的一个,简单的一个,哎,总结。
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空间细胞类型的一个聚类分析,哎,就是刚才提到的细胞八口的聚类,哎,不同于分子聚类,它和分子聚类是不同的啊,因为它的一个横坐标是细胞类型啊。空间聚类的基础是细胞,哎,采用聚这样的聚类方式啊,是代表了不同样本共享的一个潜在细胞结构。啊,这个呢,给大家标红啊。哎,剧烈的结果就是标注的一个逆齿啊,逆齿哎及生态位组织中细胞的分布是金星的一个编排啊,就是说不是随机的,哎,大家受到周围环境的影响呢,都会在周围的环境影响下,哎集聚在一起,或者说彼此远离啊,细胞细胞之间的空间关系,呃,也体现了细胞类型之间互助的一个平繁程度啊。针对这些细胞生态位的一个。相互之间的依赖啊,针对这些生态为细胞类型分析,哎,分析些细胞类型之间的一个依赖程度啊。当然这里面还要强调一点,就是一些新的细胞生态位的形成和一些啊一些生态,细胞生态位的一个消失,包括细胞,细胞这个生态位的一个排布的一个变化,这个分析呢,也很重要啊,也非常重要啊,大家可以看到这个信息啊,空间信息就有这个复杂的点,就复杂在这儿了。
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一个我们拿到了一个数据信息,第二会拿到一个形态学信息,无论大家用哪种聚类,结果呢,都会返回到我们的空间样本中。对吧,看看它一个排布的一个变化,一旦是正常和疾病,它排布会产生明显的一个变化。然后呢,我们对各个逆呢,分析它细胞类型的一个组成,这几乎成了一个标配了,就是低精度平台一个标配了,当然对于高精度平台他也会研究这个。只不过这个不再是逆了,而是各个细胞类型,它周围的一个细胞类型组成的一个变化。啊呃,高精度平台我们后续也会在呃,后续的课程中,哎,慢慢的解读到它。其中这里面强调一点就是哎,空间的逆齿啊,新的逆齿啊,并不是新的细胞类型,哎不像单细胞是新的细胞类型,而空间的逆齿啊是新的细胞类型组合的一个状态,就是新的新的细胞类型排布,哎新的细胞类型排布的一个产生。
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哎,接下来第二个重点就是分子的生态位,哎,分子生态位就是跟大家一样玩的最多的那个,就是基因八科的矩阵,各种聚类,Harmony聚类和第7课讲的是一样的,呃,分子生态位呢,其实就是研究不同区域之间,哎,分子的一个不同,哎,分子的一个不同就是基因表达上的一个不同。呃,但是这种分子生态位如果结合细胞类型信息的话,哎,也会看到一些明显的,哎,呃,细胞生态位看不到的那种,比如说这篇文章提到的,哎,我这里面摘录了其中的一个重点,就是分子内SPA的。比较就是说西方历史的一个比较啊,表明了远段心肌与对照组之间发生了一个变化。哎,这里面更加强调了我们这种分析啊,其实是,哎,其实就是高级点的一个。
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稍微高级一点的差异分析,就是看这个就是看这个生态位的一个哎变化,尤其是细胞含量的变化,剧烈的变化等等。哎,有一些差异,这些差异在细胞痢疾就是细胞历史中,哎是无法检测到的啊,我们把它。呃,细胞型。历史啊。哎,就是说两者是一件互补的消息啊,总的来说,哎,主要是来说明细胞内种心肌细胞状态的一个功能差异啊。当然这种分子逆式,哎,分子逆式大家聚类之后啊,也是会回到空间上看的。大家可以看到明显的,呃,明显的这个分子逆史,无论是细胞逆史还是分子逆史,它的一个空间排布啊,都有一些明显的变化。它不像单细胞,单细胞如果说是这种变化的话,大家认为是批次,哎,但是空间不一样,空间认为它是不同的密尺,这是正常的,排布发生变化是正常的啊,包括这种,哎排布的变化,如果我们对分子进行聚类之后,剧烈了各个类对吧?剧烈了各个类首先呢,我们来看一下这些类的一个细胞类型组成的一个主要的一个差异包,比如说这个。
