测序数据可视化 (一)

测序reads比对回基因组后,可以通过多种方式查看比对结果。直接查看bam文件可查看测序序列比对的信息和测序序列的碱基突变信息,在检查比对结果或分析全基因组或外显子组测序时会有帮助。但BAM文件比较大,在ChIP-seq类和RNA-seq类的测序结果可视化中,通常使用基因组区域的覆盖度文件进行可视化展示,比如IGV的tdf文件和所有浏览器都支持的bigWig文件。

本文简述了4种本地和在线的基因组浏览器的使用方法以供学习交流。

samtools tview是在服务器查看比对结果的最简单方式,不需要下载数据,即可以直接查看。

在打开界面后,输入g,在弹出的搜索框中输入位置,就可以跳到对应的基因组区域。输入. 可切换展示测序碱基信息。还可以使用m, n, b, c,z 调节碱基的颜色显示。

原文发布于微信公众号 - 生信宝典(Bio_data)

原文发表时间:2017-05-28

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