测序数据可视化 (二)- IGV

IGV是本地浏览测序数据功能最为强大的基因组浏览器,支持多种不同类型的输入格式和不同的显示方式,如峰图、线图、柱状图、Sashimi-plot。同时还可以配合bedtools使用。

新版的Windows IGV分发包中包含了Java运行环境,点击链接http://data.broadinstitute.org/igv/projects/downloads/IGV_Win_2.3.93.zip即可下载,解压后,点击igv.bat文件即可启动。

若启动失败,使用记事本打开并编辑igv.bat文件,在文件的最后新起一行输入pause,保存后,再尝试打开,就可以在Windows下的命令行界面(黑色背景的小框中)看到错误信息,根据信息提示去解决问题。

IGV具体使用如下:

如果基因组未存在于当前列表中,则选择更多从Broad IGV获取对应的基因组信息。若所研究的物种没有被Broad IGV收录,则需要自己构建基因组信息。具体参见前面发过的文章 (在公众号后台输入 IGV基因组索引 即可获取)。

IGV展示所用的bw文件可以直接从bam文件得来。下面列出几个工具和相应的代码辅助转换。考虑到不同样品的测序深度不同,需要根据样品的测序量做一个标准化处理,建议使用deepTools的bamCoverage命令。

IGV是一个界面可操作软件,学习的方式就是每个菜单点开看看,点选下看下效果,比如修改下Track的颜色,Track的高度,纵轴的坐标范围Auto scale, Log scale 或 Data range等方便比较。

如果想比较多个基因的表达峰图,可以先在IGV中添加相应的基因列表,然后针对特定的列表选择view,就可以在一个屏幕显示所有加入的基因。

如果我们要查询的区域很多,可以配合bedtools igv -i input.bed,生成一个脚本,批量捕获多个区域的比对信息或coverage信息。使用Tools - Run Batch Script - 选择bedtools igv的输出结果,即可以看到动画般的截屏界面。完成后,就可以一张张的浏览图片或者传给没有安装IGV的老师或朋友查看。

原文发布于微信公众号 - 生信宝典(Bio_data)

原文发表时间:2017-05-28

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