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哎,这个那这这个这个这个是normal啊,这个是normal,这个是纤维化的,这个是哎,另外一种状态,大家可以看一下,红色占据主导是吧,红色占主导。啊,绿色几乎没有,哎,而这个呈纤维化的呢,是红色也占主的,但是绿含相还变点绿色。红色的一个绿齿是绿齿1。我们来看看历史。1是什么?意识1啊,是这一类啊,主要是这种呃,CM细胞类型组成。哎,单一细胞类型著称特点啊,绿色呢,绿色是逆3。哎,3就是多了啊,各种肥,嗯,肥大啊,这个S高啊,什smooth斯啊,水系啊,免疫细胞和组织细胞相互混合的一个状态啊。
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哎,那么这种红色和绿色相互间,哎,相互之间排布,哎,它是病情更严重了还是。减轻了呢,对吧,这个就需要大家更多的一个研究了啊,像那种黄色的port是NE6。6是什么?哎,随系啊,CYC口令啊,明显是一个免疫的一个,哎,明显是一个免疫的一个逆啊,这种逆势呢,就会。哎,体现在这个样本中,这个样本之间分布的一个差异啊,主要是细胞排布的一个差异,哎,这里面再强调一下,就是细胞排布有差异,这种排布的差异呢,就会影响我们。机体的一个正常的一个功能,包括对外界的一个反应啊。好了,这个就是对历史的一个。主要的一个内容啊,主要的一个内容,哎,这里面简单的过一下,就是逆池呢,就是生态位啊,有两种,一种是特定细胞类型的,一种是特定区域的,像这种特定细胞类型的呀,在呃,在我的公司还有一些其他公司把它归类为细胞社区分析,而对于特定区域的细胞类型的组成呢,把它归类为哎逆史分析,把它更加精细化了一点。
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然后呢,简单的过一下就是逆齿呢,就是细胞类型,特定细胞类型的排布,哎,发生了变化,有的丢了,有的进来了,而区域细胞类型呢。哎,是细胞排布整体发生了一个明显的变化,比如说各个区域,红色区域,当然这是数据区域啊,基于聚类的结果划分的区域,当然也可以根据这个形态去划分划分区域,哎,划分区域之后呢,对不同的区域进行细胞类型组成的一个。嗯,负极的它的变化的一个分析,看看它的一个变化到底是什么啊。好了,这就是我们历次的一个过程啊,历次的一个过程。我们休息5分钟啊,休息5分钟,我们来看看我们的。代码部分啊,代码部分休息5分钟啊。
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这里面稍微给大家多说一点,就是分子历史,它会有一个批次的一个问题啊,就是大家用分子矩阵聚类的时候啊,会有一个批次的问题啊,把多样的聚类在一起,形成了不同的一个分子逆次,哎,分子逆次呢,形成了不同的一个细胞类型的一个组成,对吧。这个过程呢,就比较。
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哎,比较的那个,哎,难度比较高了啊,但是细胞逆池呢,因为它已经结卷机之后啊,细胞逆池就不需要大家过多的考虑这个。哎,过多的考虑这个批次的问题,因为它已经是细胞类型含量比例的一种变化了,大家都是百分之百啊。哎,你高就是你高,哎,你低就是你低了。哎,关于分子逆时和细胞逆史,这是空间转录组分析的一个非常强而且非常重要的内容啊,无论是低精度平台还是高精度平台都是一样的,大家一定要引起大家的重视啊,引起大家的重视。好了,我们来看看我们的代码啊。嗯,代码呢,分成了两个部分,一个是细胞逆史的部分,一个是分子历史的部分,我们首先来看细胞逆史的部分啊。
