输出如下,如果该染色体中存在NA的数据,会保留一行NA的值
sampleName chromosome start end nbrOfLoci mean
1 <NA> 1 2488068 244006378 1363 0.0934
2 <NA> NA NA NA NA NA
3 <NA> 2 5833035 234681120 1008 0.0732
4 <NA> NA NA NA NA NA
5 <NA> 3 3192502 195622096 939 0.0718
6 <NA> NA NA NA NA NA
7 <NA> 4 1800963 153332857 423 0.0313
8 <NA> NA NA NA NA NA
9 <NA> 5 223515 180058652 574 -0.3460
10 <NA> NA NA NA NA NA
11 <NA> 6 393195 167275553 1378 0.0588
12 <NA> NA NA NA NA NA
13 <NA> 7 2946229 152373106 945 0.0507
14 <NA> NA NA NA NA NA
15 <NA> 8 30915961 145742416 852 0.0803
16 <NA> NA NA NA NA NA
17 <NA> 9 5021975 5072501 21 -0.1446
18 <NA> 9 5072501 134100903 474 -0.3635
19 <NA> 9 134100903 139438447 156 0.0474
(ratio- segmean)/sigma在N(0,1)双尾的p值 ratio/sigma在N(0,1)双尾的p值 取两者之中较大的p值作为该amplicon的outlier p值 所有的amplicon outlier值采用fdr方法计算q值 对于outlier q值<0.01的点加上注释,outlier p值,outlier copy number采用round(exp(values[tt])*4)/2
ONCOCNV文献:https://academic.oup.com/bioinformatics/article/30/24/3443/2422154 ONCOCNV代码:http://boevalab.com/ONCOCNV/