Single cell RNA-seq data analysis with Chipster course

前面我们分享了芬兰CSC的培训课程：Single cell RNA-seq data analysis with R

今天我们再来分享一个CSC的单细胞课程视频，Single cell RNA-seq data analysis with Chipster course (2018)[1] 该课程介绍单细胞RNA-seq数据分析方法，工具和文件格式。它涵盖了从原始读取到数字基因表达矩阵（DGE）的DropSeq数据的预处理，以及如何使用Seurat工具进行聚类查找细胞亚群。练习中同时使用了DropSeq和10X Genomics数据。可以在 https://chipster.csc.fi/manual/courses.html 上找到所有课程材料。

这个课程中你将会学到以下内容：

•进行质量控制并过滤出低质量的细胞•标准化基因表达值•消除不必要的变异来源•选择可变基因•执行降维（PCA，tSNE，UMAP，CCA）•簇细胞•查找簇的标记基因•整合两个样本•查找两个样本的保守簇标记基因•查找以细胞类型特异性方式在两个样品之间差异表达的基因•可视化两个样品中具有细胞类型特异性反应的基因•Chipster

视频列表如下：

•01_Single cell course, Lecture 2- Quality control for FASTQ files.mp4•02_Single cell course, Exercises 2- Quality control for FASTQ files.mp4•03_Single cell course, Lecture 3- Preprocessing DropSeq FASTQ files.mp4•04_Single cell course, Exercises 3- Preprocessing DropSeq FASTQ files.mp4•05_Single cell course, Lecture 4- Alignment & alignment level QC.mp4•06_Single cell course, Lecture 5- Merge & annotate BAM files.mp4•07_Single cell course, Exercise 5- Merge & annotate BAM files + Genome browser.mp4•08_Single cell course, Lecture 6- Generating the DGE matrix.mp4•09_Single cell course, Exercise 6- Generating the DGE matrix.mp4•10_Single cell course, Lecture 7- Seurat preprocessing.mp4•11_Single cell course, Exercise 7- Seurat preprocessing.mp4•12_Single cell course, Lecture 8- Seurat PCA.mp4•13_Single cell course, Exercise 8- Seurat PCA.mp4•14_Single cell course, lecture 7+- Cell cycle regression.mp4•15_Single cell course, Exercise 9- Seurat clustering.mp4•16_Single cell course, Lecture 9- Seurat clustering.mp4•17_Single cell course, Lecture 10- Biomarkers for the clusters.mp4•18_Single cell course, Exercises 10- Biomarkers for the clusters.mp4•19_Single cell course- Closing remarks.mp4

Chipster介绍

Chipster是由CSC-IT科学中心开发的开源数据分析平台。是用于分析高通量数据（如NGS和微阵列）的用户友好软件。它是一个分布式系统，具有各种后端服务和一个以面向可用性的方式开发的直观图形客户端。可以加入不同的分析工具，同时强调对R / Bioconductor集成的支持。整个系统用Java编写。目前它包含450多种分析工具和大量参考基因组。用户可以保存和共享自动分析工作流程，并使用例如内置的基因组浏览器以交互方式可视化数据。有关更多信息，请参见 https://chipster.github.io/chipster 描述。

同样课程资料都是公开提供，任何人都可以在Youtobu[2]观看学习。只不过考虑到有些人不太方便从Youtobu观看，我们提供了微云网盘的分享链接。后台回复“Chipster”即可获得。

References

[1] Single cell RNA-seq data analysis with Chipster course (2018): https://www.csc.fi/web/training/-/single-cell-chipster-2019 [2] Youtobu: https://www.youtube.com/playlist?list=PLjiXAZO27elD-tnVMX_oYTCF1mWOmB8Xo