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哎,首先我们加载到想要的包啊。哦,就是结转机之后,大家结转机之后啊,低精度平台局转机不是细胞类型都是百分比零点几零点几加起来是1吗。对吧。嗯,去皮质嘛,就是说那个分子逆式大家要去,哎,一直对它进行去皮式啊,分子逆式就是分子聚类。哎,这个区别是和第7节课讲的内容是一样的。好啦,我们来。看我我们首先来看我们的分子历史啊分子,呃,细胞历史啊,现在看细胞历齿。啊,当然这个版本是R版本,但是现在大家啊,学到这个地步啊,应该都能感觉到,哎,R和Python版本相互互通,以及信息相互传输的一个功能啊。首先呢,第一步,哎,前面大家要做了单细胞空间联合,无论哪种联合方式都可以啊,都可以。像这种呢,无论是R还是Python,呃,都会拿到一个联合的一个矩阵,如果大家直接就拿到这个。
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啊,如果像R这种联合呢,直接就拿到这个矩阵就在这放着,哎,它就是一个。呃,矩阵信息每个8库的含有多少个细胞类?呃,含有多少种,含细胞含量有多高?如果是Python呢,就像3TWO location那种的,把它读进来就可以了。呃,就等于read的点CSV,大家把那个Python版本那个计算机矩阵读进来就可以了啊,读进来覆盖到这儿就可以了。哎,这里面给大家标一下啊。呃,读取。解选题的举证。啊,读进来就可以了。那么往下呢,就开始对它进行细胞聚类了啊,细胞聚类这里面呢,我演示方面呢,我就挑了几种啊,挑了几种啊,大家分析的时候呢。
57:05
大家分析的时候啊,把所有细胞类型都都放进来,而且尽量要把它放到还是那句话,在准确的一个,在准确的一个范围之内啊,准确度允许的范围之内,尽量定义的精细一点啊。细胞历史和分子历史的本质区别是什么?本质区别在于,哎。这个地方。一个是转入组分析得到的一个逆齿,哎,一个是根据细胞成分分析得到的一个逆齿啊,大家回去要研究研究啊。好了,我们继续看我们的代码。哎,然后呢干嘛,然后呢干嘛。哎,开始分析这个淋浴的一些问题了啊,淋浴的一些问题。哎,这里的LR可不是配受体啊。
58:00
这里的LR可不是配受体啊,是配受体,什么是细胞胚啊?明白吗?可不是配受体啊,这里为什么要乘以20呢?这里为什么要乘以20?有谁知道吗?嗯,因为这个地方啊,它是又存着那种百分比的一个聚类结果。所以说呢,它的值都非常小,0.10.2这种,哎,我们要适当把它扩大。适当把它扩大,哎,进行我们的下游比较差异化的一个,因为例齿它还是基于有差异,如果你细胞值过小,哎,这种差异就体现不出来,我们要适当放大一点,但是如果大家用self to location的话,哎,它那个每个定义的时候啊,我建呃课上已经建议过大家就是说最大的only例次sport,就是每个sport大概含有多少个细胞,那个值,那个参数啊。
59:05
哎,我建议大家设成20,呃,有的细胞类型多一点,设成30,这个是就不要再扩大了啊。接下来干嘛?哎,Community graph, 哎,识别这个识别这个逆分析了啊,当然这里面有了三种,哎,考虑领域的话,考虑10个20个30个啊。为什么考虑三种呢?哎,综合考虑前面哎已经讲到过了,有的时候呢,我们会放的更远一点,看看它最近的细胞含量的变化,哎,有的时候再会放远一点,放到外层等等等等,不过放到20已经是比较合理的一个范围了啊。哎,然后接下来就是聚类了。哎,细胞类型的一个聚类啊。哎,聚类包括这种u map图啊等等,就和当然大家可以发现没,哎,大家发现没和那个普通的单细胞聚类啊,其实很多都不一样啊,很多都不一样,必须依靠原函数,就是一些底层的函数来实现它的一个分析啊,说明它在分析的精度啊,是比普通的要高的啊。
