【视频讲解】-使用rmarkdown来制作html报表
第一步：安装R语言及Rstudio
首先根据操作系统来安装R语言软件
最好是安装最新版
- Download R for Windows from CRAN
- Download R for macOS from CRAN
- Download R for Linux from CRAN
Note for macOS: If you do not already have X11 installed in Applications > X11, download and install it.
这个很容易，就跟下载QQ微信一样，不停的下一步即可，全部选择默认的安装配置。
然后安装RStudio编辑器
RStudio is a graphical development environment you can use as an alternative to command line R. RStudio requires R to be installed.
- Download RStudio for your operating system
选择免费版本即可，安装成功之后就可以打开RStudio，所有的操作均在里面完成。
第二步：了解markdown语法
一般来说做笔记分享，需要用markdown语法，不熟悉的人可能会害怕，但是一旦你花15分钟了解了它，你会爱上写作，相信我。
学习markdown，可以先看看扫盲贴：http://kaopubear.top/2017-02-04-trymarkdown.html
至于语法本身，自己随便搜索学习吧，比如http://wowubuntu.com/markdown/
学习编辑器，推荐typora：https://vip.biotrainee.com/d/82-typora-markdown/10
第三步：安装必备的R包
如果是普通的R包，用install.packages即可，如下：
install.packages("matrixStats",repos="https://mirror.lzu.edu.cn/CRAN/")
install.packages("ape",repos="https://mirror.lzu.edu.cn/CRAN/")
install.packages("DT",repos="https://mirror.lzu.edu.cn/CRAN/")
install.packages("shiny",repos="https://mirror.lzu.edu.cn/CRAN/")之所以设置后面的repos，主要是考虑到中国大陆的特色网络墙。
如果是bioconductor的包，使用biocLite即可，如下：
source("https://bioconductor.org/biocLite.R")
options(BioC_mirror="http://mirrors.ustc.edu.cn/bioc/")
biocLite("ALL")
biocLite("airway")同理，也是设置了镜像。
如果是GitHub上面的R包，也可以使用biocLite，如下：
source("https://bioconductor.org/biocLite.R")
# https://github.com/jmzeng1314/humanid
biocLite("jmzeng1314/humanid")第四步：新建rmarkdown文件并且输出html报表
进入Rstudio编辑器，新建
理解并且修改文件内容
输出html报表
实践一下下面的例子
一个统计学里面的逻辑分析的讲解
http://www.bio-info-trainee.com/tmp/tutorial_for_logical_analysis.html
下面是一个表达矩阵的15个常见的可视化图形的制作：
http://bio-info-trainee.com/tmp/basic_visualization_for_expression_matrix.html
用deconstructSigs来做cosmic的mutation signature图
http://biotrainee.com/jmzeng/markdown/deconstuctSigs.html