(免费课程转载)3小时课程带你重复一篇3分生信SCI(中)

大家好,欢迎再次来到MedGo干货课堂,在上期3小时课程带你重复一篇3分生信SCI(上)中,我们着重为大家讲解了GEO芯片的meta分析。很多同学和老师课后向我们反馈,为什么要分上中下?其实上中下的每个部分都代表了一个小专题。以往的生信套路只分析一套芯片数据,已经很难发纯生信的文章了,但是多芯片的Meta还是比较火的。例如下面这篇:Investigation of the clinical significance and molecular mechanism of miR-21-5p in hepatocellular carcinoma: A systematic review based on 24 studies and bioinformatics investigation(oncology letters 2019 Jan)。这篇文章就是做了个肝癌GEO芯片的Meta分析,然后加了些Go、KEGG和PPI,就形成了一篇1-2分的SCI。

本次“3小时课程带你重复一篇3分生信SCI(中)”,将为大家带来GEO芯片的R语言Meta分析的后续——亚组分析;以及TCGA数据的纯R语言下载(高速且包含临床数据)、整理、分析。跟着我们的视频完成(上)和(中),换一个疾病(肿瘤/非肿瘤),找到一个有争议的miRNA(高表达还是低表达?),您也可以不做实验发表出一篇2-3分左右的SCI。 重点是我们的视频免费!代码数据无保留分享!

本次系列主要解决的难题包括

(1)如何使用R语言进行亚组分析(GEO的meta亚组分析全网独家呈现)

(2)如何使用R语言下载TCGA数据库生存信息

(3)如何使用R语言下载TCGA数据库miRNA成熟体表达量数据

(4)如何使用R语言进行生存分析和临床相关分析

目前TCGA下载存在多种可行的下载方式,而我们推荐的是纯R语言,相当高速且下载全面,仅仅运行我们的脚本即可,方便快捷。

本次课程将重复出如下图表 Figure 5. 接着(上)的GEO芯片的R语言亚组分析(全网独家呈现)

Figure 6. miR-144-3p在非小细胞肺癌中和正常组织中的表达

Table 2. miR-144-3p的表达与肺鳞癌临床病理参数的关系

Table3. miR-144-3p的表达与肺腺癌临床病理参数的关系

Table3. miR-144-3p的表达与非小细胞肺癌临床病理参数的关系

Figure7. miR-144-3p与预后

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