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啊,不乘以100,你不能放的过大啊,你不能放的过大,乘以100,你想想一个port怎么还要细,怎么可能还有那么多细胞呢?适当放大,放大到和c to location差不多一个级别就可以了。啊,你别放的太大了,空放大那叫啊。然后呢,就是聚类了啊聚类。哎,局类的话都是U,哎,我们基本上现在都是基于u ma.接下来就是一些对它细胞逆齿的一个,诶,绘图的一个操作啊,绘图的一个操作就是要告诉我们每个细胞聚类的一个,哎,聚烈的一个逆齿中主要还有哪些细胞类型。
61:00
哎,虽然写的很多啊,写的很多,但是数据统计的部分比较多啊。啊,基本上都是在聚类之后,呃,细胞类型完成呃,集卷机之后呢,对它一个信息的一个数据统计。然后各种差异检验等等等等啊。这个地方会写出来两个文件。哎,一个文件就是ni summary ni summary是什么?每个区域主要含有的细胞类型,还有第二个文件就是经过质和检,呃,经过这个质和检验之后,差异化的一个细胞历史啊,差异性的一个细胞历史就是这个文件,大家可以看一下。差异性的细胞历史,它会告诉你每种细胞历史在诶每种细胞粒型是否显著负极于,诶是不是显著负极于每个历史啊,它的一个显著性有多高。
62:05
还有这个summary的summary就是一个总结啊,每种细胞历史,它的一个平均值分数啊,它的一个分数有多高。然后就是绘图了。哎,我们来看看我们的效果啊。哎,这个是画图操作啊,画图操作这个地方是比较简单的啊,就是对它进行数据统计之后,我们要展示出来。哎,如何展示呢?哎,这个地方。后面已经把这个合并了,我们就不需要画这儿了。直接画下面就可以了。这个问题大家知道是什么原因吗?
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哎,G g plot版本过高了啊,版本过高了。我们来。我们来降版本啊。三十一千设置原因有吗?十二十五二十五十会影响结果,不要设置的太大啊,设置的太大,因为设置的太大,它距离太大之后啊,超出它生态位影响的一个范畴了,会形成一定的紊乱啊,噪声信号比较大啊。给我们的代码和你们公司实战的代码有区别吗?参数啊,几乎没有啊。代码其实是大家都能找到,但是如何呃灵活运用它,其实还有很大的一个问题啊。
64:02
诶,哦。哎,这个要加上R2啊。哎,我现在用的是这个版本吗。我们先退下来看一下啊。哦,是这个。哎,我们要降版本,降版本降到3.4 3.5以下就可以了。哎,现在因为比较高,所以他会出这种问题。哎,我们降到3.4.2。啊,大家有时候啊,不要太迷信这个脚本的力量啊,当然公司也是依据很多的,看过文献大家也都知道我在这个。
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给大家讲这个PPT的时候啊,我引用很大的很多的一个文献。这些文献呢,有的不是我一个人整理的啊,有时的时候是公司一起整理的,整理之后呢,并不是说这个文献有多重要,而是把其中的关键的分析核心啊。给它拿出来。组成我们的一个核心的竞争力,公司的核心竞争力,明白吧。组成核心的,呃,公司核心的竞争力之后呢。那这就可以拿到。对于我们分析人员来讲,哎,对于我们这种分析人员来讲。如何提高公司的分析竞争力,是我们的一个工作范畴,是我们的一个职责啊。呃,当然了,呃,因为公司它也有一个盈利的一个考虑,所以说呢,合作项目一般都是大客户在做啊,小客户一般不怎么做啊。
66:06
所以大家很多时候要自己学到,自己学会啊,自己学会如何好好分析啊,千万不敢,哎,千万不敢,就是说和跑流程那种似的,其实用处不是很大啊。哎,我们降一下版本。把它降下来。哎,我们快快的过一下啊。哎,脚本给大家,大家自己要会用啊,要会用啊,不会用也不行啊。
67:14
