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IHEC:国际人类表观基因组学联盟

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IHEC全称如下

International Human Epigenome Consortium

称之为国际人类表观基因组联盟,由来自多个国家和实验室的团队共同参与,致力于提供一个公开免费的人类表观基因组学图谱,包括了正常人类和各种疾病细胞相关的数据。其公开的数据可以通过以下链接进行访问

https://epigenomesportal.ca/ihec/

在这个链接中,不仅提供了human的数据,还包含了小鼠和其他物种的一些数据,以hg38为例,示意如下

提供了多种浏览方式,也可以通过Data Grid菜单进行检索和查看,示意如下

通过选择感兴趣的数据集,通过UCSC Genome Browser可以在基因组浏览器中查看测序深度的分布,示意如下

通过Correlate datasets可以分析其相关性,结果示意如下

通过Download菜单,可以下载每个数据集对应的结果文件,示意如下

提供了测序深度的bigwig文件和peak区间的bigBed文件,raw_data表示对应的原始数据的链接。

IHEC就是一个公共免费的数据中心,可以方便的获取公共的chip_seq数据集。

·end·

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本文分享自微信公众号 - 生信修炼手册(gh_0146e37a8a70),作者:lzyg

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原始发表时间:2019-04-23

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