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单细胞测序都不配拥有姓名了吗

最近刷文献,发表在 October 7, 2019的PNAS的:Immune effector monocyte–neutrophil cooperation induced by the primary tumor prevents metastatic progression of breast cancer 粗略的看完了全文才发现里面居然是有单细胞转录组的。但是搜索全文,才出现5次single这个单词。

这篇文章的测序数据是公布的:https://www.ncbi.nlm.nih.gov/geo/query/acc.cgi?acc=GSE137300 表达矩阵及差异分析结果,都可以直接下载。

技术策略

出现了三次single这个单词的地方是在描述如何做这个单细胞转录组的,注意哦,并没有测序,是qPCR技术看指定基因的表达量。

为什么做单细胞转录组

说句实话,只要资金允许,现在单细胞技术成熟了,不做单细胞才需要解释为什么,做单细胞就是应该的!

差异分析,研究者关心的是不同地方的neutrophils的特性,所以比较取自于blood和lung的。

PCA看不同部位是否距离足够远。在不同的PDX模型里面,blood和lung的距离不一样,具体看文章哈。

热图,其实和PCA图是差不多的理解.

总结

虽然是单细胞转录组,但是仅仅是96个基因,还是qPCR,并不是测序。基因也可以在 Table S2. List of 96 genes and corresponding mouse primers 找到。

如果你通读全文,会发现,研究者把这个单细胞转录组做了两次,针对

  • the highly metastatic tumors HCl-001 (TN1)
  • low metastatic tumors HCl-002 (TN2).

不同的小鼠PDX模型,而且是结合bulk转录组测序的.

测序策略是:

GSM4074939    mRNA_Neutrophils_TN1 [tag_191]
GSM4074940    mRNA_Neutrophils_TN1 [tag_482]
GSM4074941    mRNA_Neutrophils_TN2 [tag_367]
GSM4074942    mRNA_Neutrophils_TN2 [tag_706]
GSM4074943    mRNA_Neutrophils_TN2 [tag_1341]
GSM4074944    mRNA_Monocytes_CCR2+_TN1 [tag_191]
GSM4074945    mRNA_Monocytes_CCR2+_TN1 [tag_482]
GSM4074946    mRNA_Monocytes_CCR2+_TN2 [tag_367]
GSM4074947    mRNA_Monocytes_CCR2+_TN2 [tag_706_]
GSM4074948    mRNA_Monocytes_CCR2+_TN2 [tag_1341]

不过,这个单细胞的qPCR数据作者并没有上传,因为不是测序或者芯片,到GEO数据框或者SRA数据库都不合适吧!

本文分享自微信公众号 - 单细胞天地(sc-ngs),作者:生信技能树

原文出处及转载信息见文内详细说明,如有侵权,请联系 yunjia_community@tencent.com 删除。

原始发表时间:2019-12-05

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