不会用也不行啊,我这里面演示的时候是比较快的,因为代码比较长啊,如果一行一行讲,估计得两三个小时啊,大家回头要自己研究研究啊,这帮到底干了什么。对不对。这行到底干了什么,得到什么样的结果?哎,每一行结果你看我都不看,哎,大家要看一看什么样的结果啊。啊,因为我已经看过很多遍了,我就我就懒得看了。大家自己要看一看啊,包括这个order到底分析出来什么内容,哎是它对它的排序,哎依据什么进行排序的。大家回头看一看啊。哎,我们来画一画。
68:14
哎,我们来换一换啊。然后还有这个问题。这个大家拼图的时候啊,G g plot有这个问题啊,拼图拼不上。嗯,只能是单一单独看了基J的版本有诶。吉为plus的版本啊,有的时候会存在这种哎冲突的现象,哎,大家回头要把这个版本的冲突啊稍微整理一下啊,我这是临时环境。
69:00
哎,我们来看一下这个逆势啊。是这个吗?Car的CT。啊,是这个。嗯,大家要看到这种逆势的变化啊,排布的变化。哎,每种细胞类型它在哪个逆势上是哎,存在着怎样一个负极的状态啊等等等等,大家要拿到这个结果之后,需要需要会分析啊,这里面观看这个热图啊,其实大家知道了,比如说逆18它主要负及它和它对吧,但是逆18在空间样本时候是如何排布的呢?下面就是在画这个空间样本的时候,它存在了冲突啊。这个地方,哎。哎,Special的时候,哎,他有问题,我这个special有问题,我再试一下啊。
70:18
哎。大家看看到输出了3个是吧,3个说明是3个要我们联合的啊。哎,3个样板联合了,这好干嘛呢,换颜色的啊。嗯,还是不行,说明他在这个冲突上有问题啊,就是g g plus版本带来,嗯,大家要把这个版本稍微降一降,看来降到3.4也不行。哎,不过我们今天的分析目的已经达到了啊,已经达到了,主要是拿到这个图,包括这个PPT,展示的这个PPT。主要是拿到这个图。
71:00
这个图。以及哎,它的剧烈结果的空间分布图啊,要会看这个结果。这是细胞逆齿啊,这是细胞逆。这个空间图大家回去可以自己画啊,我就不画了,第7节课已经画过很多了啊。接下来呢,我们来看看分子粒磁啊,分子粒次比较耗时啊,因为大家都知道细胞矩,细胞8口的矩阵啊,没多大。对吧。很小。哎呀,反正都删了吧,我用不到啊,大家自己分析项目的时候要注意了啊,要注意了。分子矩阵啊,分子矩阵稍微就哎耗点时了,因为它是一个。基于什么?基于这个基因矩阵啊,基因就比较多了啊。产生的没看到,太快了。
72:02
哦,有星号,有星号错误,G g plot3.3loaded把大于3.35g cross啊这个地方就是因为G器plot在冲突啊冲突,所以在画这个special plot的时候,就是空间分布图的时候会有问题,大家要提前把它画好啊。3.4.2。哎,算了,我们就3.4。哎,接下来就是分制绘绘制分子历史了,有有星号啊,都要有星号的,就是它是否显著负极要有星号标尺的,刚才不是讲到它要做置换检呃质和检验吗?哎,都一样的啊,都一样的首先干嘛。分子聚类要配合细胞类型的一个身份特征。
73:01
哎,两者要结合起来,它不比刚才提到的那个细胞逆食,细胞逆食就是细胞聚类加细胞身份,分子逆食就是分子聚类加细胞身份,哎,两者不一样啊。当然我这里已经聚类好了,我就不多说啊,我就不多那个了,因为分子聚类大家一般标准结果都已经拿到了,就是说基于基因八扣的矩阵。多样本harmony这呃,多样本harmony这个去皮质之后呢,告诉每个细胞它属于哪个,哎,逆齿这里面强调一下啊,空间是讲逆齿的,不讲cluster啊。哎,接下来都是一些和刚才一样的一个统计学内容了啊,统计统计,你看细胞类型,每种细胞类型,它在分子历史上的一个。平均的一个负极程度对吧,然后这个这个就是检测是否显著的。哎,直播检验。这个检验的一个结果。
74:00
