【视频讲解】-使用rmarkdown来制作html报表

第一步:安装R语言及Rstudio

首先根据操作系统来安装R语言软件

最好是安装最新版

  • Download R for Windows from CRAN
  • Download R for macOS from CRAN
  • Download R for Linux from CRAN

Note for macOS: If you do not already have X11 installed in Applications > X11, download and install it.

这个很容易,就跟下载QQ微信一样,不停的下一步即可,全部选择默认的安装配置。

然后安装RStudio编辑器

RStudio is a graphical development environment you can use as an alternative to command line R. RStudio requires R to be installed.

  • Download RStudio for your operating system

选择免费版本即可,安装成功之后就可以打开RStudio,所有的操作均在里面完成。

第二步:了解markdown语法

一般来说做笔记分享,需要用markdown语法,不熟悉的人可能会害怕,但是一旦你花15分钟了解了它,你会爱上写作,相信我。

学习markdown,可以先看看扫盲贴:http://kaopubear.top/2017-02-04-trymarkdown.html

至于语法本身,自己随便搜索学习吧,比如http://wowubuntu.com/markdown/

学习编辑器,推荐typora:https://vip.biotrainee.com/d/82-typora-markdown/10

第三步:安装必备的R包

如果是普通的R包,用install.packages即可,如下:

install.packages("matrixStats",repos="https://mirror.lzu.edu.cn/CRAN/")
install.packages("ape",repos="https://mirror.lzu.edu.cn/CRAN/")
install.packages("DT",repos="https://mirror.lzu.edu.cn/CRAN/")
install.packages("shiny",repos="https://mirror.lzu.edu.cn/CRAN/")

之所以设置后面的repos,主要是考虑到中国大陆的特色网络墙。

如果是bioconductor的包,使用biocLite即可,如下:

source("https://bioconductor.org/biocLite.R")
options(BioC_mirror="http://mirrors.ustc.edu.cn/bioc/")
biocLite("ALL")
biocLite("airway")

同理,也是设置了镜像。

如果是GitHub上面的R包,也可以使用biocLite,如下:

source("https://bioconductor.org/biocLite.R")
# https://github.com/jmzeng1314/humanid
biocLite("jmzeng1314/humanid")

第四步:新建rmarkdown文件并且输出html报表

进入Rstudio编辑器,新建

理解并且修改文件内容

输出html报表

实践一下下面的例子

一个统计学里面的逻辑分析的讲解

http://www.bio-info-trainee.com/tmp/tutorial_for_logical_analysis.html

下面是一个表达矩阵的15个常见的可视化图形的制作:

http://bio-info-trainee.com/tmp/basic_visualization_for_expression_matrix.html

用deconstructSigs来做cosmic的mutation signature图

http://biotrainee.com/jmzeng/markdown/deconstuctSigs.html

原文发布于微信公众号 - 生信技能树(biotrainee)

原文发表时间:2018-02-04

本文参与腾讯云自媒体分享计划,欢迎正在阅读的你也加入,一起分享。

发表于

我来说两句

0 条评论
登录 后参与评论

相关文章

来自专栏ATYUN订阅号

小白也可以操作的手机TensorFlow教程:Android版和iOS版

TensorFlow通常用于训练海量数据,但新兴的智能手机市场也不可忽略。那些不能等待未来和love Machine Learning的人正在通过制造工具来突破...

4036
来自专栏xingoo, 一个梦想做发明家的程序员

汇编语言 手记4

简单的汇编指令 ? CPU执行后,寄存器中的数据改变为如下: ? CPU访问内存单元时要给出内存单元的地址。所有的内存单元构成的存储空间是一个一维的线性空间。 ...

1965
来自专栏debugeeker的专栏

《coredump问题原理探究》windows版6.5节多继承

版权声明:本文为博主原创文章,未经博主允许不得转载。 https://blog.csdn.net/xuzhina/article/detai...

891
来自专栏WOLFRAM

各位, 还记得昨天我们留下的问题吗? 想要求出某个区域上的最大值?

1083
来自专栏陈仁松博客

在Windows下安装TensorFlow

目前TensorFlow在Windows下只支持Python 3.x。 1.下载Python 首先安装Pythone 3.6.4 下载地址 升级pip pyth...

4474
来自专栏AI科技评论

开发 | GitHub项目推荐 : 用于对机器学习模型进行对抗性攻击、防御和基准测试的Python库

此资料库包含CleverHans的源代码,CleverHans是一个Python库,用于将机器学习系统中的漏洞与对抗性示例进行对比。 您可以在随附的博客上了解有...

1302
来自专栏磨磨谈

利用火焰图分析ceph pg分布

性能优化大神Brendan Gregg发明了火焰图来定位性能问题,通过图表就可以发现问题出在哪里,通过svg矢量图来查看性能卡在哪个点,哪个操作占用的资源最多 ...

1232
来自专栏搞前端的李蚊子

echarts柱状图标签显示不完全的问题

echarts 柱状图当x轴标签数目超过一定数目时在小尺寸设备上第一个和最后一个标签不显示(不是重叠),axisLabel设置interval:0也不起作用; ...

3913
来自专栏人工智障

visdom的安装及在pytorch下损失函数的可视化应用

更新:新版visdom0.1.7安装方式为:conda install -c srivasv visdom 

6270
来自专栏自然语言处理

深度学习环境搭建

本文作者的专题《目标检测》链接:https://www.jianshu.com/c/fd1d6f784c1f 此专题的宗旨是让基础较为薄弱的新手能够顺利实现目标...

4991

扫码关注云+社区

领取腾讯云代金券