生信人写程序1. Perl语言模板及配置

#!/usr/bin/perl -w
# 加载时间管理，参数管理，文件名和路径处理的基础包，无须安装
use POSIX qw(strftime);
use Getopt::Std;
use File::Basename;

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#命令行参数据的定义和获取，记录程序初始时间，设置参数默认值
#Get the parameter and provide the usage.
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my %opts;
getopts( 'i:o:d:h:', \%opts );
&usage unless ( exists $opts{i} && exists $opts{o} );
my $start_time=time;
print strftime("Start time is %Y-%m-%d %H:%M:%S\n", localtime(time));
print "Input file is $opts{i}\nOutput file is $opts{o}\n";
print "Database file is $opts{d}\n" if defined($opts{d});
$opts{h}=1 unless defined($opts{h});

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#读入的数据或注释文件，用于与输入文件比较或注释(可选)，提供三种方式
#Read the database in memory(opt)
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#open DATABASE,"<$opts{d}";
# 1. 散列结构数据库，要求数据文件有唯一ID并且无顺序要求
#my %database; #database in hash
#while (<DATABASE>) {
#    chomp;
#    my @tmp=split/\t/;
#    $database{$tmp[1]}=$tmp[2];
#}
# 2. 数组结构数据库，无唯一ID，但有顺序要求
#my (@tmp1,@tmp2); #database in array
#while (<DATABASE>) {
#    chomp;
#    my @tmp=split/\t/;
#    push @tmp1,$tmp[1];
#    push @tmp2,@tmp[2];
#}
#close DATABASE;
# 3. 批量数据文件，读取一批有相似结构的文件
#open a list file
#my %list;
#my @filelist=glob "$opts{i}";
#foreach $file(@filelist){
#    open DATABASE,"<$file";
#    $file=basename($file);
#    while (<DATABASE>) {
#        my @tmp=split/\t/;
#        $list{$file}{nr}++;
#    }
#    close DATABASE;
#}

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#Main text.
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# 正文部分，读取输入文件，列出输入和输入文件的三行作为示例，方便编程处理数据
open INPUT,"<$opts{i}";
#chrm0    snppos1          ref2     mat_gtyp3        pat_gtyp4        c_gtyp5  phase6   mat_all7 pat_all8 cA9      cC10      cG11      cT12      winning SymCls  SymPval BindingSite     cnv
#1       4648    C       A       C       M       PHASED  C       A       0       11      0       0       M       Asym    0.0009765625    -1      0.902113
open OUTPUT,">$opts{o}";
#chrm    snppos          ref     mat_gtyp        pat_gtyp        c_gtyp  phase   mat_all pat_all cA      cC      cG      cT      winning SymCls  SymPval BindingSite     cnv
#1       4648    C       A       C       M       PHASED  C       A       0       11      0       0       M       Asym    0.0009765625    -1      0.902113

my %count;
# h参数用于去除有文件头的行
while ($opts{h}>0) { #filter header
    <INPUT>;
    $opts{h}--;
}
# 输入和输入处理部分，常用按行读取处理并输入，默认按tab分割数据
while (<INPUT>) {
    chomp;
    my @tmp=split/\t/;
    print OUTPUT "$tmp[0]\t$tmp[1]\n";
}
close INPUT;
close OUTPUT;

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#Record the program running time!
# 输出程序运行时间
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my $duration_time=time-$start_time;
print strftime("End time is %Y-%m-%d %H:%M:%S\n", localtime(time));
print "This compute totally consumed $duration_time s\.\n";

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#Scripts usage and about.
# 程序的帮助文档，良好的描述是程序重用和共享的基础，也是程序升级和更新的前提
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sub usage {
    die(
        qq!
Usage:    template.pl -i inpute_file -o output_file -d database -h header num
Function: Template for Perl
Command:  -i inpute file name (Must)
          -o output file name (Must)
          -d database file name
          -h header line number,s default 0
Author:   Liu Yong-Xin, liuyongxin_bio\@163.com, QQ:42789409
Version:  v1.0
Update:   2017/6/2
Notes:    
\n!
    )
}