哎,这个时候开始,如果要显著就标记成星号,如果不显著就不标记了。当然这个值会适当的放宽一点,不像大家常见的这种0.05。大家可以标称成0.05,但这里面有的时候啊,为了细胞类型在负极的时候啊,大家可能很多时候也都,哎呀,大家如果经验变多了之后,就会明显的发现,哎,明显的发现细胞类型的分布啊,很多时候会存在模糊地带。这个值哪来的,这个值是借鉴这个高分文献而来啊,借鉴高分文献而来,它主要是为了体现这种细胞类型是否,哎明显的哎,相对于其他区域,哎,负极下这个区域了。被称为。这个。哎,体现出这种结果就可以了啊。哎,接下来就是绘图了啊。绘图呢,都简单啊,简单啊,就是机器plot的代码啊,会就行了,也不需要过多的一个操作。
75:02
啊,我们来看一看。哎,怎么卡住了。我们不装了。哎,分子历史啊。哎,也是一样的,只不过地方的这个地方是分子了,M Mol分子逆齿了,它显著负极得到的细胞类型是什么啊,和这个细胞逆史要对应起来看啊。两者是相辅相成的,你看细胞逆齿,当然这个逆齿的空间分布大家看一看啊。不是说这个分子逆11,对应它的就是分子内11啊,不一不一不一定啊,它不一样啊。对应起来看,回到空间上去看啊。呃,接下来我们再绘绘这个空间图,看看能不能把它绘出来。你看降了版本之后,它就可以正常绘制了啊,把它降下来了。
76:07
嗯,G g plus的版本不要现在,呃,3.5是最新版本,大家不要装最新版本,嗯,绘制出来了,这是空间的一个分布啊。空间的分布,当然这种还是细胞身份,我们更多的是要绘制什么,还有利齿,我们看看历齿。找不到啊,这个还没写。啊,我们就不用定义那么多了。这个地方我难道。你要找到好事。没有加载这个包啊。哎,家教了啊。啊,有了。为什么刚才没有没有体现呢?
77:01
哎,这个地方在画图的时候,我们要干嘛。分子能力是要给到他。分子的例子啊。啊,不过这个里面已经是分子历程了,不是那个,那这个我们就不说了啊。哎,大家可以看一下。哎,刚才我们要看一下刚才是命名的哪个地方。哎,我们在命名的时候呢,把这个。不是这个。把这个地方。哎,秘密说了这个例子,我们来把它那个复制一下啊。
78:04
我说。哎,我们参考一下这儿的大夫。哎,我们把这个空分子序列的结果也命名成分子逆齿啊。哎,这个时候命名的稍微。搞你。好,然后呢。等于。Top.这个时候画出来的空间图啊,就是这个分子历史的图了啊。再画一下。
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好看一下。哎,基本上是分成历史了啊,12345,它的分布的一个空间分布特点,然后结合我们的一个。哎,刚才细胞里不是这张啊。删掉了。黄源。哎,结合这个图,哎,两者之间要相互结合起来看啊,每个分子历史,它在样本中分布的一个差异是什么?包括它细胞类型排布有什么样的一个变化。哎,我们要好好看看,就像空间的这个结,就像这个PPT展示的一样。既要拿到每个逆齿,它细胞类型成分的一个,呃,主要的一个成分啊,以及不同逆齿之间细胞成分的一个变化,也要回到空间上,看它的一个分布到底有怎样的一个特点,还是新的还是旧的,是多了还是消失了等等啊。
80:13
多样本之间进行一个比较。0.15发文章有人认吗?0.15就是借鉴的文章的啊,就是借鉴的一个文章的啊。呃,文章是哪一篇,其实。哦,不好意思啊。不好意思啊,刚才关掉了。哎,文章借鉴的是哪一篇呢?其实之前都分享过啊看。这个没有写啊。哪一篇呢,给大家看一下。啊,就这一篇的。啊,就这一篇啊。啊,其实PPT大家都有啊,回头好好看看就能拿到啊,就能拿到啊。
81:04
哎,他都发到nature上去了,肯定是可以的啊。哎,好了,这就是我们今天的内容了啊,大家要学会如何分析逆齿,尤其是区域历史,今天的重点是区域的逆齿啊,细胞的历史也提到了不少,但是分析方法呢,会在后面的课程给大家讲解啊。哎,大家还有什么问题吗?还有什么问题我们可以,哎,沟通一下,没有问题我们就下课了啊。
我来说两句