一花一木在云端:手机扫一扫,疑惑都知晓

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植物大数据对生物多样性保护、环境变化监测等具有重要意义。在信息时代的大背景下,将植物等生物资源的标本数字化,是世界各国相关科学领域发展的基础性工作,植物种质资源作为战略资源的意义越来越被重视,就植物多样性保护方面,我们依然任重道远。

一花一木在云端

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大数据与移动互联网正在让人们与“植物王国”的距离变得更近。如今漫步在植物园或者大街小巷,只要打开“形色”“微软识花”或“花伴侣”等手机APP,对准植物的特征部位扫一扫,就可以在几秒钟内得到关于它的根茎叶花果、分布及生长习性在内的详细信息。

“基于收录300多万幅植物图片的中国植物图像库,‘花伴侣’目前可以支持5000到1万种常见高等植物识别。”“花伴侣”创始人李敏介绍,“随着高通量测序技术的发展和基因知识的普及,也许在不远的将来,举起手机扫一扫植物,还能了解它的基因信息。”

摸清“家底”更快更准

与“花伴侣”相似,不少植物识别APP的数据都来源于中国植物图像库,这是中国科学院植物研究所2008年在植物标本馆设立的专职植物图片管理机构。不仅是植物照片信息,由中国科学院植物研究所牵头、科技部支持的基础平台——国家标本资源共享平台,从2003年创建至今,目前数字化标本总量已达1200多万份,规模已居全球第二。

植物子平台是国家标本资源共享平台下设的6个子平台之一。该平台目前标本总馆藏量1440万份,模式标本5.8万份,分别占全国总量的67%和80%。发展至今,它集中了我国最优质的标本资源和分类学人力资源,成为我国资源量最大的植物标本信息共享平台。截至2016年底,共完成680万份植物标本标准化整理与数字化表达,创制或数字化了植物志书、野外生境照片、植物名词术语、电子检索表、专家人名录以及各类植物名录等30余个专题数据库,这些信息都通过“中国数字植物标本馆”网站提供在线查询和线下服务,实现了信息共享。

在信息时代的大背景下,将植物等生物资源的标本数字化,是世界各国相关科学领域发展的基础性工作。“数字化获得之后就是大数据。有了大数据,就可以为生物多样性保护提供更权威的数据支持。”中科院植物研究所工程师刘慧圆说。

标本数字化的主要内容是采集照片和提取标本信息。“2008年以后,我们统一了对植物标本照片质量的要求——1200万像素以上;对于模式标本则要求通过扫描,形成6000多万像素的高清专业资料。”刘慧圆说,“在标本信息提取上,按照标准录入采集、鉴定、性状等全部信息”。

信息化手段极大地提升了标本采集、使用的便利性和效率。刘慧圆介绍,“如今野外采集标本可直接在手机上使用专门软件实时录入,随行标配中也有了地图软件、GPS和专业相机;标本数字化极大地方便了查询和使用,研究者可以直接在植物子平台网站在线查阅标本。另外,由于实体标本查阅频次降低,馆藏标本的损耗减少,更有利于长期保存”。

植物标本的数字化不局限于腊叶标本,有条件的机构还在尝试将植物活体标本信息数字化。位于深圳的国家兰科中心去年起将兰科植物活体的动态生长过程拍照记录并保存下来,目前已在进行数据整理,未来可供使用者直接进行检索查阅。“活体和腊叶标本的数字化采集和使用,有助于我们更快捷、更直观、更清晰地摸清植物资源‘家底’,更有效地保护植物资源。”国家兰科中心主任刘仲健说。

了解并预测未来

开展专题科研、提供数据共享和专业服务,是目前植物大数据的主要应用形式。植物大数据成果已应用于多个领域,支撑着多项科研项目。

“植物对环境变化非常敏感。地球环境发生变化,最直观的反应之一可能在植物分布上。例如,气温上升2℃,哪些植物分布可能往北移了,哪些植物分布范围变小了?这是每个地球人应该掌握的信息。”不久前,在深圳举办的第19届国际植物学大会上,国际知名植物学家道格拉斯夫妇参会,道格拉斯·索尔蒂斯作了题为《大数据时代的生命之树重建和生物多样性分布研究》的主旨报告。“对植物大数据进行搜集、整合与分析,能准确了解、预测植物的现状与未来。”道格拉斯·索尔蒂斯说。

