干货预警：3分钟搞定GO/KEGG功能富集分析（2）

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Step1：

打开DAVID官网：https://david.ncifcrf.gov/

点击左侧功能菜单：Functional Annotation

进入到如下页面中，页面中的红框中就是进行分析所用的主要操作区域。

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Step2：

进入分析页面后，通过如下三步即可完成分析：

提交基因列表->选定提交列表类型->开始分析

具体操作如下：

(1) 在“Enter Gene List”中上传基因列表，格式是每行一个基因。按照DAVID的要求，总的基因个数不得超过3000个。

(2) 在“Select Identifier”中选择上传的基因类型，因为我们上传的是基因名(Gene Symbol），所以在下拉菜单中选择“OFFICIAL_GENE_SYMBOL”（下拉菜单比较长，可能不太好找，keep patient ~）

(3) 在“List Type”中有两个单选框，我们统一选择“Gene List”这一项。

(4) 点击“Submit List”即可。

点击“Submit”提交基因列表之后，经过几秒钟的等待，如果分析顺利，就会弹出下面一个提示（如下图左所示）：Please note that multiple species have been detected in your gene list. 这句话的意思就是在我们提交的基因列表中检测到多个物种，需要我们选择相应的物种。怎么选择物种？点击弹出框中的“确定”，然后在“List”中的选择相应的物种，这里我们选择“Homo sapiens”，并点击下方的“Select Species”即可。

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Step3：

操作完成后，就可以得到如下图所示的分析结果。红框所示折叠框中分别就是GO（包括BP，CC和MF，还记得这三个分别是什么吗？不知道的话请参考我们上次的文章 3分钟了解GO/KEGG功能富集分析 ）和KEGG的结果。

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Step4：

做完了分析，我们就来看看如何提取结果，并实现结果的可视化吧。如下图所示，在功能富集分析的结果中有多个折叠栏，其中Gene_Ontology (3 selected)这一折叠栏中有三个栏目(蓝框)：GOTERM_BP_FAT、 GOTERM_CC_FAT、 GOTERM_MF_FAT就是是我们想要的GO功能富集分析结果。而Pathways (3 selected)里面有一个KEGG_PATHWAY(蓝框)就是我们想要的结果。如何找到BP、CC、MF和KEGG对应的详细结果呢？点击每个栏目后面的“Chart”即可(绿框所示)。

点击“Chart”之后，即可出现如下图所示的结果，这里面有几列数据分别是：Category、Term、RT、Genes、Count、%、P-Value和Benjamini。这几列数据中我们比较关心的是：Term（GO语义）和P-Value（P值），其次就是Count（基因数）和% （基因比例）。后面我们要解决的问题是，如何将这些结果下载下来？点击红框中的Download File即可。打开一个新的网页，新打开的网页（貌似一堆乱糟糟的东西）就是分析结果的文本文件，可以下载或者导入到作图软件中进行后续的操作。

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Step5：

结果导出和可视化。

不知道各位科研喵们在看文献的时候曾经看到过什么样子的结果呢？有没有见过柱状图，或者高级的气泡图呢？听说很多人还在用Excel或者PPT作图？

下面这样的图，是不是很好看很高级呢？

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