在道格拉斯·帕梅拉看来,植物大数据信息繁杂多样,整合工作有相当大的难度。“除了科学家,社会各界人士都可通过提供资料,参与建设植物大数据。”道格拉斯·帕梅拉说,“未来植物大数据也应当是充分开放的。不只植物学家,普通人也可以利用。比如用手机拍摄一株植物,就能够了解它是否濒危;植物大数据还应当成为政府出台公共政策的参考,比如居民区、工业区、保护区的规划设计等”。

开展专题科研、提供数据共享和专业服务,是目前植物大数据的主要应用形式。国家标本资源共享平台项目负责人马克平告诉记者,成立14年来,国家标本资源共享平台项目已经跨越以原始数据积累为主的“第一阶段”和标本数据快速增长与专题服务共存的“第二阶段”,进入以数据积累为基础,突出数据共享和有针对性的专业数据服务的“第三阶段”。

以植物子平台为例,植物大数据成果已经应用于三峡水淹区多样性调查、濒危物种评估、保护区的有效性评估、入侵种预测、国家重点野生植物分布、中医药植物分析等多个领域,支撑的科研项目包括国家自然科学基金、国家科技基础条件平台项目、国家环保公益性行业科研专项、美国自然科学基金项目等多项基金项目。

中科院植物研究所覃海宁说,2008年启动编制的《中国生物多样性红色名录——高等植物卷》就以中国数字植物标本馆为重要基础,专家通过标本获取植物的分布范围,或者直接通过标本信息进行受威胁状况的评估,历时数年最终确定相关名录。

拯救正在消失的植物

植物种质资源作为战略资源的意义越来越被重视。“在成功提取出青蒿素之前,谁也不会料到人们眼中的‘杂草’黄花蒿,竟然蕴藏了这么大的能量。”深圳市中国科学院仙湖植物园主任张国宏说,“保护植物种质多样性,拯救正在快速消失的植物,其实就是拯救我们自己”。

植物种质资源不仅为人类提供衣食和良好的生态环境,还可为高产、抗病、节水、环保等优质新品种选育提供丰富的遗传材料,为疾病防治前沿研究、新药物与疫苗开发提供丰富的基因资源,为认识和研究生物物种提供最基本的原始材料,已成为原始创新、获得知识产权的重要来源和人类认识自我、认识自然的重要战略资源。近、现代三次农业革命即洲际高产作物引种与推广、“石油农业”“绿色革命”就是作物质资源开发利用的结果。

近年来,中国制定了《进出口农作物种子(苗)管理暂行办法》《种子法》《农作物种质资源管理办法》《中华人民共和国野生植物保护条例》《中华人民共和国自然保护区条例》等多个涉及植物种质多样性保护的法律法规,同时发布了《中国生物多样性保护战略与行动计划(2011—2030年)》,提出了未来20年生物多样性保护的总体目标、战略任务和优先行动。“就植物多样性保护来说,在迁地保护方面,我国190多个植物园现有本土植物288科、2911属、约20000种,分别占我国本土高等植物科的91%、属的86%、物种数的60%。有些植物已野外绝灭,在植物园得以栽培保存,这是很大的成就。”第19届国际植物学大会副秘书长、中国植物学会副理事长黄宏文说。

与此同时,中国积极加入与生物多样性相关的重要国际公约,如《国际植物新品种保护公约》《生物多样性公约》《濒危野生动植物种国际贸易公约》《联合国防治荒漠化公约》《联合国气候变化框架公约》等。越来越多的中国科学家也在登上国际植物学大会舞台,展示中国植物学科研领域的快速发展。据统计,第19届国际植物学大会全会报告、公众报告和主旨报告特邀的共51位报告人中,有中国学者16名。

华南热带农业大学张春利认为,我国虽然对种质资源的保护有相应的法律、行政规章予以规范,但毕竟我国对种质资源的保护是近半个世纪才开始,现有的法律规范的有关规定不完整,过于简陋,法律漏洞多,许多应当规范的问题没有相应的法律。“一是已有的种质资源保护和管理的法律法规体系尚不够完善、不够具体,而且很少涉及遗传资源经济开发所获得利益的分享机制方面的内容;二是在种质资源管理体制方面,我国亦没有明确的法律依据。如在机构设置上没有明确国家一级的牵头主管部门及相应的管理机构,也没有专门的遗传资源管理机构,现有主管机构专业化不强,往往是综合性部门,不是专门化的组织机构。”他表示,对植物新品种的保护应从条例上升到立法层次,加强育种者合法权益的保护及国际贸易中我国种质资源保护,种质资源的管理方面也应当从立法角度予以规范,不能只是由单纯的行政规章来约束。

本文来自企鹅号 - 河北省深州市人民检察院媒体

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